[日本語] English
万見
- EMDB-31181: Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pri-miRNA 166f -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31181
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
    • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer homolog 1
    • RNA: pri-miRNA 166f
キーワードMicroRNA / miRNA / Endonuclease / Helicase / Hydrolase / Nuclease / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ta-siRNA processing / ribonuclease III activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / helicase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
double strand RNA binding domain from DEAD END PROTEIN 1 / Ribonuclease III / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family ...double strand RNA binding domain from DEAD END PROTEIN 1 / Ribonuclease III / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dicer homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Wei X / Ke H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970040 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural basis of microRNA processing by Dicer-like 1.
著者: Xiaobin Wei / Huanhuan Ke / Aijia Wen / Bo Gao / Jing Shi / Yu Feng /
要旨: MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which ...MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which are subsequently cleaved by Dicer to generate mature miRNAs. Instead of being cleaved by two different enzymes, both cleavages in plants are performed by Dicer-like 1 (DCL1). With a similar domain architecture as human Dicer, it is mysterious how DCL1 recognizes pri-miRNAs and performs two cleavages sequentially. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis DCL1 complexed with a pri-miRNA and a pre-miRNA, respectively, in cleavage-competent states. These structures uncover the plasticity of the PAZ domain, which is critical for the recognition of both pri-miRNA and pre-miRNA. These structures suggest that the helicase module serves as an engine that transfers the substrate between two sequential cleavage events. This study lays a foundation for dissecting the regulation mechanism of miRNA biogenesis in plants and provides insights into the dicing state of human Dicer.
履歴
登録2021年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eld
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31181.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 202.8 Å		1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 202.8 Å		1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 202.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.0054278933 - 0.026096854
平均 (標準偏差)0.000012855475 (±0.0017944146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 202.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z202.800202.800202.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ594743
NX/NY/NZ375263
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0050.0260.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f

全体名称: Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
要素
  • 複合体: Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
    • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer homolog 1
    • RNA: pri-miRNA 166f

-
超分子 #1: Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f

超分子名称: Binary complex of DCL1 in complex with pri-miRNA 166f
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
分子 #1: Endoribonuclease Dicer homolog 1

