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万見
- EMDB-30985: Cryo-EM structure of the yeast mitochondrial SAM-Tom40 complex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30985
タイトルCryo-EM structure of the yeast mitochondrial SAM-Tom40 complex at 3.0 angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: SAM-Tom40 complex
    • 複合体: Sorting assembly machinery subunits
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit
    • 複合体: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
キーワードyeast / mitochondrial / SAM-Tom40 / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting assembly machinery 35kDa subunit / Tom37, C-terminal domain / SAM35, subunit of SAM coomplex / Tom37 C-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 ...Sorting assembly machinery 35kDa subunit / Tom37, C-terminal domain / SAM35, subunit of SAM coomplex / Tom37 C-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting assembly machinery 35 kDa subunit / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Sorting assembly machinery 37 kDa subunit / Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wang Q / Guan ZY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31722017 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the SAM-mediated assembly of the mitochondrial TOM core complex.
著者: Qiang Wang / Zeyuan Guan / Liangbo Qi / Jinjin Zhuang / Chen Wang / Sixing Hong / Ling Yan / Yan Wu / Xiaoqian Cao / Jianbo Cao / Junjie Yan / Tingting Zou / Zhu Liu / Delin Zhang / Chuangye Yan / Ping Yin /
要旨: β barrel outer membrane proteins (β-OMPs) play vital roles in mitochondria, chloroplasts, and Gram-negative bacteria. Evolutionarily conserved complexes such as the mitochondrial sorting and ...β barrel outer membrane proteins (β-OMPs) play vital roles in mitochondria, chloroplasts, and Gram-negative bacteria. Evolutionarily conserved complexes such as the mitochondrial sorting and assembly machinery (SAM) mediate the assembly of β-OMPs. We investigated the SAM-mediated assembly of the translocase of the outer membrane (TOM) core complex. Cryo–electron microscopy structures of SAM–fully folded Tom40 and the SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complexes at ~3-angstrom resolution reveal that Sam37 stabilizes the mature Tom40 mainly through electrostatic interactions, thus facilitating subsequent TOM assembly. These results support the β barrel switching model and provide structural insights into the assembly and release of β barrel complexes.
履歴
登録2021年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e4h
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-2.426978 - 4.372446
平均 (標準偏差)0.003405 (±0.08691476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 304.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.360304.360304.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-2.4274.3720.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SAM-Tom40 complex

全体名称: SAM-Tom40 complex
要素
  • 複合体: SAM-Tom40 complex
    • 複合体: Sorting assembly machinery subunits
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit
      • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit
    • 複合体: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

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超分子 #1: SAM-Tom40 complex

超分子名称: SAM-Tom40 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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超分子 #2: Sorting assembly machinery subunits

超分子名称: Sorting assembly machinery subunits / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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超分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

超分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

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分子 #1: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 54.544918 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATSSSGVDN EISLDSPMPI FNESSTLKPI RVAGVVTTGT DHIDPSVLQA YLDDTIMKSI TLGQLVKNAD VLNKRLCQHH IALNAKQSF HFQGNTYISD EKETHDVVPL MEVVSQLDIL PPKTFTAKTG TNFGNDNDAE AYLQFEKLID KKYLKLPTRV N LEILRGTK ...文字列:
MATSSSGVDN EISLDSPMPI FNESSTLKPI RVAGVVTTGT DHIDPSVLQA YLDDTIMKSI TLGQLVKNAD VLNKRLCQHH IALNAKQSF HFQGNTYISD EKETHDVVPL MEVVSQLDIL PPKTFTAKTG TNFGNDNDAE AYLQFEKLID KKYLKLPTRV N LEILRGTK IHSSFLFNSY SSLSPQSILN LKVFSQFYNW NTNKGLDIGQ RGARLSLRYE PLFLHKLLHN PHSNESPTLF HE WFLETCW RSTKICSQGT SAPYMYSGTM LSQAGDQLRT ILGHTFVLDK RDHIMCPTKG SMLKWSNELS PGKHLKTQLE LNS VKSWMN DDFITFSTTI KTGYLKNLSS QQSLPVHICD KFQSGGPSDI RGFQTFGLGP RDLYDAVGGD AFVSYGLSVF SRLP WKKVE KSNFRLHWFF NGGKLVNHDN TSLGNCIGQL SKEHSTSTGI GLVLRHPMAR FELNFTLPIT AHENDLIRKG FQFGL GLAF L

UniProtKB: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit

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分子 #2: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 37.44607 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD ...文字列:
MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD TVLYDCWITQ IIFCASDAQF MELYSCQKLS GSIVTPLDVE NSLLQKLSAK SLKISLTKRN KFQFRHREIV KS MQGVYHN HHNSVNQEQV LNVLFENSKQ VLLGLKDMLK SDGQPTYLHL KIASYILCIT NVKEPIKLKT FVENECKELV QFA QDTLKN FVQ

UniProtKB: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit

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分子 #3: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 40.498754 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVKGSVHLWG KDGKASLISV DSIALVWFIK LCTSEEAKSM VAGLQIVFSN NTDLSSDGKL PVLILDNGTK VSGYVNIVQF LHKNICTSK YEKGTDYEED LAIVRKKDRL LEYSLLNYVD VEISRLTDYQ LFLNTKNYNE YTKKLFSKLL YFPMWYNTPL Q LRSQAREN ...文字列:
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UniProtKB: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit

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分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 46.444711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGSDYKDDDD KMSAPTPLAE ASQIPTIPAL SPLTAKQSKG NFFSSNPISS FVVDTYKQL HSHRQSLELV NPGTVENLNK EVSRDVFLSQ YFFTGLRADL NKAFSMNPAF QTSHTFSIGS QALPKYAFSA L FANDNLFA ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGSDYKDDDD KMSAPTPLAE ASQIPTIPAL SPLTAKQSKG NFFSSNPISS FVVDTYKQL HSHRQSLELV NPGTVENLNK EVSRDVFLSQ YFFTGLRADL NKAFSMNPAF QTSHTFSIGS QALPKYAFSA L FANDNLFA QGNIDNDLSV SGRLNYGWDK KNISKVNLQI SDGQPTMCQL EQDYQASDFS VNVKTLNPSF SEKGEFTGVA VA SFLQSVT PQLALGLETL YSRTDGSAPG DAGVSYLTRY VSKKQDWIFS GQLQANGALI ASLWRKVAQN VEAGIETTLQ AGM VPITDP LMGTPIGIQP TVEGSTTIGA KYEYRQSVYR GTLDSNGKVA CFLERKVLPT LSVLFCGEID HFKNDTKIGC GLQF ETAGN QELLMLQQGL DADGNPLQAL PQL

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 240049
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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