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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30782 | |||||||||
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タイトル | The Shigella flexneri type III secretion system tip complex by cryo-electron microscopy | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Cheung M / Taba S / Villar-Briones A / Hall M / Shintake T | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Shigella flexneri type III secretion system tip complex by cryo-electron microscopy 著者: Cheung M / Taba S / Villar-Briones A / Hall M / Shintake T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30782.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30782-v30.xml emd-30782.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30782_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30782.png | 33.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30782 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30782_validation.pdf.gz | 316.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30782_full_validation.pdf.gz | 316.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30782_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30782_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30782 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30782.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tip complex of the Shigella flexneri type III secretion system
全体 | 名称: Tip complex of the Shigella flexneri type III secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Tip complex of the Shigella flexneri type III secretion system
超分子 | 名称: Tip complex of the Shigella flexneri type III secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Tip complex analysed from purified needle complexes, the main structural component of the type III secretion system |
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由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 8, 0.2% (w/v) n-dodecyl-B-D-maltoside |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Double-sided blotting graphene oxide grid preparation method (Cheung et al., 2018).. |
詳細 | Needle complexes dispersed in vitreous ice films using the double-blotting graphene oxide procedure (Cheung et al., 2018) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |