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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 type I tail fiber gp51 in vitro | |||||||||
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![]() | Phage type I tail fiber / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Huang L / Xiang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang L / Xiang Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 26.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 19.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 23.5 MB 23.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 685.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33623_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33623_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Klebsiella phage Kp7 type I tail fiber
全体 | 名称: Klebsiella phage Kp7 type I tail fiber |
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要素 |
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-超分子 #1: Klebsiella phage Kp7 type I tail fiber
超分子 | 名称: Klebsiella phage Kp7 type I tail fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Trimer of tail fiber proteins |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: phage tail fiber
分子 | 名称: phage tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 73.019125 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSVTRLTSSL VRWKSKLANA IQRSLSSKME ESLSVLDFGA VADYNPTTKT GTDNTQAFRN AVAAAIAQNI RNVYAPGGPS AYMTTGEIN LGGEGFTGGE GSRDVWRGIT QGVHFFGDGP YSTIIAFNPP NTDAPCFSAR GGWGTHSPRA LSKLAIEPVN W ADYNATSS ...文字列: MSVTRLTSSL VRWKSKLANA IQRSLSSKME ESLSVLDFGA VADYNPTTKT GTDNTQAFRN AVAAAIAQNI RNVYAPGGPS AYMTTGEIN LGGEGFTGGE GSRDVWRGIT QGVHFFGDGP YSTIIAFNPP NTDAPCFSAR GGWGTHSPRA LSKLAIEPVN W ADYNATSS GTGVLLQGCC FVPVTDVHIG RFHRGIHFWN KLQGTDDPTN TFTKGDFTEF NRITRVRVFN CDIDVDYQVS LG NNSFHGN SFTDCMCQIN SYGGIGMRMW DDGSRNAIRP SSLPYEYIAN VYNNKHEINW FGSDARTCYL MHIDKAQGRG CNG DMTVEA AVTLRAIGQY WYQSFGSLHS ISAINTVVDG DTDTATRPVA FMWMNSAYPQ VNFDGTDPLL TSGLTPRQYD LNNS GNTGM ELLNIRGANT GAIWSIQNGA ALGWILGRRA QADSRKGTRS VWQFSYNGEV IKSVSAANVG LQNSTGAGFG MLGDT LLRP YAASTISLGS PTYPFTRLRT TDWTVDTNGI VPVQDGIKNI GSSSLRVGTV FAATGTINTS DARLKTEVRP FTSEEI LAA KALSEEIGMY QWVASIESKG DNAREHCGLT VQRAMEVMQQ HGLDPFNYGF ICHDVWDEVV EVSDETGEVI SSTPAGD RY SFRFDQLSLF ISRGIEARMS ELESRM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7y5s: |