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- EMDB-30298: CryoEM structure of CHD7(N-CRD) bound to the nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30298
タイトルCryoEM structure of CHD7(N-CRD) bound to the nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome
    • 複合体: CHD7
      • Other: Chromodomain Helicase DNA binding Protein 7( CHD7 )
    • 複合体: Histone H3, H4, H2A, H2B
      • Other: Histone H3
      • Other: Histone H4
      • Other: Histone H2A
      • Other: Histone H2B
    • 複合体: DNA
      • RNA: widom 601 DNA sequence
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.25 Å
データ登録者Lee E / Song JJ
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1A2B5B03001517 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2016K1A1A2912057 韓国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: A Novel N-terminal Region to Chromodomain in CHD7 is Required for the Efficient Remodeling Activity.
著者: Eunhye Lee / Chanshin Kang / Pasi Purhonen / Hans Hebert / Karim Bouazoune / Sungchul Hohng / Ji-Joon Song /
要旨: Chromodomain-Helicase DNA binding protein 7 (CHD7) is an ATP dependent chromatin remodeler involved in maintaining open chromatin structure. Mutations of CHD7 gene causes multiple developmental ...Chromodomain-Helicase DNA binding protein 7 (CHD7) is an ATP dependent chromatin remodeler involved in maintaining open chromatin structure. Mutations of CHD7 gene causes multiple developmental disorders, notably CHARGE syndrome. However, there is not much known about the molecular mechanism by which CHD7 remodels nucleosomes. Here, we performed biochemical and biophysical analysis on CHD7 chromatin remodeler and uncover that N-terminal to the Chromodomain (N-CRD) interacts with nucleosome and contains a high conserved arginine stretch, which is reminiscent of arginine anchor. Importantly, this region is required for efficient ATPase stimulation and nucleosome remodeling activity of CHD7. Furthermore, smFRET analysis shows the mutations in the N-CRD causes the defects in remodeling activity. Collectively, our results uncover the functional importance of a previously unidentified N-terminal region in CHD7 and implicate that the multiple domains in chromatin remodelers are involved in regulating their activities.
履歴
登録2020年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00206
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00206
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30298.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 230 pix.
= 188.6 Å		0.82 Å/pix.
x 230 pix.
= 188.6 Å		0.82 Å/pix.
x 230 pix.
= 188.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00206 / ムービー #1: 0.00206
最小 - 最大-0.0042791874 - 0.02512725
平均 (標準偏差)0.00032600362 (±0.0014485514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 188.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z188.600188.600188.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-0.0040.0250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome

全体名称: CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome
要素
  • 複合体: CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome
    • 複合体: CHD7
      • Other: Chromodomain Helicase DNA binding Protein 7( CHD7 )
    • 複合体: Histone H3, H4, H2A, H2B
      • Other: Histone H3
      • Other: Histone H4
      • Other: Histone H2A
      • Other: Histone H2B
    • 複合体: DNA
      • RNA: widom 601 DNA sequence

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超分子 #1: CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome

超分子名称: CryoEM structure of CHD7 bound to the nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: CHD7

超分子名称: CHD7 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Histone H3, H4, H2A, H2B

超分子名称: Histone H3, H4, H2A, H2B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

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分子 #1: Chromodomain Helicase DNA binding Protein 7( CHD7 )

分子名称: Chromodomain Helicase DNA binding Protein 7( CHD7 ) / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IEQQPQQKKK KKKNNHIVAE DPSKGFGKDD FPGGVDNQEL NRNSLDGSQE EKKKKKRSKA KKDPKEPKEP KEKKEPKEPK TPKAPKIPKE PKEKKAKTAT PKPKSSKKSS NKKPDSEASA LKKKVNKGKT EGSENSDLDK TPPPSPPPEE DEDPGVQKRR SSRQVKRKRY ...文字列:
IEQQPQQKKK KKKNNHIVAE DPSKGFGKDD FPGGVDNQEL NRNSLDGSQE EKKKKKRSKA KKDPKEPKEP KEKKEPKEPK TPKAPKIPKE PKEKKAKTAT PKPKSSKKSS NKKPDSEASA LKKKVNKGKT EGSENSDLDK TPPPSPPPEE DEDPGVQKRR SSRQVKRKRY TEDLEFKISD EEADDADAAG RDSPSNTSQS EQQESVDAEG PVVEKIMSSR SVKKQKESGE EVEIEEFYVK YKNFSYLHCQ WASIEDLEKD KRIQQKIKRF KAKQGQNKFL SEIEDELFNP DYVEVDRIMD FARSTDDRGE PVTHYLVKWC SLPYEDSTWE RRQDIDQAKI EEFEKLMSRE PE
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAVM ALQEASEAYL VALFEDTNLC AIHAKRVTIM PKDIQLARRI RGERA
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #4: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: other / ID: 4 / 分類: other
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKKT ESSKSAKSK
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #5: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: other / ID: 5 / 分類: other
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSRE IQTAVRLLLP GELAKHAVSE GTKAVTKYTS AK
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #6: widom 601 DNA sequence

分子名称: widom 601 DNA sequence / タイプ: rna / ID: 6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCGAGAATC CCGGTGCCGA GGCCGCTCAA TTGGTCGTAG ACAGCTCTAG CACCGCTTAA ACGCACGTAC GCGCTGTCCC CCGCGTTTTA ACCGCCAAGG GGATTACTCC CTAGTCTCCA GGCACGTGTC AGATATATAC ATCCGAT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 47.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kx5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17743
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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