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万見
- EMDB-30305: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30305
タイトルCryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
マップデータCryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
    • 複合体: cat ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: SARS-CoV-2 RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin-converting enzyme 2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / cilium / metallopeptidase activity / virus receptor activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins ...angiotensin-converting enzyme 2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / cilium / metallopeptidase activity / virus receptor activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Gao GF / Wang QH / Wu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Broad host range of SARS-CoV-2 and the molecular basis for SARS-CoV-2 binding to cat ACE2.
著者: Lili Wu / Qian Chen / Kefang Liu / Jia Wang / Pengcheng Han / Yanfang Zhang / Yu Hu / Yumin Meng / Xiaoqian Pan / Chengpeng Qiao / Siyu Tian / Pei Du / Hao Song / Weifeng Shi / Jianxun Qi / ...著者: Lili Wu / Qian Chen / Kefang Liu / Jia Wang / Pengcheng Han / Yanfang Zhang / Yu Hu / Yumin Meng / Xiaoqian Pan / Chengpeng Qiao / Siyu Tian / Pei Du / Hao Song / Weifeng Shi / Jianxun Qi / Hong-Wei Wang / Jinghua Yan / George Fu Gao / Qihui Wang /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the recent pandemic COVID-19, is reported to have originated from bats, with its intermediate host unknown to date. ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the recent pandemic COVID-19, is reported to have originated from bats, with its intermediate host unknown to date. Here, we screened 26 animal counterparts of the human ACE2 (hACE2), the receptor for SARS-CoV-2 and SARS-CoV, and found that the ACE2s from various species, including pets, domestic animals and multiple wild animals, could bind to SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) and facilitate the transduction of SARS-CoV-2 pseudovirus. Comparing to SARS-CoV-2, SARS-CoV seems to have a slightly wider range in choosing its receptor. We further resolved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the cat ACE2 (cACE2) in complex with the SARS-CoV-2 RBD at a resolution of 3 Å, revealing similar binding mode as hACE2 to the SARS-CoV-2 RBD. These results shed light on pursuing the intermediate host of SARS-CoV-2 and highlight the necessity of monitoring susceptible hosts to prevent further outbreaks.
履歴
登録2020年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7c8d
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 180 pix.
= 178.875 Å		0.99 Å/pix.
x 180 pix.
= 178.875 Å		0.99 Å/pix.
x 180 pix.
= 178.875 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.08658028 - 0.15357167
平均 (標準偏差)0.00023852462 (±0.0047762245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 178.875 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.993750.993750.99375
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z178.875178.875178.875
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0870.1540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD

全体名称: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
    • 複合体: cat ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: SARS-CoV-2 RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD

超分子名称: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)

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超分子 #2: cat ACE2

超分子名称: cat ACE2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: SARS-CoV-2 RBD

超分子名称: SARS-CoV-2 RBD / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)
分子量理論値: 85.132953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQSTTEELAK TFLEKFNHEA EELSYQSSLA SWNYNTNITD ENVQKMNEAG AKWSAFYEEQ SKLAKTYPLA EIHNTTVKRQ LQALQQSGS SVLSADKSQR LNTILNAMST IYSTGKACNP NNPQECLLLE PGLDDIMENS KDYNERLWAW EGWRAEVGKQ L RPLYEEYV ...文字列:
MQSTTEELAK TFLEKFNHEA EELSYQSSLA SWNYNTNITD ENVQKMNEAG AKWSAFYEEQ SKLAKTYPLA EIHNTTVKRQ LQALQQSGS SVLSADKSQR LNTILNAMST IYSTGKACNP NNPQECLLLE PGLDDIMENS KDYNERLWAW EGWRAEVGKQ L RPLYEEYV ALKNEMARAN NYEDYGDYWR GDYEEEWTDG YNYSRSQLIK DVEHTFTQIK PLYQHLHAYV RAKLMDTYPS RI SPTGCLP AHLLGDMWGR FWTNLYPLTV PFGQKPNIDV TDAMVNQSWD ARRIFKEAEK FFVSVGLPNM TQGFWENSML TEP GDSRKV VCHPTAWDLG KGDFRIKMCT KVTMDDFLTA HHEMGHIQYD MAYAVQPFLL RNGANEGFHE AVGEIMSLSA ATPN HLKTI GLLSPGFSED SETEINFLLK QALTIVGTLP FTYMLEKWRW MVFKGEIPKE QWMQKWWEMK REIVGVVEPV PHDET YCDP ASLFHVANDY SFIRYYTRTI YQFQFQEALC RIAKHEGPLH KCDISNSSEA GKKLLQMLTL GKSKPWTLAL EHVVGE KKM NVTPLLKYFE PLFTWLKEQN RNSFVGWNTD WRPYADQSIK VRISLKSALG DEAYEWNDNE MYLFRSSVAY AMREYFS KV KNQTIPFVED NVWVSNLKPR ISFNFFVTAS KNVSDVIPRS EVEEAIRMSR SRINDAFRLD DNSLEFLGIQ PTLSPPYQ P PVTHHHHHHH H

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分子 #2: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.873496 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列:
TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGP

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 195370
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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