EMDB-30062: cryo_EM map of KCC2, focused refined on extracellular region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30062

タイトル

cryo_EM map of KCC2, focused refined on extracellular region

マップデータ

cryo_EM map of KCC2, focused refined on extracellular region

試料

複合体: KCC2 , focused refined on extracellular region

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Chi XM / Li XR / Chen Y / Zhang YY / Su Q / Zhou Q

資金援助

中国, 3件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971123	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31930059	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81920108015	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for regulation of human potassium chloride cotransporters
著者: Chi XM / Li XR / Chen Y / Zhang YY / Su Q / Zhou Q

履歴

登録	2020年2月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年11月4日	-
マップ公開	2020年11月4日	-
更新	2020年11月4日	-
現状	2020年11月4日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.03 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 0.03 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30062.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30062.map.gz	114.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30062-v30.xml emd-30062.xml	8.4 KB 8.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30062.png	35 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30062	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_30062_validation.pdf.gz	79.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_30062_full_validation.pdf.gz	78.3 KB	表示
XML形式データ	emd_30062_validation.xml.gz	493 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30062	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30050C 30051C 30059C 30060C 30063C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yjn-d 4gyr-d 3ahh-d 3p30-d 3ahf-d 6jwf-d 5koc-d 3ahe-d 3ahi-d 5kpg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

cryo_EM map of KCC2, focused refined on extracellular region

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 320 pix. = 347.84 Å	1.09 Å/pix. x 320 pix. = 347.84 Å	1.09 Å/pix. x 320 pix. = 347.84 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.087 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大	-0.06509139 - 0.11371572
平均 (標準偏差)	0.00003408307 (±0.0022372995)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	320	320	320
Spacing	320	320	320

セル

A=B=C: 347.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.087	1.087	1.087
M x/y/z	320	320	320
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	347.840	347.840	347.840
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	320	320	320
D min/max/mean	-0.065	0.114	0.000

-
全体 : KCC2 , focused refined on extracellular region

全体	名称: KCC2 , focused refined on extracellular region
要素	複合体: KCC2 , focused refined on extracellular region

-
超分子 #1: KCC2 , focused refined on extracellular region

超分子	名称: KCC2 , focused refined on extracellular region / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 67743
初期角度割当	タイプ: OTHER
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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