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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Consensus Map of the Dsl1:Qb:Qc Complex | |||||||||
![]() | Sharpened map, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex | |||||||||
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![]() | Tether / SNARE / Complex / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||
![]() | DAmico KA / Jeffrey PD / Hughson FM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1 著者: DAmico KA / Stanton AE / Shirkey JD / Jeffrey PD / Hughson FM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 229.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 120.3 MB 226.9 MB 226.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 945.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex
ファイル | emd_28774_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex
ファイル | emd_28774_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex
ファイル | emd_28774_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A, Consensus Map, of the Dsl1:Qb:Qc complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1
全体 | 名称: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1
超分子 | 名称: Dsl1 complex bound to SNARE proteins Sec20 and Use1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 255.41261 KDa |
-超分子 #2: Dsl1 Complex
超分子 | 名称: Dsl1 Complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Buffer was made fresh from concentrated components and sterile filtered. NP40 was not present during protein purification but was an additive during the grid preparation. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Force=0 Wait Time=0 Blot Time=6s Drain Time=0. | |||||||||||||||
詳細 | Sample was consistently in the thickest regions of ice only, often close to the edges of the carbon hole |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5857 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |