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万見
- EMDB-29366: Co-structure of the Human Metapneunomovirus RNA-dependent RNA pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29366
タイトルCo-structure of the Human Metapneunomovirus RNA-dependent RNA polymerase with MRK-1
マップデータSharpened map used for model refinement
試料
  • 複合体: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide
キーワードRNA-BINDING PROTEIN / HMPV / RDRP / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / PRNTASE / POLYRIBONUCLEOTIDYL TRANSFERASE / RNA CAPPING / VIRAL REPLICATION / VIRAL PROTEIN / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V ...Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human metapneumovirus CAN97-83 (ウイルス) / Human metapneumovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Fischmann TO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Conserved allosteric inhibitory site on the respiratory syncytial virus and human metapneumovirus RNA-dependent RNA polymerases.
著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / ...著者: Victoria A Kleiner / Thierry O Fischmann / John A Howe / Douglas C Beshore / Michael J Eddins / Yan Hou / Todd Mayhood / Daniel Klein / Debbie D Nahas / Bob J Lucas / He Xi / Edward Murray / Daphne Y Ma / Krista Getty / Rachel Fearns /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (HMPV) are related RNA viruses responsible for severe respiratory infections and resulting disease in infants, elderly, and immunocompromised adults. Therapeutic small molecule inhibitors that bind to the RSV polymerase and inhibit viral replication are being developed, but their binding sites and molecular mechanisms of action remain largely unknown. Here we report a conserved allosteric inhibitory site identified on the L polymerase proteins of RSV and HMPV that can be targeted by a dual-specificity, non-nucleoside inhibitor, termed MRK-1. Cryo-EM structures of the inhibitor in complexes with truncated RSV and full-length HMPV polymerase proteins provide a structural understanding of how MRK-1 is active against both viruses. Functional analyses indicate that MRK-1 inhibits conformational changes necessary for the polymerase to engage in RNA synthesis initiation and to transition into an elongation mode. Competition studies reveal that the MRK-1 binding pocket is distinct from that of a capping inhibitor with an overlapping resistance profile, suggesting that the polymerase conformation bound by MRK-1 may be distinct from that involved in mRNA capping. These findings should facilitate optimization of dual RSV and HMPV replication inhibitors and provide insights into the molecular mechanisms underlying their polymerase activities.
履歴
登録2023年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map used for model refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2681677 - 1.9156141
平均 (標準偏差)0.001608864 (±0.05163311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Unsharpened half-map

ファイルemd_29366_half_map_1.map
注釈Unsharpened half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half-map

ファイルemd_29366_half_map_2.map
注釈Unsharpened half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAME...

全体名称: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
要素
  • 複合体: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide

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超分子 #1: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAME...