分子名称: Endoribonuclease Dicer homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 213.859344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVMEDEPREA TIKPSYWLDA CEDISCDLID DLVSEFDPSS VAVNESTDEN GVINDFFGGI DHILDSIKNG GGLPNNGVSD TNSQINEVT VTPQVIAKET VKENGLQKNG GKRDEFSKEE GDKDRKRARV CSYQSERSNL SGRGHVNNSR EGDRFMNRKR T RNWDEAGN ...文字列:
MVMEDEPREA TIKPSYWLDA CEDISCDLID DLVSEFDPSS VAVNESTDEN GVINDFFGGI DHILDSIKNG GGLPNNGVSD TNSQINEVT VTPQVIAKET VKENGLQKNG GKRDEFSKEE GDKDRKRARV CSYQSERSNL SGRGHVNNSR EGDRFMNRKR T RNWDEAGN NKKKRECNNY RRDGRDREVR GYWERDKVGS NELVYRSGTW EADHERDVKK VSGGNRECDV KAEENKSKPE ER KEKVVEE QARRYQLDVL EQAKAKNTIA FLETGAGKTL IAILLIKSVH KDLMSQNRKM LSVFLVPKVP LVYQQAEVIR NQT CFQVGH YCGEMGQDFW DSRRWQREFE SKQVLVMTAQ ILLNILRHSI IRMETIDLLI LDECHHAVKK HPYSLVMSEF YHTT PKDKR PAIFGMTASP VNLKGVSSQV DCAIKIRNLE TKLDSTVCTI KDRKELEKHV PMPSEIVVEY DKAATMWSLH ETIKQ MIAA VEEAAQASSR KSKWQFMGAR DAGAKDELRQ VYGVSERTES DGAANLIHKL RAINYTLAEL GQWCAYKVGQ SFLSAL QSD ERVNFQVDVK FQESYLSEVV SLLQCELLEG AAAEKVAAEV GKPENGNAHD EMEEGELPDD PVVSGGEHVD EVIGAAV AD GKVTPKVQSL IKLLLKYQHT ADFRAIVFVE RVVAALVLPK VFAELPSLSF IRCASMIGHN NSQEMKSSQM QDTISKFR D GHVTLLVATS VAEEGLDIRQ CNVVMRFDLA KTVLAYIQSR GRARKPGSDY ILMVERGNVS HAAFLRNARN SEETLRKEA IERTDLSHLK DTSRLISIDA VPGTVYKVEA TGAMVSLNSA VGLVHFYCSQ LPGDRYAILR PEFSMEKHEK PGGHTEYSCR LQLPCNAPF EILEGPVCSS MRLAQQAVCL AACKKLHEMG AFTDMLLPDK GSGQDAEKAD QDDEGEPVPG TARHREFYPE G VADVLKGE WVSSGKEVCE SSKLFHLYMY NVRCVDFGSS KDPFLSEVSE FAILFGNELD AEVLSMSMDL YVARAMITKA SL AFKGSLD ITENQLSSLK KFHVRLMSIV LDVDVEPSTT PWDPAKAYLF VPVTDNTSME PIKGINWELV EKITKTTAWD NPL QRARPD VYLGTNERTL GGDRREYGFG KLRHNIVFGQ KSHPTYGIRG AVASFDVVRA SGLLPVRDAF EKEVEEDLSK GKLM MADGC MVAEDLIGKI VTAAHSGKRF YVDSICYDMS AETSFPRKEG YLGPLEYNTY ADYYKQKYGV DLNCKQQPLI KGRGV SYCK NLLSPRFEQS GESETVLDKT YYVFLPPELC VVHPLSGSLI RGAQRLPSIM RRVESMLLAV QLKNLISYPI PTSKIL EAL TAASCQETFC YERAELLGDA YLKWVVSRFL FLKYPQKHEG QLTRMRQQMV SNMVLYQFAL VKGLQSYIQA DRFAPSR WS APGVPPVFDE DTKDGGSSFF DEEQKPVSEE NSDVFEDGEM EDGELEGDLS SYRVLSSKTL ADVVEALIGV YYVEGGKI A ANHLMKWIGI HVEDDPDEVD GTLKNVNVPE SVLKSIDFVG LERALKYEFK EKGLLVEAIT HASRPSSGVS CYQRLEFVG DAVLDHLITR HLFFTYTSLP PGRLTDLRAA AVNNENFARV AVKHKLHLYL RHGSSALEKQ IREFVKEVQT ESSKPGFNSF GLGDCKAPK VLGDIVESIA GAIFLDSGKD TTAAWKVFQP LLQPMVTPET LPMHPVRELQ ERCQQQAEGL EYKASRSGNT A TVEVFIDG VQVGVAQNPQ KKMAQKLAAR NALAALKEKE IAESKEKHIN NGNAGEDQGE NENGNKKNGH QPFTRQTLND IC LRKNWPM PSYRCVKEGG PAHAKRFTFG VRVNTSDRGW TDECIGEPMP SVKKAKDSAA VLLLELLNKT FS

UniProtKB: Endoribonuclease Dicer homolog 1

-
分子 #2: pri-miRNA 166f

分子名称: pri-miRNA 166f / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 47.200773 KDa
配列文字列:
GUCUUUCUGA GCCAAAAGUU CAGGUGAAUG AUGCCUGGCU CGAGACCAUU CAAUCUCAUG AUCUCAUGAU UAUAACGAUG AUGAUGAUG AUGUCGGACC AGGCUUCAUU CCCCUCAACU UACACGUUUU GCUUCUCAAU CUUCAAGAC

GENBANK: GENBANK: AB016875.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 653929
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る