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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31201 | |||||||||
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タイトル | Pyochelin synthetase, ArCPdonation | |||||||||
マップデータ | ArCPdonation-ForbetterE | |||||||||
試料 |
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キーワード | nonribosomal peptide synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-cysteine-[L-cysteinyl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JL / Wang ZJ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Catalytic trajectory of a dimeric nonribosomal peptide synthetase subunit with an inserted epimerase domain. 著者: Jialiang Wang / Dandan Li / Lu Chen / Wei Cao / Liangliang Kong / Wei Zhang / Tristan Croll / Zixin Deng / Jingdan Liang / Zhijun Wang / 要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are modular assembly-line megaenzymes that synthesize diverse metabolites with wide-ranging biological activities. The structural dynamics of synthetic ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are modular assembly-line megaenzymes that synthesize diverse metabolites with wide-ranging biological activities. The structural dynamics of synthetic elongation has remained unclear. Here, we present cryo-EM structures of PchE, an NRPS elongation module, in distinct conformations. The domain organization reveals a unique "H"-shaped head-to-tail dimeric architecture. The capture of both aryl and peptidyl carrier protein-tethered substrates and intermediates inside the heterocyclization domain and L-cysteinyl adenylate in the adenylation domain illustrates the catalytic and recognition residues. The multilevel structural transitions guided by the adenylation C-terminal subdomain in combination with the inserted epimerase and the conformational changes of the heterocyclization tunnel are controlled by two residues. Moreover, we visualized the direct structural dynamics of the full catalytic cycle from thiolation to epimerization. This study establishes the catalytic trajectory of PchE and sheds light on the rational re-engineering of domain-inserted dimeric NRPSs for the production of novel pharmaceutical agents. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31201.map.gz | 46.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31201-v30.xml emd-31201.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31201_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31201.png | 64.8 KB | ||
その他 | emd_31201_additional_1.map.gz | 55.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31201 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31201 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31201_validation.pdf.gz | 541.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31201_full_validation.pdf.gz | 540.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31201_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31201_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31201 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31201 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ArCPdonation-ForbetterE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: postprocess
ファイル | emd_31201_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocess | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase e...
全体 | 名称: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module |
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要素 |
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-超分子 #1: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase e...
超分子 | 名称: pyochelin synthetase, a dimeric nonribosomal peptide synthetase elongation module タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 160 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was homogenous |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |