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万見
- EMDB-30128: Cryo-EM structure of Arabidopsis CRY under blue light-mediated ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30128
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis CRY under blue light-mediated activation
マップデータ
試料
  • 複合体: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Cryptochrome-2
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering / regulation of flower development / blue light signaling pathway / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / response to light stimulus / FAD binding / regulation of circadian rhythm / PML body / circadian rhythm / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / chromatin remodeling / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase ...Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ma L / Guan ZY / Yin P
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the photoactivation of Arabidopsis CRY2.
著者: Ling Ma / Zeyuan Guan / Qiang Wang / Xuhui Yan / Jing Wang / Zhizheng Wang / Jianbo Cao / Delin Zhang / Xin Gong / Ping Yin /
要旨: The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. ...The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of a blue-light-activated CRY2 tetramer at a resolution of 3.1 Å, which shows how the CRY2 tetramer assembles. Our study provides insights into blue-light-mediated activation of CRY2 and a theoretical basis for developing regulators of CRYs for optogenetic manipulation.
履歴
登録2020年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m79
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 266.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.12942281 - 0.26605147
平均 (標準偏差)-3.0297784e-05 (±0.0070872717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 266.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.400266.400266.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1290.266-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30128_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30128_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer

全体名称: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
要素
  • 複合体: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Cryptochrome-2
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer

超分子名称: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Cryptochrome-2

分子名称: Cryptochrome-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 69.57993 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKMDKKTIVW FRRDLRIEDN PALAAAAHEG SVFPVFIWCP EEEGQFYPGR ASRWWMKQSL AHLSQSLKAL GSDLTLIQTH NTISAILDC IRVTGPTKVV FNHLYDPVSL VRDHTVKEKL VERGISVQSY NGDLLYEPWE IYCEKGKPFT SFNSYWKKCL D MSIESVML ...文字列:
MKMDKKTIVW FRRDLRIEDN PALAAAAHEG SVFPVFIWCP EEEGQFYPGR ASRWWMKQSL AHLSQSLKAL GSDLTLIQTH NTISAILDC IRVTGPTKVV FNHLYDPVSL VRDHTVKEKL VERGISVQSY NGDLLYEPWE IYCEKGKPFT SFNSYWKKCL D MSIESVML PPPWRLMPIT AAAEAIWACS IEELGLENEA EKPSNALLTR AWSPGWSNAD KLLNEFIEKQ LIDYAKNSKK VV GNSTSLL SPYLHFGEIS VRHVFQCARM KQIIWARDKN SEGEESADLF LRGIGLREYS RYICFNFPFT HEQSLLSHLR FFP WDADVD KFKAWRQGRT GYPLVDAGMR ELWATGWMHN RIRVIVSSFG VKFLLLPWKW GMKYFWDTLL DADLECDILG WQYI SGSIP DGHELDRLDN PALQGAKYDP EGEYIRQWLP ELARLPTEWI HHPWDAPLTV LKASGVELGT NYAKPIVDID TAREL LAKA ISRTREAQIM IGAAPDEIVA DSFEALGANT IKEPGLCPSV SSNDQQVPSV VRYNGSKRVK PEEEEERDMK KSRGFD ERE LFSTAESSSS SSVFFVSQSC SLASEGKNLE GIQDSSDQIT TSLGKNGCK

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分子 #2: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v1.18)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 209604
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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