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- EMDB-32133: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32133
タイトルCryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
マップデータCryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
    • タンパク質・ペプチド: peptide from Pro-adrenomedullin
    • タンパク質・ペプチド: Mas-related G-protein coupled receptor member X2
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードG Protein-Coupled Receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / mast cell secretagogue receptor activity / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin receptor signaling pathway / mast cell activation / positive regulation of vasculogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Calcitonin-like ligand receptors ...adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / mast cell secretagogue receptor activity / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin receptor signaling pathway / mast cell activation / positive regulation of vasculogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of urine volume / sleep / G protein-coupled receptor internalization / negative regulation of vascular permeability / neuropeptide binding / negative regulation of vasoconstriction / mast cell degranulation / positive regulation of cytokinesis / developmental growth / vasculogenesis / positive regulation of heart rate / sensory perception of pain / neural tube closure / G protein-coupled receptor activity / hormone activity / receptor internalization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / heart development / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pro-adrenomedullin / : / Mas-related G protein-coupled receptor family / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-adrenomedullin / Mas-related G-protein coupled receptor member X2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li Y / Yang F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773704, 92057121, 31900936, 31971195 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure, function and pharmacology of human itch receptor complexes.
著者: Fan Yang / Lulu Guo / Yu Li / Guopeng Wang / Jia Wang / Chao Zhang / Guo-Xing Fang / Xu Chen / Lei Liu / Xu Yan / Qun Liu / Changxiu Qu / Yunfei Xu / Peng Xiao / Zhongliang Zhu / Zijian Li / ...著者: Fan Yang / Lulu Guo / Yu Li / Guopeng Wang / Jia Wang / Chao Zhang / Guo-Xing Fang / Xu Chen / Lei Liu / Xu Yan / Qun Liu / Changxiu Qu / Yunfei Xu / Peng Xiao / Zhongliang Zhu / Zijian Li / Jiuyao Zhou / Xiao Yu / Ning Gao / Jin-Peng Sun /
要旨: In the clades of animals that diverged from the bony fish, a group of Mas-related G-protein-coupled receptors (MRGPRs) evolved that have an active role in itch and allergic signals. As an MRGPR, ...In the clades of animals that diverged from the bony fish, a group of Mas-related G-protein-coupled receptors (MRGPRs) evolved that have an active role in itch and allergic signals. As an MRGPR, MRGPRX2 is known to sense basic secretagogues (agents that promote secretion) and is involved in itch signals and eliciting pseudoallergic reactions. MRGPRX2 has been targeted by drug development efforts to prevent the side effects induced by certain drugs or to treat allergic diseases. Here we report a set of cryo-electron microscopy structures of the MRGPRX2-G trimer in complex with polycationic compound 48/80 or with inflammatory peptides. The structures of the MRGPRX2-G complex exhibited shallow, solvent-exposed ligand-binding pockets. We identified key common structural features of MRGPRX2 and describe a consensus motif for peptidic allergens. Beneath the ligand-binding pocket, the unusual kink formation at transmembrane domain 6 (TM6) and the replacement of the general toggle switch from Trp to Gly (superscript annotations as per Ballesteros-Weinstein nomenclature) suggest a distinct activation process. We characterized the interfaces of MRGPRX2 and the G trimer, and mapped the residues associated with key single-nucleotide polymorphisms on both the ligand and G-protein interfaces of MRGPRX2. Collectively, our results provide a structural basis for the sensing of cationic allergens by MRGPRX2, potentially facilitating the rational design of therapies to prevent unwanted pseudoallergic reactions.
履歴
登録2021年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vv0
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 31.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 202 pix.
= 167.377 Å		0.83 Å/pix.
x 202 pix.
= 167.377 Å		0.83 Å/pix.
x 202 pix.
= 167.377 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.13101184 - 0.170455
平均 (標準偏差)0.000082225975 (±0.0029441407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ202202202
Spacing202202202
セルA=B=C: 167.3772 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.828599009900990.828599009900990.82859900990099
M x/y/z202202202
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z167.377167.377167.377
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS202202202
D min/max/mean-0.1310.1700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with...

全体名称: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
    • タンパク質・ペプチド: peptide from Pro-adrenomedullin
    • タンパク質・ペプチド: Mas-related G-protein coupled receptor member X2
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with...

超分子名称: Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: peptide from Pro-adrenomedullin

分子名称: peptide from Pro-adrenomedullin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.624952 KDa
配列文字列:
FRKKWNKWAL SR

UniProtKB: Pro-adrenomedullin

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分子 #2: Mas-related G-protein coupled receptor member X2

分子名称: Mas-related G-protein coupled receptor member X2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.123984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDPTTPAWGT ESTTVNGNDQ ALLLLCGKET LIPVFLILFI ALVGLVGNGF VLWLLGFRMR RNAFSVYVLS LAGADFLFLC FQIINCLVY LSNFFCSISI NFPSFFTTVM TCAYLAGLSM LSTVSTERCL SVLWPIWYRC RRPRHLSAVV CVLLWALSLL L SILEGKFC ...文字列:
MDPTTPAWGT ESTTVNGNDQ ALLLLCGKET LIPVFLILFI ALVGLVGNGF VLWLLGFRMR RNAFSVYVLS LAGADFLFLC FQIINCLVY LSNFFCSISI NFPSFFTTVM TCAYLAGLSM LSTVSTERCL SVLWPIWYRC RRPRHLSAVV CVLLWALSLL L SILEGKFC GFLFSDGDSG WCQTFDFITA AWLIFLFMVL CGSSLALLVR ILCGSRGLPL TRLYLTILLT VLVFLLCGLP FG IQWFLIL WIWKDSDVLF CHIHPVSVVL SSLNSSANPI IYFFVGSFRK QWRLQQPILK LALQRALQDI AEVDHSEGCF RQG TPEMSR SSLV

UniProtKB: Mas-related G-protein coupled receptor member X2

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 978001
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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