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- EMDB-31538: CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31538
タイトルCryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1
マップデータstate1_postprocess
試料
  • 複合体: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1
    • 複合体: Yeast V-type proton ATPase subunit C
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Chimeric subunit H
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: V-type proton ATPase subunits
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードATPase / proton pump / rotary motor enzyme / membrane protein / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / Nef Mediated CD8 Down-regulation / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH ...Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / Nef Mediated CD8 Down-regulation / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / polyphosphate metabolic process / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / P-type proton-exporting transporter activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Transferrin endocytosis and recycling / vacuolar transport / lysosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / vacuole organization / Amino acids regulate mTORC1 / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / pexophagy / fungal-type vacuole / ROS and RNS production in phagocytes / cellular hyperosmotic response / Nef Mediated CD4 Down-regulation / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / regulation of macroautophagy / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / ATP metabolic process / Insulin receptor recycling / enzyme regulator activity / Neutrophil degranulation / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / endocytosis / cytoplasmic stress granule / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / membrane raft / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / : / V-type proton ATPase subunit f-like / Ribonuclease kappa / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily ...ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / : / V-type proton ATPase subunit f-like / Ribonuclease kappa / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit f / V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit c' ...V-type proton ATPase subunit f / V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit c' / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit H / V0 assembly protein 1 / V-type proton ATPase subunit e / V-type proton ATPase subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Khan MM / Lee S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058600 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner.
著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh /
要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation.
履歴
登録2021年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7fda
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31538.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈state1_postprocess
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.03753849 - 0.097617246
平均 (標準偏差)0.00044757995 (±0.0049826666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0380.0980.000

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添付データ

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追加マップ: state1 vo masked refine

ファイルemd_31538_additional_1.map
注釈state1_vo_masked_refine
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: state1 half2

ファイルemd_31538_additional_2.map
注釈state1_half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: state1 half1

ファイルemd_31538_additional_3.map
注釈state1_half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: state1 v1 masked refine

ファイルemd_31538_additional_4.map
注釈state1_v1_masked_refine
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: chimera combined map

ファイルemd_31538_additional_5.map
注釈chimera_combined_map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1

全体名称: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1
要素
  • 複合体: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1
    • 複合体: Yeast V-type proton ATPase subunit C
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C
    • 複合体: Chimeric subunit H
      • タンパク質・ペプチド: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
    • 複合体: V-type proton ATPase subunits
      • タンパク質・ペプチド: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
      • タンパク質・ペプチド: Yeast Vacuolar ATPase a subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c''
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c'
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e
      • タンパク質・ペプチド: V0 assembly protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Yeast Vacuolar ATPase f subunit

+
超分子 #1: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1

超分子名称: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 1 MDa

+
超分子 #2: Yeast V-type proton ATPase subunit C

超分子名称: Yeast V-type proton ATPase subunit C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
超分子 #3: Chimeric subunit H

超分子名称: Chimeric subunit H / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
詳細: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
超分子 #4: V-type proton ATPase subunits

超分子名称: V-type proton ATPase subunits / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #9-#16 / 詳細: V-ATPase subunits purified from natural source

+
分子 #1: Yeast Vacuolar ATPase A subunit

分子名称: Yeast Vacuolar ATPase A subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 67.796508 KDa
配列文字列: MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI ...文字列:
MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI SSHKILLPPR SRGTITWIAP AGEYTLDEKI LEVEFDGKKS DFTLYHTWPV RVPRPVTEKL SADYPLLTGQ RV LDALFPC VQGGTTCIPG AFGCGKTVIS QSLSKYSNSD AIIYVGCGER GNEMAEVLME FPELYTEMSG TKEPIMKRTT LVA NTSNMP VAAREASIYT GITLAEYFRD QGKNVSMIAD SSSRWAEALR EISGRLGEMP ADQGFPAYLG AKLASFYERA GKAV ALGSP DRTGSVSIVA AVSPAGGDFS DPVTTATLGI TQVFWGLDKK LAQRKHFPSI NTSVSYSKYT NVLNKFYDSN YPEFP VLRD RMKEILSNAE ELEQVVQLVG KSALSDSDKI TLDVATLIKE DFLQQNGYST YDAFCPIWKT FDMMRAFISY HDEAQK AVA NGANWSKLAD STGDVKHAVS SSKFFEPSRG EKEVHGEFEK LLSTMQERFA ESTD

+
分子 #2: V-type proton ATPase subunit B

分子名称: V-type proton ATPase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.815023 KDa
配列文字列: MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ ...文字列:
MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ KIPIFSASGL PHNEIAAQIC RQAGLVRPTK DVHDGHEENF SIVFAAMGVN LETARFFKQD FEENGSLERT SL FLNLAND PTIERIITPR LALTTAEYLA YQTERHVLTI LTDMSSYADA LREVSAAREE VPGRRGYPGY MYTDLSTIYE RAG RVEGRN GSITQIPILT MPNDDITHPI PDLTGYITEG QIFVDRQLHN KGIYPPINVL PSLSRLMKSA IGEGMTRKDH GDVS NQLYA KYAIGKDAAA MKAVVGEEAL SIEDKLSLEF LEKFEKTFIT QGAYEDRTVF ESLDQAWSLL RIYPKEMLNR ISPKI LDEF YDRARDDADE DEEDPDTRSS GKKKDASQEE SLI

