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- EMDB-32270: Deactive state CI from DQ-NADH dataset, Subclass 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32270
タイトルDeactive state CI from DQ-NADH dataset, Subclass 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 44種
  • リガンド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / Mitochondrial protein degradation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cardiac muscle tissue development / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity ...Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / Mitochondrial protein degradation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cardiac muscle tissue development / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / : / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / electron transport chain / negative regulation of cell growth / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / nuclear body / nuclear speck / mitochondrial matrix / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family ...NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / SLBB domain / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / : / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / pig (ブタ) / Pig (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gu JK / Yang MJ
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504600 and 2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030056, 21532004 and 31570733 and 31800620 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I.
著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang /
要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI.
履歴
登録2021年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 310 pix.
= 333.002 Å		1.07 Å/pix.
x 310 pix.
= 333.002 Å		1.07 Å/pix.
x 310 pix.
= 333.002 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0254
最小 - 最大-0.112805374 - 0.17955725
平均 (標準偏差)0.0004614097 (±0.0054773195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 333.002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex I

全体名称: Respiratory complex I
要素
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Complex I subunit B13
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B14.5a
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-9kD
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-30kD
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-49kD
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B16.6
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-AGGG
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B12
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-SGDH
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B17
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Respiratory complex I

超分子名称: Respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 47.434066 KDa
配列文字列: APKKTSFGSL KDEDRIFTNL YGRHDWRLKG AQSRGDWYKT KEILLKGPDW ILGEVKTSGL RGRGGAGFPT GLKWSFMNKP SDGRPKYLV VNADEGEPGT CKDREIIRHD PHKLVEGCLV GGRAMGARAA YIYIRGEFYN EASNLQVAIR EAYEAGLIGK N ACGSGYDF ...文字列:
APKKTSFGSL KDEDRIFTNL YGRHDWRLKG AQSRGDWYKT KEILLKGPDW ILGEVKTSGL RGRGGAGFPT GLKWSFMNKP SDGRPKYLV VNADEGEPGT CKDREIIRHD PHKLVEGCLV GGRAMGARAA YIYIRGEFYN EASNLQVAIR EAYEAGLIGK N ACGSGYDF DVFVVRGAGA YICGEETALI ESIEGKQGKP RLKPPFPADV GVFGCPTTVA NVETVAVSPT ICRRGGAWFA SF GRERNSG TKLFNISGHV NHPCTVEEEM SVPLKELIEK HAGGVIGGWD NLLAVIPGGS STPLIPKSVC ETVLMDFDAL VQA QTGLGT AAVIVMDRST DIVKAIARLI EFYKHESCGQ CTPCREGVDW MNKVMARFVK GDARPAEIDS LWEISKQIEG HTIC ALGDG AAWPVQGLIR HFRPELEERM QQFALQHQ

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 20.207957 KDa
配列文字列:
TYKFVNMREP SMDMKSVTDR AAQTLLWTEL VRGLGMTLSY LFREPATINY PFEKGPLSPR FRGEHALRRY PSGEERCIAC KLCEAVCPA QAITIEAEPR ADGSRRTTRY DIDMTKCIYC GFCQEACPVD AIVEGPNFEF STETHEELLY NKEKLLNNGD K WEAEIAAN IQADYLYR

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.874953 KDa
配列文字列:
SRGEYVVAKL DDLVNWARRS SLWPMTFGLA CCAVEMMHMA APRYDMDRFG VVFRASPRQS DVMIVAGTLT NKMAPALRKV YDQMPEPRY VVSMGSCANG GGYYHYSYSV VRGCDRIVPV DIYVPGCPPT AEALLYGILQ LQRKIKREKR LRIWYRR

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 13.812977 KDa
配列文字列:
GTSVKPIFSR DMNEAKRRVR ELYRAWYREV PNTVHLFQLD ISVKQGRDKV REMFMKNAHV TDPRVVDLLV IKGKMELEET INVWKQRTH IMRFFHETEA PRPTDFLSKF YVGHDP

+
分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 9.84128 KDa
配列文字列:
LGLREIRIHL CQRSPGSQGV RDFIEKRYVE LKKANPDLPI LIRECSDVQP KLWARYAFGQ EKNVSLNNFS ADQVTRTLEN VLSGKA

+
分子 #6: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 10.133566 KDa
配列文字列:
SDAPPLTLEA IKDRVLYVLK LYDKIDPEKL SVNSHFMKDL GLDSLDQVEI IMAMEDEFGF EIPDIDAEKL MCPQEIVDYI ADKKDVYE

+
分子 #7: Complex I subunit B13

分子名称: Complex I subunit B13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.949106 KDa
配列文字列:
LKKTTGLVGL AVCETPHERL KILYTKILDV LGQIPKNAAY RKYTEQITNE KLGMVKAEPD VKKLEEQLQG GQIEEVILQA ENELSLARK MLRWKPWEPL VEEPPANQWK WPI

+
分子 #8: Complex I-B14.5a

分子名称: Complex I-B14.5a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.517394 KDa
配列文字列:
ASATRVIQLL RNWASGRDLQ AKLQLRYQEI SKRTQPPPKL PVGPSHKLSN NYYCTRDGRR EAMPPSIVMS SQKVLASGKP AESSAVAET EKKAVTPAPP IKRWELSKDQ PYL

+
分子 #9: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitoc...

分子名称: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 38.954051 KDa
配列文字列: LHHALIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYVVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MEWNGKDKDS IRKVVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPHAIAQ VSKEAGVEKL IHISHLNADI KSPSRYLRSK AVGEKEVRAA F PEATIIKP ...文字列:
LHHALIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYVVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MEWNGKDKDS IRKVVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPHAIAQ VSKEAGVEKL IHISHLNADI KSPSRYLRSK AVGEKEVRAA F PEATIIKP SDIFGREDRF LNYFASMRWF GGVPLISLGK ETVKQPVYIV DVSKGIINAI KDPDAKGKTF AFVGPNRYLL FD LVQYIFA VAYRPFLPYP LPHFAYRWVG RLFEVSPFEP WTTRDKVERV HMSDMTLPHL PGLEDLGIQA TPLELKAIEV LRR HRTYRW LTSEMEDVKP AKTVNI

+
分子 #10: Complex I-9kD

分子名称: Complex I-9kD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 5.193683 KDa
配列文字列:
FDNSTYRNLQ HHEYSTYTFL DLNVELSKFR MPQPSSGRQS PRH

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分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.442389 KDa
配列文字列:
QLIAVDEKLD ITTLTGVPEE HIKTRKVRIF VPARNNMQSG VNNTKKWKME FDTRERWENP LMGWSSTADP LSNLVLTFST KEDAVAFAE KNGWSFDVEE RKVPKPKSKS YGANFSWNKR TRVSTK

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分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 75.770773 KDa
配列文字列: SNLIEVFVDG QSVMVEPGTT VLQACEKVGM QIPRFCYHER LSVAGNCRMC LVEIEKAPKV VAACAMPVMK GWNILTNSEK SKKAREGVM EFLLANHPLD CPICDQGGEC DLQDQSMMFG SDRSRFLEGK RAVEDKNIGP LVKTIMTRCI QCTRCIRFAS E IAGVDDLG ...文字列:
SNLIEVFVDG QSVMVEPGTT VLQACEKVGM QIPRFCYHER LSVAGNCRMC LVEIEKAPKV VAACAMPVMK GWNILTNSEK SKKAREGVM EFLLANHPLD CPICDQGGEC DLQDQSMMFG SDRSRFLEGK RAVEDKNIGP LVKTIMTRCI QCTRCIRFAS E IAGVDDLG TTGRGNDMQV GTYIEKMFMS ELSGNIIDIC PVGALTSKPY AFTARPWETR KTESIDVMDA VGSNIVVSTR TG EVMRILP RMHEDINEEW ISDKTRFAYD GLKRQRLTQP MIRNEKGLLT YTTWEDALSR VAGMLQSFQG NDVAAIAGGL VDA EALVAL KDLLNRVDSD SLCTEEVFPT AGAGTDLRSN YLLNTTIAGV EEADVILLVG TNPRFEAPLF NARIRKSWLH NDLK VALIG SPVDLTYRYD HLGDSPKILQ DIASGNHPFS QILKEAKKPM VVLGSSALQR SDGTAILAAV SNIAQNIRLS SGVTG DWKV MNILHRIASQ VAALDLGYKP GVEAIRKNPP KVLFLLGADG GCITRQDLPK DCFIIYQGHH GDVGAPMADV ILPGAA YTE KSATYVNTEG RAQQTKVAVT PPGLAREDWK IIRALSEIAG MTLPYDTLDQ VRSRLEEVSP NLVRYDDVEG ANYFQQA NE LSKLVNQQLL ADPLVPPQLT IKDFYMTDSI SRASQTMAKC VKAVTEGI

