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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30646 | |||||||||
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タイトル | Structure of Calcium-Sensing Receptor in an inactive state | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
![]() | Wen TL / Yang X / Shen YQ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for activation and allosteric modulation of full-length calcium-sensing receptor. 著者: Tianlei Wen / Ziyu Wang / Xiaozhe Chen / Yue Ren / Xuhang Lu / Yangfei Xing / Jing Lu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang / ![]() 要旨: Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo- ...Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo-electron microscopy structures of full-length CaSR in distinct ligand-bound states. Ligands (Ca and l-tryptophan) bind to the extracellular domain of CaSR and induce large-scale conformational changes, leading to the closure of two heptahelical transmembrane domains (7TMDs) for activation. The positive modulator (evocalcet) and the negative allosteric modulator (NPS-2143) occupy the similar binding pocket in 7TMD. The binding of NPS-2143 causes a considerable rearrangement of two 7TMDs, forming an inactivated TM6/TM6 interface. Moreover, a total of 305 disease-causing missense mutations of CaSR have been mapped to the structure in the active state, creating hotspot maps of five clinical endocrine disorders. Our results provide a structural framework for understanding the activation, allosteric modulation mechanism, and disease therapy for class C GPCRs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 60.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 48.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 304.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 304 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Calcium-Sensing Receptor in an inactive state
全体 | 名称: Calcium-Sensing Receptor in an inactive state |
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要素 |
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-超分子 #1: Calcium-Sensing Receptor in an inactive state
超分子 | 名称: Calcium-Sensing Receptor in an inactive state / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Calcium-Sensing Receptor, CaSR
分子 | 名称: Calcium-Sensing Receptor, CaSR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTLYSCCLIL LLFTWNTAAY GPNQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INNSPNLLPN MTLGYRIFDT CNTVSKALEA TLSFVAQNKI DSLNLDEFCN CSEHIPSTIA VVGATGSGVS TAVANLLGLF YIPQVSYASS ...文字列: MTLYSCCLIL LLFTWNTAAY GPNQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INNSPNLLPN MTLGYRIFDT CNTVSKALEA TLSFVAQNKI DSLNLDEFCN CSEHIPSTIA VVGATGSGVS TAVANLLGLF YIPQVSYASS SRLLSNKNQF KSFLRTIPND EHQATAMADI IEYFRWNWVG TIAADDDYGR PGIEKFREEA EERDICIDFS ELISQYSDEE EIQQVVEVIQ NSTARVIVVF SSGPDLEPLI KEIVRRNITG KIWLASEAWA SSSLIAMPEF FRVIGSTIGF ALKAGQIPGF REFLQKVHPK KSANNGFAKE FWEETFNCYL PSESKNSPAS ASFHKAHEEG LGAGNGTAAF RPPCTGDENI TSVETPYMDF THLRISYNVY LAVYSIAHAL QDIYTCTPGK GLFTNGSCAD IKKVEAWQVL KHLRHLNFTS NMGEQVDFDE FGDLVGNYSI INWHLSPEDG SVVFEEVGHY NVYAKKGERL FINENKILWS GFSKEVPFSN CSRDCLPGTR KGIIEGEPTC CFECVDCPDG EYSDETDASA CDKCPEDYWS NENHTSCIPK QIEFLSWTEP FGIALTLFAV LGIFLTSFVL GVFTKFRNTP IVKATNRELS YLLLFSLLCC FSSSLFFIGE PQNWTCRLRQ PAFGISFVLC ISCILVKTNR VLLVFEAKIP TSLHRKWWGL NLQFLLVFLC TFVQIVICVI WLYTAPPSSY RNHELEDEII FITCHEGSLM ALGFLIGYTC LLAAICFFFA FKSRKLPENF NEAKFITFSM LIFFIVWISF IPAYASTYGK FVSAVEVIAI LAASFGLLAC IFFNKVYIIL FKPSRNTIEE VRCSTAAHAF KVAARATLRR SNVSRKRSNS LGGSTGSTPS SSISSKSNHE DPFPLPASAE RQRQQQRGCK QKVSFGSGTV TLSLSFEEPQ KNAMANRNAK RRNSLEAQNS DDSLMRHRAL LALQNSESLS AEPGFQTASS PETSSQESVV GDNKEEVPNP EAEPSLPSAN SRNFIGTGGS SVTENTVHSL ESALEVLFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 25.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80104 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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