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit E

分子名称: V-type proton ATPase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 26.508393 KDa
配列文字列: MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP ...文字列:
MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP LEEIVISNDY LNKDLVSGGV VVSNASDKIE INNTLEERLK LLSEEALPAI RLELYGPSKT RKFFD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E

+
分子 #4: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 13.73568 KDa
配列文字列:
MDYKDDDDKS QKNGIATLLQ AEKEAHEIVS KARKYRQDKL KQAKTDAAKE IDSYKIQKDK ELKEFEQKNA GGVGELEKKA EAGVQGELA EIKKIAEKKK DDVVKILIET VIKPSAEVHI NAL

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 29.235023 KDa
配列文字列: MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR ...文字列:
MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR RVNAIEHVII PRTENTIAYI NSELDELDRE EFYRLKKVQE KKQNETAKLD AEMKLKRDRA EQDASEVAAD EE PQGETLV ADQEDDVIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 13.47917 KDa
配列文字列:
MAEKRTLIAV IADEDTTTGL LLAGIGQITP ETQEKNFFVY QEGKTTKEEI TDKFNHFTEE RDDIAILLIN QHIAENIRAR VDSFTNAFP AILEIPSKDH PYDPEKDSVL KRVRKLFGE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit C

分子名称: V-type proton ATPase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 44.241352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATALYTAND FILISLPQNA QPVTAPGSKT DSWFNETLIG GRAFVSDFKI PEFKIGSLDT LIVESEELSK VDNQIGASIG KIIEILQGL NETSTNAYRT LPINNMPVPE YLENFQWQTR KFKLDKSIKD LITLISNESS QLDADVRATY ANYNSAKTNL A AAERKKTG ...文字列:
MATALYTAND FILISLPQNA QPVTAPGSKT DSWFNETLIG GRAFVSDFKI PEFKIGSLDT LIVESEELSK VDNQIGASIG KIIEILQGL NETSTNAYRT LPINNMPVPE YLENFQWQTR KFKLDKSIKD LITLISNESS QLDADVRATY ANYNSAKTNL A AAERKKTG DLSVRSLHDI VKPEDFVLNS EHLTTVLVAV PKSLKSDFEK SYETLSKNVV PASASVIAED AEYVLFNVHL FK KNVQEFT TAAREKKFIP REFNYSEELI DQLKKEHDSA ASLEQSLRVQ LVRLAKTAYV DVFINWFHIK ALRVYVESVL RYG LPPHFN IKIIAVPPKN LSKCKSELID AFGFLGGNAF MKDKKGKINK QDTSLHQYAS LVDTEYEPFV MYIINL

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C

+
分子 #8: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-ty...

分子名称: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.885984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGATKILMDS THFNEIRSII RSRSVAWDAL ARSEELSEID ASTAKALESI LVKKNIGDGL SSSNNAHSGF KVNGKTLIPL IHLLSTSDN EDCKKSVQNL IAELLSSDKY GDDTVKFFQE DPKQLEQLFD VSLKGDFQTV LISGFNVVSL LVQNGLHNVK L VEKLLKNN ...文字列:
MGATKILMDS THFNEIRSII RSRSVAWDAL ARSEELSEID ASTAKALESI LVKKNIGDGL SSSNNAHSGF KVNGKTLIPL IHLLSTSDN EDCKKSVQNL IAELLSSDKY GDDTVKFFQE DPKQLEQLFD VSLKGDFQTV LISGFNVVSL LVQNGLHNVK L VEKLLKNN NLINILQNIE QMDTCYVCIR LLQELAVIPE YRDVIWLHEK KFMPTLFKIL QRATDSQLAT RIVATNSNHL GI QLQYHSL LLIWLLTFNP VFANELVQKY LSDFLDLLKL VKITIKEKVS RLCISIILQC CSTRVKQHKK VIKQLLLLGN ALP TVQSLS ERKYSDEELR QDISNLKEIL ENEYQELTSF DEYSSELKSG RLEWSPVHKS EKFWRENAVR LNEKNYELLK ILTK LLEVS DDPQVLAVAA HDVGEYVRHY PRGKRVIEQL GGKQLVMNHM HHEDQQVRYN ALLAVQKLMV HNWE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit H, V-type proton ATPase subunit H

