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万見
- EMDB-2964: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2964
タイトルCryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like particle
マップデータCryo-EM 3D reconstruction of self-assembled Ross River virus core-like particle with oligomer
試料
  • 試料: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like particle
  • ウイルス: Ross River virus (ロスリバーウイルス)
  • DNA: 27 mer ssDNA oligomer
キーワードself-assembly / Ross River virus / core-like particle / oligomer
生物種unidentified (未定義) / Ross River virus (ロスリバーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.9 Å
データ登録者Chen C / Wang J C-Y / Rayaprolu V / Mukhopadhyay S / Zlotnick A
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2015
タイトル: Self-Assembly of an Alphavirus Core-like Particle Is Distinguished by Strong Intersubunit Association Energy and Structural Defects.
著者: Joseph Che-Yen Wang / Chao Chen / Vamseedhar Rayaprolu / Suchetana Mukhopadhyay / Adam Zlotnick /
要旨: Weak association energy can lead to uniform nanostructures: defects can anneal due to subunit lability. What happens when strong association energy leads to particles where defects are trapped? ...Weak association energy can lead to uniform nanostructures: defects can anneal due to subunit lability. What happens when strong association energy leads to particles where defects are trapped? Alphaviruses are enveloped viruses whose icosahedral nucleocapsid core can assemble independently. We used a simplest case system to study Ross River virus (RRV) core-like particle (CLP) self-assembly using purified capsid protein and a short DNA oligomer. We find that capsid protein binds the oligomer with high affinity to form an assembly competent unit (U). Subsequently, U assembles with concentration dependence into CLPs. We determined that U-U pairwise interactions are very strong (ca. -6 kcal/mol) compared to other virus assembly systems. Assembled RRV CLPs appeared morphologically uniform and cryo-EM image reconstruction with imposed icosahedral symmetry yielded a T = 4 structure. However, 2D class averages of the CLPs show that virtually every class had disordered regions. These results suggested that irregular cores may be present in RRV virions. To test this hypothesis, we determined 2D class averages of RRV virions using authentic virions or only the core from intact virions isolated by computational masking. Virion-based class averages were symmetrical, geometric, and corresponded well to projections of image reconstructions. In core-based class averages, cores and envelope proteins in many classes were disordered. These results suggest that partly disordered components are common even in ostensibly well-ordered viruses, a biological realization of a patchy particle. Biological advantages of partly disordered complexes may arise from their ease of dissociation and asymmetry.
履歴
登録2015年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年9月30日-
現状2015年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 22.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 22.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 123.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM 3D reconstruction of self-assembled Ross River virus core-like particle with oligomer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.84 Å/pix.
x 321 pix.
= 590.64 Å		1.84 Å/pix.
x 321 pix.
= 590.64 Å		1.84 Å/pix.
x 321 pix.
= 590.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 22.600000000000001 / ムービー #1: 22.6
最小 - 最大-69.289154049999993 - 203.015090939999993
平均 (標準偏差)3.00734258 (±19.601602549999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ321321321
Spacing321321321
セルA=B=C: 590.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.841.841.84
M x/y/z321321321
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z590.640590.640590.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS321321321
D min/max/mean-69.289203.0153.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like pa...

全体名称: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like particle
要素
  • 試料: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like particle
  • ウイルス: Ross River virus (ロスリバーウイルス)
  • DNA: 27 mer ssDNA oligomer

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超分子 #1000: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like pa...

超分子名称: Cryo-EM structure of self-assembled Ross River virus core-like particle
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: RRV CLPs were assembled at a final Cp concentration of 1.5uM mixed with 27mer single-stranded DNA oligo at a molar ratio of 1:1
Number unique components: 2

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超分子 #1: Ross River virus

超分子名称: Ross River virus / タイプ: virus / ID: 1
詳細: Only the nucleocapsid protein was expressed and used in this study
NCBI-ID: 11029 / 生物種: Ross River virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ochlerotatus camptorhynchus (カ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 cells / 組換細胞: Rosetta 2 cells / 組換プラスミド: pET29b
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: 27 mer ssDNA oligomer

分子名称: 27 mer ssDNA oligomer / タイプ: dna / ID: 1 / Name.synonym: 27 mer ssDNA oligomer / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
配列文字列:
TACCCACGCT CTCGCAGTCA TAATTCG

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, pH=7.4, 150 mM NaCl, and 0.1 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: wait 25 sec and blot for 4 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細MDS
日付2014年3月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 89 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.37 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using e2boxer.py and the images were processed using auto3dem. An low resolution initial model was provided using the 40A RRV nucleocapsid layer
CTF補正詳細: per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: auto3dem / 使用した粒子像数: 3713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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