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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30096 | |||||||||
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タイトル | 3A Apoferritin, JEM-2100F + K2 Summit, 50K, RELION 3.1 | |||||||||
マップデータ | 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual data collection, RELION 3.1 beta, post-processed map. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Kayama Y / Song C / Kato T / Murata K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Below 3 Å structure of apoferritin using a multipurpose TEM with a side entry cryoholder. 著者: Yoko Kayama / Raymond N Burton-Smith / Chihong Song / Naoya Terahara / Takayuki Kato / Kazuyoshi Murata / 要旨: Recently, the structural analysis of protein complexes by cryo-electron microscopy (cryo-EM) single particle analysis (SPA) has had great impact as a biophysical method. Many results of cryo-EM SPA ...Recently, the structural analysis of protein complexes by cryo-electron microscopy (cryo-EM) single particle analysis (SPA) has had great impact as a biophysical method. Many results of cryo-EM SPA are based on data acquired on state-of-the-art cryo-electron microscopes customized for SPA. These are currently only available in limited locations around the world, where securing machine time is highly competitive. One potential solution for this time-competitive situation is to reuse existing multi-purpose equipment, although this comes with performance limitations. Here, a multi-purpose TEM with a side entry cryo-holder was used to evaluate the potential of high-resolution SPA, resulting in a 3 Å resolution map of apoferritin with local resolution extending to 2.6 Å. This map clearly showed two positions of an aromatic side chain. Further, examination of optimal imaging conditions depending on two different multi-purpose electron microscope and camera combinations was carried out, demonstrating that higher magnifications are not always necessary or desirable. Since automation is effectively a requirement for large-scale data collection, and augmenting the multi-purpose equipment is possible, we expanded testing by acquiring data with SerialEM using a β-galactosidase test sample. This study demonstrates the possibilities of more widely available and established electron microscopes, and their applications for cryo-EM SPA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30096.map.gz | 116.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30096-v30.xml emd-30096.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30096_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30096.png | 102.9 KB | ||
マスクデータ | emd_30096_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_30096_half_map_1.map.gz emd_30096_half_map_2.map.gz | 93.9 MB 93.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30096 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30096_validation.pdf.gz | 490 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30096_full_validation.pdf.gz | 489.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30096_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30096 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual data collection, RELION 3.1 beta, post-processed map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30096_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual...
ファイル | emd_30096_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual data collection, RELION 3.1 beta, half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual...
ファイル | emd_30096_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 3A structure of Apoferritin, JEM-2100F K2 Summit, manual data collection, RELION 3.1 beta, half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin, 3A, JEM-2100F + K2 Summit, 50K, RELION 3.1
全体 | 名称: Apoferritin, 3A, JEM-2100F + K2 Summit, 50K, RELION 3.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin, 3A, JEM-2100F + K2 Summit, 50K, RELION 3.1
超分子 | 名称: Apoferritin, 3A, JEM-2100F + K2 Summit, 50K, RELION 3.1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |