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- EMDB-30037: Cryo-EM structures of HKU2 spike glycoproteins -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30037
タイトルCryo-EM structures of HKU2 spike glycoproteins
マップデータ
試料
  • 複合体: HKU2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. ...Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Wang X / Yu J / Qiao S / Guo R
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of HKU2 and SADS-CoV spike glycoproteins provide insights into coronavirus evolution.
著者: Yu J / Qiao S / Guo R / Wang X
履歴
登録2020年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月27日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m15
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30037.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0201 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.1313678 - 0.25833428
平均 (標準偏差)0.00039474524 (±0.0075939964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.616271.616271.616
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1310.2580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HKU2 glycoprotein

全体名称: HKU2 glycoprotein
要素
  • 複合体: HKU2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: HKU2 glycoprotein

超分子名称: HKU2 glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (ウイルス)
分子量理論値: 124.52668 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLFIVFVLL FRVCYCCDYV DFRLFNGIFS TSRGLSNTTT VITGAYPSTN KAKWFCPTNV GRPVGTGVGI GVYAQTAQAS YETGGSGAG GYTFSVSPKH VTNLTWSLWV HRPWGANANV TVRLCRWWQK FSFNETAHFQ PAGPSSAFEC LVNGSFPSSQ H KGYMFGVT ...文字列:
MKLFIVFVLL FRVCYCCDYV DFRLFNGIFS TSRGLSNTTT VITGAYPSTN KAKWFCPTNV GRPVGTGVGI GVYAQTAQAS YETGGSGAG GYTFSVSPKH VTNLTWSLWV HRPWGANANV TVRLCRWWQK FSFNETAHFQ PAGPSSAFEC LVNGSFPSSQ H KGYMFGVT WYNDFVRIIF PPTVFELQLD GLQWEYVQFT GPVNAGRMTK FNVVTEISSV LVLTDQSGAV TRYSYCADGF VN GLQCKLR LFDIPPGVYS NSEVEYPVAL YTVVHNMSVC PQRPESYCGS NYCPFKRVVF SNCVVNYTSW TSGLLRDYQH LVL PNGKFN PFTECNGLNR IVDDCVTGFV LRVGRGTAVN RTVITPYLKP NECFGWSWND YQDSIYDWWI ADFVSTGAFV CEKN PDAPR TGVCITYTIE KVTFQGVLYE SNFTFAQYYN VLYFGSQLKY VRILGKVYEV APCFEASYDV LFRSSSSFGL LYRSF DCNQ LRISASRFAE RLLPSHNGTA TALGCLFNAT YAPNDTMVNC TNPLGDGFCA DLLSNVVVRR MTFEKHDTTY VAPVTN ERF TELPLDHQLV LTEQFLQTTM PKFSISCETY ICDVSKACKN LLFRYGGFCQ KIEADIRGAG VLLDSDVSGL YSTIAAK TS SITPTTDRFN VSQFFLPKVQ SNSERFESRS VIEDLLFSKI ETTGPGFYGD YYNCKKNAIQ DLTCAQYHNG ILVIPPVM D AETLGMYGGI AAASLTLGIF GGQAGITTWS LAMAGRLNAL GVVQNALVDD VNKLANGFNQ LTASVGKLAL TTSSALQAI QAVVNQNAAQ VESLVSGITE NFGAISTNFK VISQRLDKLE ADVQMDRLIN GRMNVLQLFV TNYKLKIAEL RNTHRYVQSL INECVYAQS LRNGFCGQGL HVLSLMQNAP SGIMFFHYSL IPNNTITVKT TPGLCESDEL GSKCIVAKDG VLVSANLSYW Q WSPRNLYK PENLTFANVI AVSRGANYTT LNRTFDIPEL NSTFPIDEEF REYFQNMSSE LQALKNLTAD MSKLNISAEI QL INEIAHN VSNMRVEVEK FQRYVNYVKL EVLFQGPGGG SGGGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGWSHPQFE K

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 71 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.784 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 421490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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