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万見
- EMDB-29096: Cryo-EM structure of human NCC (class 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29096
タイトルCryo-EM structure of human NCC (class 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: NCC-polythiazide complex
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: Polythiazide
キーワードMembrane transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / ammonium transmembrane transport / sodium ion homeostasis / ammonium channel activity ...swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / ammonium transmembrane transport / sodium ion homeostasis / ammonium channel activity / chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / ear development / response to salt / potassium ion homeostasis / response to aldosterone / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / sodium ion transport / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / sodium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiazide-sensitive Na-K-Cl co-transporter / Solute carrier family 12 member 1/2 / Solute carrier family 12 member 2 / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 2 / Solute carrier family 12 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhang J / Fan M / Feng L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na-Cl cotransporter.
著者: Minrui Fan / Jianxiu Zhang / Chien-Ling Lee / Jinru Zhang / Liang Feng /
要旨: The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause ...The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause the salt-wasting disease Gitelman syndrome. As a key player in salt handling, the NCC regulates blood pressure and is the target of thiazide diuretics, which have been widely prescribed as first-line medications to treat hypertension for more than 60 years. Here we determined the structures of human NCC alone and in complex with a commonly used thiazide diuretic using cryo-electron microscopy. These structures, together with functional studies, reveal major conformational states of the NCC and an intriguing regulatory mechanism. They also illuminate how thiazide diuretics specifically interact with the NCC and inhibit its transport function. Our results provide critical insights for understanding the Na-Cl cotransport mechanism of the NCC, and they establish a framework for future drug design and for interpreting disease-related mutations.
履歴
登録2022年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.1591609 - 1.7261196
平均 (標準偏差)-0.0010560395 (±0.051428683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NCC-polythiazide complex

全体名称: NCC-polythiazide complex
要素
  • 複合体: NCC-polythiazide complex
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: Polythiazide

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超分子 #1: NCC-polythiazide complex

超分子名称: NCC-polythiazide complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member...

分子名称: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120.372164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSASPPISAG DYLSAPEPDA LKPAGPTPSQ SRFQVDLVTE SAGDGETTVG FDSSPPEYVA EPPPDGLRDS VSGGEKAKGR FRVVNFAAS SPDAAPAETA QNGDTVMSEG SLHSSTGGQQ HHHYDTHTNT YYLRTFGHNT IDAVPKIDFY RQTAAPLGEK L IRPTLSEL ...文字列:
MSASPPISAG DYLSAPEPDA LKPAGPTPSQ SRFQVDLVTE SAGDGETTVG FDSSPPEYVA EPPPDGLRDS VSGGEKAKGR FRVVNFAAS SPDAAPAETA QNGDTVMSEG SLHSSTGGQQ HHHYDTHTNT YYLRTFGHNT IDAVPKIDFY RQTAAPLGEK L IRPTLSEL HDELDKEPFE DGFANGEELT PAEESAAKDV SESKEPVRFG WVKGVMIRCM LNIWGVILYL RLPWITAQAG IV LTWIIIL LSVTVTSITG LSISAISTNG KVKSGGTYFL ISRSLGPELG GSIGLIFAFA NAVGVAMHTV GFAATVRDLL QEY GAPIVD PINDIRIIGV VSVTVLLAIS LAGMEWESKA QVLFFLVIMV SFANYLVGTL IPPSEDKASK GFFSYRADIF VQNL VPDWR GPDGTFFGMF SIFFPSATGI LAGANISGDL KDPAIAIPKG TLMAIFWTTI SYLAISATIG SCVVRDASGV LNDTV TPGW GACEGLACSY GWNFTECTQQ HSCHYGLINY YQTMSMVSGF APLITAGIFG ATLSSALACL VSAAKVFQCL CEDQLY PLI GFFGKGYGKN KEPVRGYLLA YAIAVAFIII AELNTIAPII SNFFLCSYAL INFSCFHASI TNSPGWRPSF QYYNKWA AL FGAIISVVIM FLLTWWAALI AIGVVLFLLL YVIYKKPEVN WGSSVQAGSY NLALSYSVGL NEVEDHIKNY RPQCLVLT G PPNFRPALVD FVGTFTRNLS LMICGHVLIG PHKQRMPELQ LIANGHTKWL NKRKIKAFYS DVIAEDLRRG VQILMQAAG LGRMKPNILV VGFKKNWQSA HPATVEDYIG ILHDAFDFNY GVCVMRMREG LNVSKMMQAH INPVFDPAED GKEASARVDP KALVKEEQA TTIFQSEQGK KTIDIYWLFD DGGLTLLIPY LLGRKRRWSK CKIRVFVGGQ INRMDQERKA IISLLSKFRL G FHEVHILP DINQNPRAEH TKRFEDMIAP FRLNDGFKDE ATVNEMRRDC PWKISDEEIT KNRVKSLRQV RLNEIVLDYS RD AALIVIT LPIGRKGKCP SSLYMAWLET LSQDLRPPVI LIRGNQENVL TFYCQ

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 2, Solute carrier family 12 member 3

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: Polythiazide

分子名称: Polythiazide / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: XZF
分子量理論値: 439.882 Da
Chemical component information

ChemComp-XZF:
Polythiazide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132256
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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