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万見
- EMDB-28003: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28003
タイトルErwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex
マップデータunsharpened, filtered to FSC0.143 resolution cutoff
試料
  • 複合体: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex
キーワードbacteriophage / capsid / structural virion protein / VIRAL PROTEIN
生物種Erwinia phage vB_EamM_RAY (ファージ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Laughlin TG / Villa E
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129245 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI 1920374 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Identifying the core genome of the nucleus-forming bacteriophage family and characterization of phage RAY.
要旨: We recently discovered that some bacteriophages establish a nucleus-like replication compartment (phage nucleus), but the core genes that define nucleus-based phage replication and their phylogenetic ...We recently discovered that some bacteriophages establish a nucleus-like replication compartment (phage nucleus), but the core genes that define nucleus-based phage replication and their phylogenetic distribution were unknown. By studying phages that encode the major phage nucleus protein chimallin, including previously sequenced yet uncharacterized phages, we discovered that chimallin-encoding phages share a set of 72 highly conserved genes encoded within seven distinct gene blocks. Of these, 21 core genes are unique to this group, and all but one of these unique genes encode proteins of unknown function. We propose that phages with this core genome comprise a novel viral family we term Chimalliviridae. Fluorescence microscopy and cryo-electron tomography studies of phage vB_EamM_RAY confirm that many of the key steps of nucleus-based replication encoded in the core genome are conserved among diverse chimalliviruses, and reveal that non-core components can confer intriguing variations on this replication mechanism. For instance, unlike previously studied nucleus-forming phages, RAY doesn't degrade the host genome, and its PhuZ homolog appears to form a five-stranded filament with a lumen. This work expands our understanding of phage nucleus and PhuZ spindle diversity and function, providing a roadmap for identifying key mechanisms underlying nucleus-based phage replication.
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened, filtered to FSC0.143 resolution cutoff
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8 Å/pix.
x 184 pix.
= 1472. Å		8 Å/pix.
x 184 pix.
= 1472. Å		8 Å/pix.
x 184 pix.
= 1472. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-0.97045493 - 1.3289695
平均 (標準偏差)0.011999403 (±0.18834105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 1472.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28003_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite virion map consisting of: Capsid vertex, collar,...

ファイルemd_28003_additional_1.map
注釈Composite virion map consisting of: Capsid vertex, collar, tail sheath, and baseplate maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28003_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28003_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex

全体名称: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex
要素
  • 複合体: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex

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超分子 #1: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex

超分子名称: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Erwinia phage vB_EamM_RAY (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Lysogeny Broth containing 5% trehalose
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20 mA current, PELCO EasiGlo
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細cell suspension

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用したサブトモグラム数: 1023
抽出トモグラム数: 26 / 使用した粒子像数: 1872 / 手法: manual picking / ソフトウェア: (名称: IMOD, Warp)
詳細: Manual picking of 156 (partial) capsids from tomograms followed by symmetry expansion to extract vertices.
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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