超分子名称: HUMAN METAPNEUMOVIRUS POLYMERASE (L) PROTEIN BOUND BY THE TETRAMERIC PHOSPHOPROTEIN (P) AND COMPLEXED WITH MRK-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus CAN97-83 (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 235.226891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKGSGSL EVLFQGPMDP LNESTVNVYL PDSYLKGVIS FSETNAIGSC LLKRPYLKND NTAKVAIEN PVIEHVRLKN AVNSKMKISD YKVVEPVNMQ HEIMKNVHSC ELTLLKQFLT RSKNISTLKL NMICDWLQLK S TSDDTSIL ...文字列:
MGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKGSGSL EVLFQGPMDP LNESTVNVYL PDSYLKGVIS FSETNAIGSC LLKRPYLKND NTAKVAIEN PVIEHVRLKN AVNSKMKISD YKVVEPVNMQ HEIMKNVHSC ELTLLKQFLT RSKNISTLKL NMICDWLQLK S TSDDTSIL SFIDVEFIPS WVSNWFSNWY NLNKLILEFR REEVIRTGSI LCRSLGKLVF IVSSYGCIVK SNKSKRVSFF TY NQLLTWK DVMLSRFNAN FCIWVSNSLN ENQEGLGLRS NLQGMLTNKL YETVDYMLSL CCNEGFSLVK EFEGFIMSEI LRI TEHAQF STRFRNTLLN GLTDQLTKLK NKNRLRVHST VLENNDYPMY EVVLKLLGDT LRCIKLLINK NLENAAELYY IFRI FGHPM VDERDAMDAV KLNNEITKIL RLESLTELRG AFILRIIKGF VDNNKRWPKI KNLKVLSKRW TMYFKAKNYP SQLEL SEQD FLELAAIQFE QEFSVPEKTN LEMVLNDKAI SPPKRLIWSV YPKNYLPETI KNRYLEETFN ASDSLKTRRV LEYYLK DNK FDQKELKSYV VRQEYLNDKE HIVSLTGKER ELSVGRMFAM QPGKQRQIQI LAEKLLADNI VPFFPETLTK YGDLDLQ RI MEIKSELSSI KTRRNDSYNN YIARASIVTD LSKFNQAFRY ETTAICADVA DELHGTQSLF CWLHLIVPMT TMICAYRH A PPETKGEYDI DKIEEQSGLY RYHMGGIEGW CQKLWTMEAI SLLDVVSVKT RCQMTSLLNG DNQSIDVSKP VKLSEGLDE VKADYRLAVK MLKEIRDAYR NIGHKLKEGE TYISRDLQFI SKVIQSEGVM HPTPIKKVLR VGPWINTILD DIKTSAESIG SLCQELEFR GESIIVSLIL RNFWLYNLYM HESKQHPLAG KQLFKQLNKT LTSVQRFFEI KRENEVVDLW MNIPMQFGGG D PVVFYRSF YRRTPDFLTE AISHVDILLK ISANIKNETK VSFFKALLSI EKNERATLTT LMRDPQAVGS ERQAKVTSDI NR TAVTSIL SLSPNQLFSD SAIHYSRNEE EVGIIAENIT PVYPHGLRVL YESLPFHKAE KVVNMISGTK SITNLLQRTS AIN GEDIDR AVSMMLENLG LLSRILSVVV DSIEIPIKSN GRLICCQISR TLRETSWNNM EIVGVTSPSI TTCMDVIYAT SSHL KGIII EKFSTDRTTR GQRGPKSPWV GSSTQEKKLV PVYNRQILSK QQREQLEAIG KMRWVYKGTP GLRRLLNKIC LGSLG ISYK CVKPLLPRFM SVNFLHRLSV SSRPMEFPAS VPAYRTTNYH FDTSPINQAL SERFGNEDIN LVFQNAISCG ISIMSV VEQ LTGRSPKQLV LIPQLEEIDI MPPPVFQGKF NYKLVDKITS DQHIFSPDKI DMLTLGKMLM PTIKGQKTDQ FLNKREN YF HGNNLIESLS AALACHWCGI LTEQCIENNI FKKDWGDGFI SDHAFMDFKI FLCVFKTKLL CSWGSQGKNI KDEDIVDE S IDKLLRIDNT FWRMFSKVMF EPKVKKRIML YDVKFLSLVG YIGFKNWFIE QLRSAELHEI PWIVNAEGDL VEIKSIKIY LQLIEQSLFL RITVLNYTDM AHALTRLIRK KLMCDNALLT PISSPMVNLT QVIDPTTQLD YFPKITFERL KNYDTSSNYA KGKLTRNYM ILLPWQHVNR YNFVFSSTGC KVSLKTCIGK LMKDLNPKVL YFIGEGAGNW MARTACEYPD IKFVYRSLKD D LDHHYPLE YQRVIGELSR IIDSGEGLSM ETTDATQKTH WDLIHRVSKD ALLITLCDAE FKDRDDFFKM VILWRKHVLS CR ICTTYGT DLYLFAKYHA KDCNVKLPFF VRSVATFIMQ GSKLSGSECY ILLTLGHHNS LPCHGEIQNS KMKIAVCNDF YAA KKLDNK SIEANCKSLL SGLRIPINKK ELDRQRRLLT LQSNHSSVAT VGGSKIIESK WLTNKASTII DWLEHILNSP KGEL NYDFF EALENTYPNM IKLIDNLGNA EIKKLIKVTG YMLVSKK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 34.814141 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSFPEGKDIL FMGNEAAKLA EAFQKSLRKP SHKRSQSIIG EKVNTVSETL ELPTISRPTK PTILSEPKLA WTDKGGAIKT EAKQTIKVM DPIEEEEFTE KRVLPSSDGK TPAEKKLKPS TNTKKKVSFT PNEPGKYTKL EKDALDLLSD NEEEDAESSI L TFEERDTS ...文字列:
MSFPEGKDIL FMGNEAAKLA EAFQKSLRKP SHKRSQSIIG EKVNTVSETL ELPTISRPTK PTILSEPKLA WTDKGGAIKT EAKQTIKVM DPIEEEEFTE KRVLPSSDGK TPAEKKLKPS TNTKKKVSFT PNEPGKYTKL EKDALDLLSD NEEEDAESSI L TFEERDTS SLSIEARLES IEEKLSMILG LLRTLNIATA GPTAARDGIR DAMIGIREEL IADIIKEAKG KAAEMMEEEM NQ RTKIGNG SVKLTEKAKE LNKIVEDEST SGESEEEEEL KDTQENNQED DIYQLIMKGE NKYFQGHHHH HHH

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6...

分子名称: 4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: Y6L
分子量理論値: 478.515 Da
Chemical component information

ChemComp-Y6L:
4-(2-aminopropan-2-yl)-N'-[4-(cyclopropyloxy)-3-methoxybenzoyl]-6-(4-fluorophenyl)pyridine-2-carbohydrazide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6u5o

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 524654
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8fpj:
Co-structure of the Human Metapneunomovirus RNA-dependent RNA polymerase with MRK-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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