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- EMDB-3113: Negative stain EM structure of the Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3113
タイトルNegative stain EM structure of the Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
マップデータReconstruction of Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
試料
  • 試料: Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
  • タンパク質・ペプチド: Valine-glycine repeat protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion exported 6
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion immunity 6
  • タンパク質・ペプチド: Effector associated gene with tse6
  • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu 1
キーワードType VI secretion system / bacterial competition / polymicrobial / effector / glycohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation ...type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tsi6 / Tsi6 / Inner membrane lipoprotein DcrB/EagT6 / Bacterial toxin 46 / DcrB / Bacterial toxin 46 / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / PAAR motif ...Tsi6 / Tsi6 / Inner membrane lipoprotein DcrB/EagT6 / Bacterial toxin 46 / DcrB / Bacterial toxin 46 / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / PAAR motif / PAAR motif / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor Tu 1 / Effector EagT6 / NAD(P)(+) glycohydrolase toxin Tse6 / Immune protein Tsi6 / Type VI secretion system spike protein VgrG1a
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.5 Å
データ登録者Whitney J / Quentin D / Sawai S / LeRoux M / Harding B / Ledvina H / Tran B / Robinson H / Goo YA / Goodlett D ...Whitney J / Quentin D / Sawai S / LeRoux M / Harding B / Ledvina H / Tran B / Robinson H / Goo YA / Goodlett D / Raunser S / Mougous J
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: An interbacterial NAD(P)(+) glycohydrolase toxin requires elongation factor Tu for delivery to target cells.
著者: John C Whitney / Dennis Quentin / Shin Sawai / Michele LeRoux / Brittany N Harding / Hannah E Ledvina / Bao Q Tran / Howard Robinson / Young Ah Goo / David R Goodlett / Stefan Raunser / Joseph D Mougous /
要旨: Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane ...Type VI secretion (T6S) influences the composition of microbial communities by catalyzing the delivery of toxins between adjacent bacterial cells. Here, we demonstrate that a T6S integral membrane toxin from Pseudomonas aeruginosa, Tse6, acts on target cells by degrading the universally essential dinucleotides NAD(+) and NADP(+). Structural analyses of Tse6 show that it resembles mono-ADP-ribosyltransferase proteins, such as diphtheria toxin, with the exception of a unique loop that both excludes proteinaceous ADP-ribose acceptors and contributes to hydrolysis. We find that entry of Tse6 into target cells requires its binding to an essential housekeeping protein, translation elongation factor Tu (EF-Tu). These proteins participate in a larger assembly that additionally directs toxin export and provides chaperone activity. Visualization of this complex by electron microscopy defines the architecture of a toxin-loaded T6S apparatus and provides mechanistic insight into intercellular membrane protein delivery between bacteria.
履歴
登録2015年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月26日-
マップ公開2015年10月21日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3113.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 519.68 Å		4.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 519.68 Å		4.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 519.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125 / ムービー #1: 0.125
最小 - 最大-2.40720606 - 3.38514662
平均 (標準偏差)-0.00031927 (±0.10061946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-56-56
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 519.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.644.644.64
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z519.680519.680519.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-56-56-56
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-2.4073.385-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex

全体名称: Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
要素
  • 試料: Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex
  • タンパク質・ペプチド: Valine-glycine repeat protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion exported 6
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion immunity 6
  • タンパク質・ペプチド: Effector associated gene with tse6
  • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu 1

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超分子 #1000: Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex

超分子名称: Tse6-Tsi6-VgrG1-EagT6-EF-Tu complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Trimer of VgrG1 binds to monomers of Tse6, Tsi6, EF-Tu and a dimer of EagT6
Number unique components: 5
分子量理論値: 364 KDa

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分子 #1: Valine-glycine repeat protein 1

分子名称: Valine-glycine repeat protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VgrG1 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 72 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Type VI secretion system spike protein VgrG1a

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分子 #2: Type VI secretion exported 6

分子名称: Type VI secretion exported 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Tse6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: NAD(P)(+) glycohydrolase toxin Tse6

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分子 #3: Type VI secretion immunity 6

分子名称: Type VI secretion immunity 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Tsi6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Immune protein Tsi6

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分子 #4: Effector associated gene with tse6

分子名称: Effector associated gene with tse6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: EagT6 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 16 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Effector EagT6

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分子 #5: Elongation factor Tu 1

分子名称: Elongation factor Tu 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: EF-Tu / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli
分子量理論値: 43 KDa
配列UniProtKB: Elongation factor Tu 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed Protein floated on 0.75% Uranyl Formate for 45 sec
グリッド詳細: glow discharged 400 mesh copper grids with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
日付2015年5月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 200 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 67210 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0012 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 6863

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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