+
分子 #9: Yeast Vacuolar ATPase a subunit

分子名称: Yeast Vacuolar ATPase a subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 95.625484 KDa
配列文字列: MAEKEEAIFR SAEMALVQFY IPQEISRDSA YTLGQLGLVQ FRDLNSKVRA FQRTFVNEIR RLDNVERQYR YFYSLLKKHD IKLYEGDTD KYLDGSGELY VPPSGSVIDD YVRNASYLEE RLIQMEDATD QIEVQKNDLE QYRFILQSGD EFFLKGDNTD S TSYMDEDM ...文字列:
MAEKEEAIFR SAEMALVQFY IPQEISRDSA YTLGQLGLVQ FRDLNSKVRA FQRTFVNEIR RLDNVERQYR YFYSLLKKHD IKLYEGDTD KYLDGSGELY VPPSGSVIDD YVRNASYLEE RLIQMEDATD QIEVQKNDLE QYRFILQSGD EFFLKGDNTD S TSYMDEDM IDANGENIAA AIGASVNYVT GVIARDKVAT LEQILWRVLR GNLFFKTVEI EQPVYDVKTR EYKHKNAFIV FS HGDLIIK RIRKIAESLD ANLYDVDSSN EGRSQQLAKV NKNLSDLYTV LKTTSTTLES ELYAIAKELD SWFQDVTREK AIF EILNKS NYDTNRKILI AEGWIPRDEL ATLQARLGEM IARLGIDVPS IIQVLDTNHT PPTFHRTNKF TAGFQSICDC YGIA QYREI NAGLPTIVTF PFMFAIMFGD MGHGFLMTLA ALSLVLNEKK INKMKRGEIF DMAFTGRYII LLMGVFSMYT GFLYN DIFS KTMTIFKSGW KWPDHWKKGE SITATSVGTY PIGLDWAWHG TENALLFSNS YKMKLSILMG FIHMTYSYFF SLANHL YFN SMIDIIGNFI PGLLFMQGIF GYLSVCIVYK WAVDWVKDGK PAPGLLNMLI NMFLSPGTID DELYPHQAKV QVFLLLM AL VCIPWLLLVK PLHFKFTHKK KSHEPLPSTE ADASSEDLEA QQLISAMDAD DAEEEEVGSG SHGEDFGDIM IHQVIHTI E FCLNCVSHTA SYLRLWALSL AHAQLSSVLW TMTIQIAFGF RGFVGVFMTV ALFAMWFALT CAVLVLMEGT SAMLHSLRL HWVESMSKFF VGEGLPYEPF AFEYKDMEVA VASASSSASS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

+
分子 #10: V-type proton ATPase subunit d

分子名称: V-type proton ATPase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 39.822484 KDa
配列文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT ...文字列:
MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT AEELDDMNIE IIRNKLYKAY LEDFYNFVTE EIPEPAKECM QTLLGFEADR RSINIALNSL QSSDIDPDLK SD LLPNIGK LYPLATFHLA QAQDFEGVRA ALANVYEYRG FLETGNLEDH FYQLEMELCR DAFTQQFAIS TVWAWMKSKE QEV RNITWI AECIAQNQRE RINNYISVY

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d

+
分子 #11: V-type proton ATPase subunit c''

分子名称: V-type proton ATPase subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 22.610641 KDa
配列文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA ...文字列:
MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA TAAISDAADS ALFVKILVIE IFGSILGLLG LIVGLLMAGK ASEFQ

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c''

+
分子 #12: V-type proton ATPase subunit c'

分子名称: V-type proton ATPase subunit c' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 17.046361 KDa
配列文字列:
MSTQLASNIY APLYAPFFGF AGCAAAMVLS CLGAAIGTAK SGIGIAGIGT FKPELIMKSL IPVVMSGILA IYGLVVAVLI AGNLSPTED YTLFNGFMHL SCGLCVGFAC LSSGYAIGMV GDVGVRKYMH QPRLFVGIVL ILIFSEVLGL YGMIVALILN T RGSE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c'

+
分子 #13: V-type proton ATPase subunit c

分子名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 16.357501 KDa
配列文字列:
MTELCPVYAP FFGAIGCASA IIFTSLGAAY GTAKSGVGIC ATCVLRPDLL FKNIVPVIMA GIIAIYGLVV SVLVCYSLGQ KQALYTGFI QLGAGLSVGL SGLAAGFAIG IVGDAGVRGS SQQPRLFVGM ILILIFAEVL GLYGLIVALL LNSRATQDVV C

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c

+
分子 #14: V-type proton ATPase subunit e

分子名称: V-type proton ATPase subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 8.387065 KDa
配列文字列:
MSSFYTVVGV FIVVSAMSVL FWIMAPKNNQ AVWRSTVILT LAMMFLMWAI TFLCQLHPLV APRRSDLRPE FAE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e

+
分子 #15: V0 assembly protein 1

分子名称: V0 assembly protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 29.694885 KDa
配列文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK ...文字列:
MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK SGDNLTVVIN SLGWAFEDED GDDEYATEET LSHHDNNKGK EGDDDILSSI WTEGLLMCLI VSALLLFILI VA LSWISNL DITYGALEKS TNPIKKNN

UniProtKB: V0 assembly protein 1

+
分子 #16: Yeast Vacuolar ATPase f subunit

分子名称: Yeast Vacuolar ATPase f subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 9.369934 KDa
配列文字列:
MRPVVSTGKA WCCTVLSAFG VVILSVIAHL FNTNHESFVG SINDPEDGPA VAHTVYLAAL VYLVFFVFCG FQVYLARRKP SIELR

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit f

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 85109 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 85109
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7fda:
CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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