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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31386 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA structure (核酸構造) / Tetrahymena ribozyme / RNA (リボ核酸) | |||||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Su Z / Zhang K | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 Å resolution. 著者: Zhaoming Su / Kaiming Zhang / Kalli Kappel / Shanshan Li / Michael Z Palo / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Bingnan Luo / Yuquan Wei / Rhiju Das / Wah Chiu / 要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in their early days. The Tetrahymena thermophila group I self-splicing intron was the first ribozyme to be discovered and has been a prominent model system for the study of RNA catalysis and structure-function relationships, but its full structure remains unknown. Here we report cryo-EM structures of the full-length Tetrahymena ribozyme in substrate-free and bound states at a resolution of 3.1 Å. Newly resolved peripheral regions form two coaxially stacked helices; these are interconnected by two kissing loop pseudoknots that wrap around the catalytic core and include two previously unforeseen (to our knowledge) tertiary interactions. The global architecture is nearly identical in both states; only the internal guide sequence and guanosine binding site undergo a large conformational change and a localized shift, respectively, upon binding of RNA substrates. These results provide a long-sought structural view of a paradigmatic RNA enzyme and signal a new era for the cryo-EM-based study of structure-function relationships in ribozymes. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31386.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31386-v30.xml emd-31386.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31386.png | 73.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31386.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme with substrates S1 and S2, an...
全体 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme with substrates S1 and S2, and metal ions. |
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要素 |
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-超分子 #1: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme with substrates S1 and S2, an...
超分子 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme with substrates S1 and S2, and metal ions. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
-分子 #1: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme S1
分子 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme S1 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 2.502603 KDa |
配列 | 文字列: UCG(SSU)AACC |
-分子 #2: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme S2
分子 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme S2 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 1.788101 KDa |
配列 | 文字列: CCCUCU |
-分子 #3: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme
分子 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 126.705711 KDa |
配列 | 文字列: GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA ...文字列: GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA UAAGCUGACG GACAUGGUCC UAACCACGCA GCCAAGUCCU AAGUCAACAG AUCUUCUGUU GAUAUGGAUG CA GUUCACA GACUAAAUGU CGGUCGGGGA AGAUGUAUUC UUCUCAUAAG AUAUAGUCGG ACCUCUCCUU AAUGGGAGCU AGC GGAUGA AGUGAUGCAA CACUGGAGCC GCUGGGAACU AAUUUGUAUG CGAAAGUAUA UUGAUUAGUU UUGGAG |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 31 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.36 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 78.2 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5559 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 854763 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 230386 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7ez2: |