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.031244 KDa
配列文字列:
ELVQVLRRGL QQVSGHGGLR GYLRVLFRAN DVRVGTLVGE DKYGNKYYED NKQFFGRHRW VIYTTEMNGR DTFWDVDGSM VPPEWHRWL HCMTDDPPTT KPPTARKYIW TNHKFNVSGT PQQYVPYSTT RKKIQEWVPP STPYK

+
分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 23.826336 KDa
配列文字列: GAGGALFVHR DTPENNPDTP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD ...文字列:
GAGGALFVHR DTPENNPDTP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD IEEIIDELKA GKIPKPGPRS GRFSCEPAGG LTSLTEPPKG PGFGVQAGL

+
分子 #15: Complex I-30kD

分子名称: Complex I-30kD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 24.52173 KDa
配列文字列: TRPTIRPRND VVHKQLSAFG QYVAEILPKY VQQVQVSCFN ELEIFIHPDG VIPVLTFLRD HTNAQFKSLA DLTAVDVPTR QNRFEIVYN LLSLRFNSRI RVKTYTDELT PIESSVTVYK AANWYEREIW DMFGVFFANH PDLRRILTDY GFEGHPFRKD F PLSGYVEL ...文字列:
TRPTIRPRND VVHKQLSAFG QYVAEILPKY VQQVQVSCFN ELEIFIHPDG VIPVLTFLRD HTNAQFKSLA DLTAVDVPTR QNRFEIVYN LLSLRFNSRI RVKTYTDELT PIESSVTVYK AANWYEREIW DMFGVFFANH PDLRRILTDY GFEGHPFRKD F PLSGYVEL RYDDEVKRVV AEPVELAQEF RKFDLNSPWE AFPAYRQPPE

+
分子 #16: Complex I-49kD

分子名称: Complex I-49kD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 49.234324 KDa
配列文字列: ARQWQPDVEW AEQFGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLH(2MR)GTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTT HA ...文字列:
ARQWQPDVEW AEQFGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLH(2MR)GTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTT HA LDIGAMTPFF WMFEEREKMF EFYERVSGAR MHAAYIRPGG VHQDLPLGLL DDIYEFSKNF SFRIDELEEM LTNNRIWR N RTVDIGVVTA EDALNYGFSG VMLRGSGIQW DLRKTQPYDV YDQVEFDVPI GSRGDCYDRY LCRVEEMRQS LRIISQCLN KMPPGEIKVD DAKVSPPKRA EMKTSMESLI HHFKLYTEGY QVPPGATYTA IEAPKGEFGV YLVSDGSSRP YRCKIKAPGF AHLAGLDKM SKGHMLADVV AIIGTQDIVF GEVDR

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 8.088424 KDa
配列文字列:
MWFEILPGIA VMAACLFIPG MATAHIHKFT NGGKEKRVAH FSYQWNLMER DRRISGVNRY HVTKGLENID

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 10.567635 KDa
配列文字列:
GVRTSPTGEK VTHTGQAYDD GDYRRVRFSD RQKEVNENFA IDLIAEQPVS EVGSRVISCD GGGGALGHPR VYINLDKETK TGTCGYCGL QFRQPHH

+
分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 9.094372 KDa
配列文字列:
AGRIASFLKN AWAKEPVLVA SFAIGGLAII LPSLSPYTNY AIRINRATPY NYPVPLRDDG NMPDVPSHPQ DPQGPSLEWL KNL

+
分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.555698 KDa
配列文字列:
AKTLLHKYSD IPEGTECHRK AYASTSIGGA TGLIVSAYSI ALKPPASFLE GVARTGRYTF TSAAIGAIFG LTSCISAQVR EKPDDPLNY FIGGCAGGLT LGARTRSYGI GAAACAYMGL TAALVKMGQL EGWQVFAEPK V

+
分子 #21: Complex I-B16.6

分子名称: Complex I-B16.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 16.70934 KDa
配列文字列:
ASKVKQDMPP PGGYGPIDYK RNLPRRGLSG YSMFAVGIGT LLFGYWSMMK WNRERRRLQI EDFEARIALM PLFQAEKDRR VLQMLRENL EEEAIIMKDV PDWKVGESVF HTTRWVTPMM GELYGLRTNE EILSATYGFI WYT

+
分子 #22: Complex I-AGGG

分子名称: Complex I-AGGG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 8.430282 KDa
配列文字列:
GGVHIEPRYR QFPQLTRSQL IQAEFFSATM WFWILWRFWH DSDAVLGHFP YPDPSQWTDE ELGILPDDED

+
分子 #23: Complex I-B12

分子名称: Complex I-B12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 9.504672 KDa
配列文字列:
EHGHSKMELP DYKQWKIEGT PLETVQEKLA ARGLRDPWGR NEAWRYSGGF ANNVSFVGAL LKGFKWGFAA FVVAVGAEYY LESQ

+
分子 #24: Complex I-SGDH

分子名称: Complex I-SGDH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 16.477098 KDa
配列文字列:
HGKRLFIIKP SGFYDRRFLK LMRFYILLTG IPVAIGITLV NVFIGEAELA DIPEGYVPEH WEYFKHPISR WIARTFYDGP EKNYEKTMA ILQIEAEKAE LRLKELEVRR LMRARGDGPW YQYPTIDKAL IDHSPKTTPD N

+
分子 #25: Complex I-B17

分子名称: Complex I-B17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 15.333832 KDa
配列文字列:
SGYTPDEKLR LQQLRELRRR WLKDQELSPR EPVLPPRRVW PMEQFWNKFL QDGAPWKNVI YKTYRHSIFA VTHVLIPVWI IHYYLKYHV TAKPYTVVER KPRIFPGDTI LETGEVIPLM KEFPDQH

+
分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 18.608805 KDa
配列文字列:
HVTKDMFPGP YPKTPEERAA AAKKYNMRVE DYEPYPDDGM GYGDYPKLPD RSQQERDPWY DWDHPDLRLN WGEPIHWDLD MYIRNRVDT SPTPVSWNTM CKHLFGFVAF MLFMFWVGEI YPSYQPVGPK QYPYNDLYLE RGGDPTKEPE PVVHYEI

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 20.813572 KDa
配列文字列:
PDSWDKDVYP EPPRRTPAPA PQTSLPNPVT YLTKIFDLLV DRPVTLAREF IEQQHAKNRY YYYHREFRRV PDITECEEKD ILCMFEAEM QWRRDYKVDQ EIVNIIQERL KACQQREGES YRQNCAKELE QFTQVSKAFQ DRYSDLGAHY SARKCLAKQK Q RMLAERKA AKEAAAA

+
分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pig (ブタ)
分子量理論値: 12.635055 KDa
配列文字列:
PPEPTIRLQE DPDPEDENLY EKNPDSHGYD KDPIVDLWNM RVVFFFGFSI VLVLGSTFVA YLPDYRMQEW ARREAERLVK YREANGLPL MESNCFDPNK IQLPEDED

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 5.881825 KDa
配列文字列:
KFYIREPPHG SPDWLKVGLT LGTSVFLWIY LIKQHKEDVL EYKRRNGLE

+
分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.196459 KDa
配列文字列:
TMMSGRPGRV PLQFLPNEAR SLPPPKLTDP RLVYMGFLGY CSGLIDNAIR RRPVVSAGLH RQLLYVTSFV FFGYYLLKRQ DYMYALRDH DMFAYVKSHP EDFPEKDKKT YGEILEEFHP VR

+
分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.375395 KDa
配列文字列:
PFFDVQKRLG LDLDRWMTIQ SAEQPHKIPG RCHAFEKEWI ECAHGIGGIR AEKECKIEFD DFVECLLRQK TMKRLSAIKR QRDKLIKEG KYTPPPHHLG KEDPRP

