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- EMDB-31515: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31515
タイトルCryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
    • タンパク質・ペプチド: 3A3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3A3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 3A5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: 3A5 heavy chain
キーワードEBV / Glycoprotein B / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zheng Q / Li S
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
著者: Zheng Q / Li S / Zha Z / Hong J / Chen Y / Zhang X
履歴
登録2021年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31515.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2
最小 - 最大-19.151176 - 28.493126
平均 (標準偏差)0.001798083 (±0.9064687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5

全体名称: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
    • タンパク質・ペプチド: 3A3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3A3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 3A5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: 3A5 heavy chain

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超分子 #1: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5

超分子名称: Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: 3A3 heavy chain

分子名称: 3A3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.744192 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVKESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSS YAMSWVRQAP GKGLEYIGVI YASGSTYYAS WAKGRFTISR TATTVDLKIT SPTTEDTAT YFCGRGVSTN MWGPGTLVTV SS

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分子 #2: 3A3 light chain

分子名称: 3A3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.572933 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DLVMTQTPSS VSAAVGGTVT IKCQASQSLG GGLAWYQQKP GQRPKLLIYS ASTLESGVPS RFRGSGSGTE FTLTISDLEC ADAATYYCQ SAYGPTSNGL FNAFGGGTKV VIK

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分子 #3: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
株: GD1
分子量理論値: 73.456188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AQTPEQPAPP ATTVQPTATR QQTSFPFRVC ELSSHGDLFR FSSDIQCPSF GTRENHTEGL LMVFKDNIIP YSFKVRSYTK IVTNILIYN GHRADSVTNR HEEKFSVESY ETDQMDTIYQ CYNAVKMTKD GLTRVYVDRD GVNITVNLKP TGGLANGVRR Y ASQTELYD ...文字列:
AQTPEQPAPP ATTVQPTATR QQTSFPFRVC ELSSHGDLFR FSSDIQCPSF GTRENHTEGL LMVFKDNIIP YSFKVRSYTK IVTNILIYN GHRADSVTNR HEEKFSVESY ETDQMDTIYQ CYNAVKMTKD GLTRVYVDRD GVNITVNLKP TGGLANGVRR Y ASQTELYD APGRVEATYR TRTTVNCLIT DMMAKSNSPF DFFVTTTGQT VEMSPFYDGK NTETFHERAD SFHVRTNYKI VD YDNRGTN PQGERRAFLD KGTYTLSWKL ENRTAYCPLQ HWQTFDSTIA TETGKSIHFV TDEGTSSFVT NTTVGIELPD AFK CIEEQV NKTMHEKYEA VQDRYTKGQE AITYFITSGG LLLAWLPLTP RSLATVKNLT ELTTPTSSPP SSPSPPAPPA ARGS TSAAV LRRRRRNAGN ATTPVPPAAP GKSLGTLNNP ATVQIQFAYD SLRRQINRML GDLARAWCLE QKRQNMVLRE LTKIN PTTV MSSIYGKAVA AKRLGDVISV SQCVPVNQAT VTLRKSMRVP GSETMCYSRP LVSFSFINDT KTYEGQLGTD NEIFLT KKM TEVCQATSQY YFQSGNEIHV YNDYHHFKTI ELDGIATLQT FISLNTSLIE NIDFASLELY SRDEQRASNV FDLEGIF RE YNFQAQNIAG L

UniProtKB: BALF4

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分子 #4: 3A5 light chain

分子名称: 3A5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.672961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ALVMTQTPSS VSEPVGGTVT IKCQASQSIS SYLAWYQRKP GQRPKLLIYG TSTLASGVPS RFIGSGSGTD YTLTISDLEC DDAATYYCQ QGFSTSNVYN SFGGGTKVDI K

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分子 #5: 3A5 heavy chain

分子名称: 3A5 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.513935 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVKESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSS YEMGWVRQAP GEGLEWIGTI STGGSSYYAS WAKGRFTISR TSTTVDLKMT SLTTADTAT YFCARGYGGY GIGAGYFNIW GPGTLVTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 367966
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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