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- EMDB-30479: Cryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with Fab fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30479
タイトルCryo-EM structure of Chikungunya virus in complex with Fab fragments of mAb CHK-263 (subregion around icosahedral 5-fold vertex)
マップデータ
試料
  • 複合体: Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-fold vertex of CHIKV:CHK-263 Fab complex
    • 細胞器官・細胞要素: Chikungunya virus
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 細胞器官・細胞要素: Fab region of CHK-263
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
キーワードCHIKV / Fab / complex / localized reconstruction / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhou QF / Fox JM / Earnest JT / Ng TS / Kim AS / Fibriansah G / Kostyuchenko VA / Shu B / Diamond MS / Lok SM
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentMOH シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structural basis of Chikungunya virus inhibition by monoclonal antibodies.
著者: Qun Fei Zhou / Julie M Fox / James T Earnest / Thiam-Seng Ng / Arthur S Kim / Guntur Fibriansah / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Bo Shu / Michael S Diamond / Shee-Mei Lok /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging viral pathogen that causes both acute and chronic debilitating arthritis. Here, we describe the functional and structural basis as to how two anti-CHIKV ...Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging viral pathogen that causes both acute and chronic debilitating arthritis. Here, we describe the functional and structural basis as to how two anti-CHIKV monoclonal antibodies, CHK-124 and CHK-263, potently inhibit CHIKV infection in vitro and in vivo. Our in vitro studies show that CHK-124 and CHK-263 block CHIKV at multiple stages of viral infection. CHK-124 aggregates virus particles and blocks attachment. Also, due to antibody-induced virus aggregation, fusion with endosomes and egress are inhibited. CHK-263 neutralizes CHIKV infection mainly by blocking virus attachment and fusion. To determine the structural basis of neutralization, we generated cryogenic electron microscopy reconstructions of Fab:CHIKV complexes at 4- to 5-Å resolution. CHK-124 binds to the E2 domain B and overlaps with the Mxra8 receptor-binding site. CHK-263 blocks fusion by binding an epitope that spans across E1 and E2 and locks the heterodimer together, likely preventing structural rearrangements required for fusion. These results provide structural insight as to how neutralizing antibody engagement of CHIKV inhibits different stages of the viral life cycle, which could inform vaccine and therapeutic design.
履歴
登録2020年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cw2
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30479.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 188 pix.
= 321.48 Å		1.71 Å/pix.
x 188 pix.
= 321.48 Å		1.71 Å/pix.
x 188 pix.
= 321.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.25166953 - 0.33748406
平均 (標準偏差)0.0018649019 (±0.021506239)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ188188188
Spacing188188188
セルA=B=C: 321.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z188188188
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.480321.480321.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS188188188
D min/max/mean-0.2520.3370.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-f...

全体名称: Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-fold vertex of CHIKV:CHK-263 Fab complex
要素
  • 複合体: Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-fold vertex of CHIKV:CHK-263 Fab complex
    • 細胞器官・細胞要素: Chikungunya virus
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 細胞器官・細胞要素: Fab region of CHK-263
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain

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超分子 #1: Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-f...

超分子名称: Localized reconstruction of subregions around the icosahedral 5-fold vertex of CHIKV:CHK-263 Fab complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #3: Fab region of CHK-263

超分子名称: Fab region of CHK-263 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 47.503016 KDa
配列文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KNLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVTAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS ...文字列:
YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KNLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVTAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESKDVYANTQ LVLQRPAAGT VHVPYSQAPS GF KYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AVNCAVGNMP ISIDIPEAAF TRVVDAPSLT DMSCEVPACT HSSDFGGVAI IKY AASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAECHPPKRT TVYYPASHTT LGVQ DISAT AMSWVQKITG GVGLVVAVAA LILIVVLCVS FSRH

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分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 46.904559 KDa
配列文字列: NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTI TGTIGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT T EEIEVHMP ...文字列:
NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTI TGTIGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT T EEIEVHMP PDTPDHTLMS QQSGNVKITV NGQTVRYKCN CGGSNEGLTT TDKVINNCKV DQCHAAVTNH KKWQYNSPLV PR NAELGDR KGKIHIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVIMLLYPDH PTLLSYRNMG EEPNYQEEWV MHKKEVVLTV PTE GLEVTW GNNEPYKYWP QLSTNGTAHG HPHEIILYYY ELYPTMTVVV VSVATFILLS MVGMAAGMCM CARRRCITPY ELTP GATVP FLLSLICCIR TAKA

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 16.428607 KDa
配列文字列:
NDCIFEVKHE GKVTGYACLV GDKVMKPAHV KGTIDNADLA KLAFKRSSKY DLECAQIPVH MKSDASKFTH EKPEGYYNWH HGAVQYSGG RFTIPTGAGK PGDSGRPIFD NKGRVVAIVL GGANEGARTA LSVVTWNKDI VTKITPEGAE EW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.87267 KDa
配列文字列: VQLQQSGAEL VKPGASVKIS CKASGYAFSS YWMNWVKQRP GKGLEWIGQI YPGDGDTNYN GKFKGKATLT ADKSSSTAYM QLSSLTSED SAVYFCARGG LTIDYWGQGT TLTVSSAKTT APSVYPLAPV CGGTTGSSVT LGCLVKGYFP EPVTLTWNSG S LSSGVHTF ...文字列:
VQLQQSGAEL VKPGASVKIS CKASGYAFSS YWMNWVKQRP GKGLEWIGQI YPGDGDTNYN GKFKGKATLT ADKSSSTAYM QLSSLTSED SAVYFCARGG LTIDYWGQGT TLTVSSAKTT APSVYPLAPV CGGTTGSSVT LGCLVKGYFP EPVTLTWNSG S LSSGVHTF PALLQSGLYT LSSSVTVTSN TWPSQTITCN VAHPASSTKV DKKIESRR

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分子 #5: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.38157 KDa
配列文字列: DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS DNLHWYQQKS HESPGLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVET EDFGMYFCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS DNLHWYQQKS HESPGLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVET EDFGMYFCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 401533
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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