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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2854 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of dynactin complex at 6.3 angstrom resolution | |||||||||
![]() | CryoEM reconstruction of dynactin complex from pig brain at 6.3 angstrom resolution. | |||||||||
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![]() | dynactin / dynein co-factor / actin-like filament / cellular cargo transport | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | |||||||||
![]() | Zhang K / Urnavicius L / Diamant AG / Motz C / Schlager MA / Yu M / Patel NA / Robinson CV / Carter AP | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the dynactin complex and its interaction with dynein. 著者: Linas Urnavicius / Kai Zhang / Aristides G Diamant / Carina Motz / Max A Schlager / Minmin Yu / Nisha A Patel / Carol V Robinson / Andrew P Carter / ![]() 要旨: Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our ...Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our reconstruction reveals how dynactin is built around a filament containing eight copies of the actin-related protein Arp1 and one of β-actin. The filament is capped at each end by distinct protein complexes, and its length is defined by elongated peptides that emerge from the α-helical shoulder domain. A further 8.2 angstrom structure of the complex between dynein, dynactin, and the motility-inducing cargo adaptor Bicaudal-D2 shows how the translational symmetry of the dynein tail matches that of the dynactin filament. The Bicaudal-D2 coiled coil runs between dynein and dynactin to stabilize the mutually dependent interactions between all three components. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 143 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 194.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 193.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of dynactin complex from pig brain at 6.3 angstrom resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Dynactin complex from pig brain
全体 | 名称: Dynactin complex from pig brain |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dynactin complex from pig brain
超分子 | 名称: Dynactin complex from pig brain / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was stored in -80 degrees Celcius freezer before being loaded onto the grid. 集合状態: One dynactin complex / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.06 MDa / 理論値: 1.06 MDa / 手法: Mass spectrometry |
-分子 #1: Arp1
分子 | 名称: Arp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 集合状態: Octamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 43 KDa / 理論値: 43 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.07 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 50 mM KCl, 5 mM DDT, 0.1 mM Mg-ATP, 1 mM MgCl2 and 25 mM KH2PO4-K2HPO4 |
グリッド | 詳細: R2/2 400-square-mesh copper grids with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 105 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 96,000 times magnification |
日付 | 2014年4月4日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 4483 / 平均電子線量: 51 e/Å2 / 詳細: 51 frames per movie / ビット/ピクセル: 32 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | The particles were selected using the GPU accelerated automatic selection program Gautomatch. The CTF parameter were determined and refined using a GPU accelerated program Gctf |
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CTF補正 | 詳細: Each particle by Gctf |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 80865 |