PDB-5kpg: Pavine N-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine pH 7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kpg

タイトル

Pavine N-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine pH 7

要素

Pavine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis

機能・相同性

pavine N-methyltransferase / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / cytoplasm / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Pavine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Torres, M.A. / Hoffarth, E. / Eugenio, L. / Savtchouk, J. / Chen, X. / Morris, J. / Facchini, P.J. / Ng, K.K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Studies of Pavine N-Methyltransferase from Thalictrum flavum Reveal Novel Insights into Substrate Recognition and Catalytic Mechanism.
著者: Torres, M.A. / Hoffarth, E. / Eugenio, L. / Savtchouk, J. / Chen, X. / Morris, J.S. / Facchini, P.J. / Ng, K.K.

履歴

登録	2016年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kpg.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kpg.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kn4SC 5kocC 5kokC 5kpcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kok-d 5koc-d 1v3e-d 1v3d-d 4gac-d 7a40-d 5ah0-d 5kn4-d 4xjr-d 1v3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pavine N-methyltransferase

B: Pavine N-methyltransferase

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.900, 71.970, 95.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pavine N-methyltransferase / PfPavNMT 分子量: 46436.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物) プラスミド: pRSETC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C3SBW0, pavine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 % / 解説: Rod-like, 0.1x0.1x0.3 mm
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 250 g/L polyethylene glycol 3350, 100 mM sodium HEPES pH 7.0, 75 mM potassium chloride, 40 g/L glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月2日 / 詳細: collimating mirror / toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.394 Å / Num. obs: 94304 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC_1/2: 0.816 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS	Nov. 3, 2014	データ削減
XSCALE	Nov. 3, 2014	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KN4

5kn4

解像度: 1.6→38.394 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.56

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2237	4715	5 %	Random
R_work	0.1869	-	-	-
obs	0.1887	94288	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5545	0	52	682	6279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	7756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.424	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2891	156	0.2732	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.2711	158	0.2593	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6372-1.6572	0.3162	152	0.2573	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.3296	156	0.2583	2964	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6782-1.7002	0.2807	156	0.2627	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7002-1.7235	0.296	157	0.2491	2982	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7235-1.7482	0.3036	156	0.2465	2958	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7482-1.7743	0.2882	156	0.2402	2962	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7743-1.802	0.2734	157	0.2293	2989	X-RAY DIFFRACTION	99
1.802-1.8315	0.2343	156	0.2178	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.2267	156	0.2136	2955	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8631-1.897	0.2467	156	0.2156	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.3098	158	0.2176	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9729	0.2659	155	0.2152	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0158	0.2322	157	0.2044	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0627	0.2663	158	0.2039	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0627-2.1143	0.2294	158	0.2019	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1715	0.2266	157	0.1952	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.2353	0.2352	157	0.1899	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.3075	0.2482	157	0.1952	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.39	0.2697	157	0.197	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.4856	0.2208	159	0.192	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4856-2.5987	0.2379	156	0.186	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5987-2.7357	0.2462	158	0.1876	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-2.907	0.1934	159	0.1797	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.1314	0.2159	158	0.1821	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1314-3.4464	0.1901	157	0.1703	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4464-3.9446	0.1943	159	0.1521	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9446-4.9681	0.166	160	0.1402	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9681-38.4047	0.2008	163	0.1663	3084	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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