+
分子 #32: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 39.077504 KDa
配列文字列: MNPIIYTTLI MTVMSGTMLV MISSHWLLIW IGFEMNLLAM IPVLMKNFNP RATEAATKYF LTQATASMML MMAIIINLLY SGQWTITKM FNPVAMTMMT MALAMKLGLS PFHFWVPEVT QGISLQAGLL LLTWQKLAPL SVLCQISQSI NPNLMLTMAM L SILIGGWG ...文字列:
MNPIIYTTLI MTVMSGTMLV MISSHWLLIW IGFEMNLLAM IPVLMKNFNP RATEAATKYF LTQATASMML MMAIIINLLY SGQWTITKM FNPVAMTMMT MALAMKLGLS PFHFWVPEVT QGISLQAGLL LLTWQKLAPL SVLCQISQSI NPNLMLTMAM L SILIGGWG GLNQTQLRKI MAYSSIAHMG WMTAVLPYNT TMTILNLLIY ITMTLAMFML LIHSSATTTL SLSHTWNKMP VI TSLMMVT LLSMGGLPPL SGFMPKWMII QEMTKNESII MPTLMAMTAL LNLYFYMRLA YSSSLTMFPS TNNMKMKWQF EHT KQMKLL PTMIVLSTLV LPMTPALSSL N

+
分子 #33: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.998448 KDa
配列文字列:
MNIMLTLLTN VTLASLLVLI AFWLPQLNAY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLPWASQ TNNLKTMLT MALFLLILLA ASLAYEWTQK GLEWAE

+
分子 #34: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 10.827253 KDa
配列文字列:
MPLVYMNIIM AFAIALAGLL MYRSHLMSSL LCLEGMMLSL FIMSTLIILN THFTLANMMP IILLVFAACE AALGLSLLVM VSNTYGTDY VQNLNLLQC

+
分子 #35: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 68.697469 KDa
配列文字列: MNPFASLTLT TLTILTIPIM MSNSNIYKTN LYPNYVKTTV SYAFTLSLVP LLMFMHTGQE MIISNWHWMT LQTVELSLSF KMDYFSVMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPFINRFFK YLLLFLITMM ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWH G RTDANTAA ...文字列:
MNPFASLTLT TLTILTIPIM MSNSNIYKTN LYPNYVKTTV SYAFTLSLVP LLMFMHTGQE MIISNWHWMT LQTVELSLSF KMDYFSVMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPFINRFFK YLLLFLITMM ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWH G RTDANTAA LQAILYNRIG DIGFVLSMAW FLTHSNAWDL QQIFMLNNEC PNMPLIGLLL AAAGKSAQFG LHPWLPSAME GP TPVSALL HSSTMVVAGV FLLIRFYPLM ETNKLVQTMT LCLGAITTLF TALCAITQND IKKIVAFSTS SQLGLMMVTI GIN QPHLAF LHICMHAFFK AMLFMCSGSI IHSLNDEQDI RKMGGLYKAM PFTTTALIIG SLALTGMPYL TGFYSKDLII EAVN MSYTN AWALLMTLIA TSLTAAYSTR IIFFAFLGKP RFPPLVLINE NNPLLINSIK RLLIGSIFAG FIISNNIPPM TVPNT TMPL YMKMTALIVT IMGFMLALEL NNTTYYLKFK YPSQTYKFSN MLGYYPSIMH RLPTYHNLSM SQKSASSLLD LIWLET ILP KTTSFIQMKM SIMVSNQKGL IKLYFLSFLI TIMISMTLFN YHE

+
分子 #36: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 19.021332 KDa
配列文字列:
MTMYIAFILS TIFVIGFVGF SSKPSPIYGG LGLIVSGGVG CGIVLNFGGS FLGLMVFLIY LGGMLVVFGY TTAMATEMYP EVWVSNKTV FGAFVSGLMM EFCMVYYALK EEEVEIIFKF NGLGDWVIYD TGDSGFFSEE AMGIAALYSY GTWLVIVTGW S LLIGVVVI MEITRGN

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 6.781886 KDa
配列文字列:
NVLQIVRDHW VHILVPVGFV FGCYLDRRSD EKLTAFRNKS LLFKRELRPN EEVTWK

+
分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.986153 KDa
配列文字列:
SFPKYKPSRL ATLPATLDPA EYDISPETRK AQAERLAIRS RLKREYLLQY NDPNRLGVIE DPALIRWTYA RSANIYPNFR PTPKTSLLG ALFGIGPLFF WYYVFKTDRD KKEKLIQEGK LDQTFNISY

+
分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 21.733711 KDa
配列文字列:
AFSAPAAYLT HQQKVLRLYK RALRHLESWC VHRDKYRYFA CLMRARFDEH KNEKDMVKAT QLLRQAEEEF WYGQHPQPYI FPESPGGTS YERYECYKVP EWCLDDWHPS EKAMYPDYFA KREQWKRLRR ESWEREVKQL QEETPPGGPR TEALPPARKE G DLPPLWWH IVTRPRERPM

