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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30143 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human MCT2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Monocarboxylate transporter 2 / Major facilitator superfamily / Cooperative transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate secondary active transmembrane transporter activity / pyruvate transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / pyruvate transmembrane transport / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / Proton-coupled monocarboxylate transport / symporter activity / plasma membrane => GO:0005886 ...pyruvate secondary active transmembrane transporter activity / pyruvate transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / pyruvate transmembrane transport / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / Proton-coupled monocarboxylate transport / symporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / transport across blood-brain barrier / membrane => GO:0016020 / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang B / Jin Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cooperative transport mechanism of human monocarboxylate transporter 2. 著者: Bo Zhang / Qiuheng Jin / Lizhen Xu / Ningning Li / Ying Meng / Shenghai Chang / Xiang Zheng / Jiangqin Wang / Yuan Chen / Dante Neculai / Ning Gao / Xiaokang Zhang / Fan Yang / Jiangtao Guo / Sheng Ye / 要旨: Proton-linked monocarboxylate transporters (MCTs) must transport monocarboxylate efficiently to facilitate monocarboxylate efflux in glycolytically active cells, and transport monocarboxylate slowly ...Proton-linked monocarboxylate transporters (MCTs) must transport monocarboxylate efficiently to facilitate monocarboxylate efflux in glycolytically active cells, and transport monocarboxylate slowly or even shut down to maintain a physiological monocarboxylate concentration in glycolytically inactive cells. To discover how MCTs solve this fundamental aspect of intracellular monocarboxylate homeostasis in the context of multicellular organisms, we analyzed pyruvate transport activity of human monocarboxylate transporter 2 (MCT2). Here we show that MCT2 transport activity exhibits steep dependence on substrate concentration. This property allows MCTs to turn on almost like a switch, which is physiologically crucial to the operation of MCTs in the cellular context. We further determined the cryo-electron microscopy structure of the human MCT2, demonstrating that the concentration sensitivity of MCT2 arises from the strong inter-subunit cooperativity of the MCT2 dimer during transport. These data establish definitively a clear example of evolutionary optimization of protein function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30143.map.gz | 49.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30143-v30.xml emd-30143.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30143.png | 41.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30143.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30143 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30143_validation.pdf.gz | 551 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30143_full_validation.pdf.gz | 550.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30143_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30143_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30143 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30143 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8285 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Monocarboxylate transporter 2
全体 | 名称: Monocarboxylate transporter 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Monocarboxylate transporter 2
超分子 | 名称: Monocarboxylate transporter 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Monocarboxylate transporter 2
分子 | 名称: Monocarboxylate transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 53.919707 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPPMPSAPPV HPPPDGGWGW IVVGAAFISI GFSYAFPKAV TVFFKEIQQI FHTTYSEIAW ISSIMLAVMY AGGPVSSVLV NKYGSRPVV IAGGLLCCLG MVLASFSSSV VQLYLTMGFI TGLGLAFNLQ PALTIIGKYF YRKRPMANGL AMAGSPVFLS S LAPFNQYL ...文字列: MPPMPSAPPV HPPPDGGWGW IVVGAAFISI GFSYAFPKAV TVFFKEIQQI FHTTYSEIAW ISSIMLAVMY AGGPVSSVLV NKYGSRPVV IAGGLLCCLG MVLASFSSSV VQLYLTMGFI TGLGLAFNLQ PALTIIGKYF YRKRPMANGL AMAGSPVFLS S LAPFNQYL FNTFGWKGSF LILGSLLLNA CVAGSLMRPL GPNQTTSKSK NKTGKTEDDS SPKKIKTKKS TWEKVNKYLD FS LFKHRGF LIYLSGNVIM FLGFFAPIIF LAPYAKDQGI DEYSAAFLLS VMAFVDMFAR PSVGLIANSK YIRPRIQYFF SFA IMFNGV CHLLCPLAQD YTSLVLYAVF FGLGFGSVSS VLFETLMDLV GAPRFSSAVG LVTIVECGPV LLGPPLAGKL VDLT GEYKY MYMSCGAIVV AASVWLLIGN AINYRLLAKE RKEENARQKT RESEPLSKSK HSEDVNVKVS NAQSVTSERE TNIVE GGSS GGWSHPQFEK UniProtKB: Monocarboxylate transporter 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 82.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7bp3: |