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万見
- EMDB-30131: Cryo-EM structure of the encapsulated DyP-type peroxidase from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30131
タイトルCryo-EM structure of the encapsulated DyP-type peroxidase from Mycobacterium smegmatis
マップデータPost-processed Cryo-EM map generated by RELION
試料
  • 複合体: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: Dyp-type peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードCargo protein / Dodecamer / Heme-containing enzyme / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase / lactoperoxidase activity / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Dyp-type peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Tang YT / Mu A / Gong HR / Wang Q / Rao ZH
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)813300237 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of DyP-loaded encapsulin.
著者: Yanting Tang / An Mu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Weiwei Wang / Yuezheng Lai / Xiaoting Zhou / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hongri Gong / Quan Wang / Zihe Rao /
要旨: Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact ...Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact and function. Here, we have isolated a native cargo-packaging encapsulin from and determined its complete high-resolution structure by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This encapsulin comprises an icosahedral shell and a dodecameric DyP cargo. The dodecameric DyP consists of two hexamers with a twofold axis of symmetry and stretches across the interior of the encapsulin. Our results reveal that the encapsulin shell plays a role in stabilizing the dodecameric DyP. Furthermore, we have proposed a potential mechanism for removing the hydrogen peroxide based on the structural features. Our study also suggests that the DyP is the primary cargo protein of mycobacterial encapsulins and is a potential target for antituberculosis drug discovery.
履歴
登録2020年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bok
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed Cryo-EM map generated by RELION
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.035847817 - 0.07887428
平均 (標準偏差)0.00015577735 (±0.0036115523)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.400374.400374.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0360.0790.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30131_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION

ファイルemd_30131_half_map_1.map
注釈Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION

ファイルemd_30131_half_map_2.map
注釈First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin from Mycobacterium smegmatis

全体名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
要素
  • 複合体: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: Dyp-type peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis

超分子名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Dyp-type peroxidase

分子名称: Dyp-type peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peroxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 37.25234 KDa
配列文字列: MPAPQPQPVL APLTPAAVFL VATIDEGQEA TVYDALPDIS GLVRAIGFRD PAKRLSAITS IGSDAWDRLF SGPRPAELHP FREIDGGRH HAPATPGDLL FHLRAESMDV CFELATKLVE AMSGAITIVD ETHGFRFFDN RDLMGFVDGT ENPDGNLAVV A TQIGDEDP ...文字列:
MPAPQPQPVL APLTPAAVFL VATIDEGQEA TVYDALPDIS GLVRAIGFRD PAKRLSAITS IGSDAWDRLF SGPRPAELHP FREIDGGRH HAPATPGDLL FHLRAESMDV CFELATKLVE AMSGAITIVD ETHGFRFFDN RDLMGFVDGT ENPDGNLAVV A TQIGDEDP DFAGGCYVHV QKYLHDMASW NSLSVEEQER VIGRTKLDDI ELDDDVKPAN SHVALNVIED EDGNELKIIR HN MPFGEIG KGEFGTYYIG YSRTPSVTER MLDNMFIGDP PGNTDRILDF STAITGGLFF TPTVDFLDDP PPLPSEDDRA EPA SAPSAD PVHTDGSLGI GSLKGTR

UniProtKB: Dyp-type peroxidase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 6.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 13937
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4gu7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7bok:
Cryo-EM structure of the encapsulated DyP-type peroxidase from Mycobacterium smegmatis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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