+
分子 #40: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 51.853355 KDa
配列文字列: MLKIIIPTTM LLPMTWMSKH NMIWINATVH SLLISLISLS LLNQLGENSL NFSLTFFSDS LSAPLLVLTT WLLPLMLMAS QSHLSKETT TRKKLYITML ILLQLFLIMT FTATELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALVYIQ ...文字列:
MLKIIIPTTM LLPMTWMSKH NMIWINATVH SLLISLISLS LLNQLGENSL NFSLTFFSDS LSAPLLVLTT WLLPLMLMAS QSHLSKETT TRKKLYITML ILLQLFLIMT FTATELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALVYIQ NTTGSLNFLI IHYWSHPLSN SWSNIFMWLA CIMAFMVKMP LYGLHLWLPK AHVEAPIAGS MVLAAVLLKL GG YGMMRIT TILNPLTNYM AYPFLMLSMW GMIMTSSICL RQTDLKSLIA YSSVSHMALV IVAIMIQTPW SFMGATALMI AHG LTSSML FCLANTNYER VHSRTMILAR GLQTLLPLMA TWWLVASLTN LALPPSINLI GELFIITASF SWSNITIILM GMNM MITAL YSLYMLITTQ RGKYTHHINN IKPSFTRENA LMALHILPLL LLTLNPKMIL GPLY

+
分子 #41: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 35.66752 KDa
配列文字列: MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLFTKEP LRPATSSISM FIIAPILALS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT ...文字列:
MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLFTKEP LRPATSSISM FIIAPILALS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT QEHIWMIFTS WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFAMFFMAEY ANIIMMNAFT AI LFLGASH DPHTPELYTI NFVLKTLALT ITFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKSFLPLT LALCMWHISL PIMTASIPPQ S

+
分子 #42: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 19.932898 KDa
配列文字列:
PGIVELPTLE DLKVQEVKVS SSVLKAAAHH YGAQCDKPNK EFMLCRWEEK DPRRCLEEGK LVNQCALDFF RQIKRHCAEP FTEYWTCID YSGLQLFRHC RKQQAKFDEC VLDKLGWVRP DLGELSKVTK VKTDRPLPEN PYHSRARPEP NPEAEGDLKP A KHGSRLFF WTM

+
分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 15.386713 KDa
配列文字列:
(MYR)GAHLARRYL GDASKEPDPL RMPTFPPDYG FPERKEREMV ATQQEMNDAQ LMLQQRDYCA HYLIQLLKCK RDSFPN FLA CKHEQHDWDY CEHLDYVKRM KEFERERRLL QRKKRREQRE AEMARG

+
分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 36.79268 KDa
配列文字列: LQYGPLAFVL GERTTRKLTE TSKVITVDGN ICSGKGRLAR EIAEKLGLRH FPEAGIHYAD STTGDGKPLD VQLSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQSW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV EHYNEVKKVT A CEYLPPHV ...文字列:
LQYGPLAFVL GERTTRKLTE TSKVITVDGN ICSGKGRLAR EIAEKLGLRH FPEAGIHYAD STTGDGKPLD VQLSGNCSLE KFYDDPKSN DGNSYRLQSW LYASRLLQYA DALEHLLSTG QGVVLERSIY SDFVFLEAMY RQGFIRKQCV EHYNEVKKVT A CEYLPPHV VVYVDVPVPE IQSRIQKKGN PHEMKITAAY LQDIENAYKK TFLPEMSEKC EVLQYSAREA EDAEKVVEDI EY LKCDKGP WPDQDDRTFH RLRMLVQNKL EVLNYTTIPV YLPEITIGAH QSDRVFQKFT ELPGRKYSPG YNEDVGDKWI WLK

+
分子 #45: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #46: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #47: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 1 / 式: NAI
分子量理論値: 665.441 Da
Chemical component information

ChemComp-NAI:
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH

+
分子 #48: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...

分子名称: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 5 / 式: PLX
分子量理論値: 767.132 Da
Chemical component information

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

+
分子 #49: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 2 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
分子 #50: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #51: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #52: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #53: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #54: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 7 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #55: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #56: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer

分子名称: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 1 / 式: UQ
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ:
Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer

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分子 #57: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145530
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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