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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30128 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis CRY under blue light-mediated activation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / regulation of photoperiodism, flowering ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / regulation of photoperiodism, flowering / positive regulation of flower development / regulation of flower development / 光屈性 / stomatal movement / response to blue light / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / 概日リズム / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / クロマチンリモデリング / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma L / Guan ZY / Yin P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020 タイトル: Structural insights into the photoactivation of Arabidopsis CRY2. 著者: Ling Ma / Zeyuan Guan / Qiang Wang / Xuhui Yan / Jing Wang / Zhizheng Wang / Jianbo Cao / Delin Zhang / Xin Gong / Ping Yin / 要旨: The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. ...The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of a blue-light-activated CRY2 tetramer at a resolution of 3.1 Å, which shows how the CRY2 tetramer assembles. Our study provides insights into blue-light-mediated activation of CRY2 and a theoretical basis for developing regulators of CRYs for optogenetic manipulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30128.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30128-v30.xml emd-30128.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30128.png | 82.2 KB | ||
その他 | emd_30128_half_map_1.map.gz emd_30128_half_map_2.map.gz | 39.8 MB 39.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30128 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30128_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30128_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
全体 | 名称: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer
超分子 | 名称: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Cryptochrome-2
分子 | 名称: Cryptochrome-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 69.57993 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKMDKKTIVW FRRDLRIEDN PALAAAAHEG SVFPVFIWCP EEEGQFYPGR ASRWWMKQSL AHLSQSLKAL GSDLTLIQTH NTISAILDC IRVTGPTKVV FNHLYDPVSL VRDHTVKEKL VERGISVQSY NGDLLYEPWE IYCEKGKPFT SFNSYWKKCL D MSIESVML ...文字列: MKMDKKTIVW FRRDLRIEDN PALAAAAHEG SVFPVFIWCP EEEGQFYPGR ASRWWMKQSL AHLSQSLKAL GSDLTLIQTH NTISAILDC IRVTGPTKVV FNHLYDPVSL VRDHTVKEKL VERGISVQSY NGDLLYEPWE IYCEKGKPFT SFNSYWKKCL D MSIESVML PPPWRLMPIT AAAEAIWACS IEELGLENEA EKPSNALLTR AWSPGWSNAD KLLNEFIEKQ LIDYAKNSKK VV GNSTSLL SPYLHFGEIS VRHVFQCARM KQIIWARDKN SEGEESADLF LRGIGLREYS RYICFNFPFT HEQSLLSHLR FFP WDADVD KFKAWRQGRT GYPLVDAGMR ELWATGWMHN RIRVIVSSFG VKFLLLPWKW GMKYFWDTLL DADLECDILG WQYI SGSIP DGHELDRLDN PALQGAKYDP EGEYIRQWLP ELARLPTEWI HHPWDAPLTV LKASGVELGT NYAKPIVDID TAREL LAKA ISRTREAQIM IGAAPDEIVA DSFEALGANT IKEPGLCPSV SSNDQQVPSV VRYNGSKRVK PEEEEERDMK KSRGFD ERE LFSTAESSSS SSVFFVSQSC SLASEGKNLE GIQDSSDQIT TSLGKNGCK |
-分子 #2: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: AMP |
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分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v1.18) |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 209604 |