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万見
- EMDB-3225: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rolled -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3225
タイトルMammalian 80S HCV-IRES complex, Rolled
マップデータReconstruction of ribosome complex
試料
  • 試料: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated
  • 複合体: 80S ribosome
  • RNA: HCV-IRES
キーワードribosome / translation initiation / Hepatitis C Virus internal ribosome entry site
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hepatitis C virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Yamamoto H / Collier M / Loerke J / Ismer J / Schmidt A / Hilal T / Sprink T / Yamamoto K / Mielke T / Burger J ...Yamamoto H / Collier M / Loerke J / Ismer J / Schmidt A / Hilal T / Sprink T / Yamamoto K / Mielke T / Burger J / Shaikh TR / Dabrowski M / Hildebrand PW / Scheerer P / Spahn CMT
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2015
タイトル: Molecular architecture of the ribosome-bound Hepatitis C Virus internal ribosomal entry site RNA.
著者: Hiroshi Yamamoto / Marianne Collier / Justus Loerke / Jochen Ismer / Andrea Schmidt / Tarek Hilal / Thiemo Sprink / Kaori Yamamoto / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Tanvir R Shaikh / ...著者: Hiroshi Yamamoto / Marianne Collier / Justus Loerke / Jochen Ismer / Andrea Schmidt / Tarek Hilal / Thiemo Sprink / Kaori Yamamoto / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Tanvir R Shaikh / Marylena Dabrowski / Peter W Hildebrand / Patrick Scheerer / Christian M T Spahn /
要旨: Internal ribosomal entry sites (IRESs) are structured cis-acting RNAs that drive an alternative, cap-independent translation initiation pathway. They are used by many viruses to hijack the ...Internal ribosomal entry sites (IRESs) are structured cis-acting RNAs that drive an alternative, cap-independent translation initiation pathway. They are used by many viruses to hijack the translational machinery of the host cell. IRESs facilitate translation initiation by recruiting and actively manipulating the eukaryotic ribosome using only a subset of canonical initiation factor and IRES transacting factors. Here we present cryo-EM reconstructions of the ribosome 80S- and 40S-bound Hepatitis C Virus (HCV) IRES. The presence of four subpopulations for the 80S•HCV IRES complex reveals dynamic conformational modes of the complex. At a global resolution of 3.9 Å for the most stable complex, a derived atomic model reveals a complex fold of the IRES RNA and molecular details of its interaction with the ribosome. The comparison of obtained structures explains how a modular architecture facilitates mRNA loading and tRNA binding to the P-site. This information provides the structural foundation for understanding the mechanism of HCV IRES RNA-driven translation initiation.
履歴
登録2015年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2015年12月16日-
更新2016年1月13日-
現状2016年1月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2-3225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 204.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of ribosome complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-9.41703796 - 14.99038696
平均 (標準偏差)-0.04374213 (±1.22216725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-190-190-189
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.600406.600406.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-190-190-189
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-9.41714.990-0.044

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated

全体名称: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated
要素
  • 試料: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated
  • 複合体: 80S ribosome
  • RNA: HCV-IRES

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超分子 #1000: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated

超分子名称: Mammalian 80S HCV-IRES complex, Rotated / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 4.6 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: reticulocyte lysate
分子量理論値: 4.5 MDa

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分子 #1: HCV-IRES

分子名称: HCV-IRES / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) / 別称: HCV
分子量理論値: 162 KDa
配列文字列: GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG ...文字列:
GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG GAAUUGCCAG GACGACCGGG UCCUUUCUUG GAUAAACCCG CUCAAUGCCU GGAGAUUUGG GCGUGCCCCC GCAAGACUGC UAGCCGAGUA GUGUUGGGUC GCGAAAGGCC UUGUGGUACU GCCUGAUAGG GUGCUUGCGA GUGCCCCGGG AGGUCUCGUA GACCGUGCAC CAUGAGCACG AAUCCUAAAC CUCAAAGAAA AACCAAACGU AACACCAACC GUCGCCCACA GGACGUCAAG UUCCCGGGUG GCGGUCUAGA CGCCGAGAUC AGAAAUCCCU CUCUCGGAUC GCAUUUGGAC UUCUGCCUUC GGGCACCACG GUCGGAUCCG AAUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20mM Tris-HCl, 7.5mM MgCl2, 100mM KCl, 0.2mM spermidine, 2mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: blot for 2-4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年10月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 7707 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Automated data collection using EPU
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130293 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: spider
詳細: To avoid overfitting, the data was refined in a resolution-limited scheme using SPIDER
使用した粒子像数: 78533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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