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- EMDB-2797: single-particle cryo reconstruction of the Large Ribosomal subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2797
タイトルsingle-particle cryo reconstruction of the Large Ribosomal subunit-associated protein Quality Control (RQC) complex
マップデータreconstruction of RQC-delta-RING complex generated after enriching for nonribosomal density using a likelihood-based classification algorithm
試料
  • 試料: Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality control components
  • 複合体: large 60S ribosomal subunit-associated protein quality control complex
キーワードRING domain E3 ubiquitin ligase / translational surveillance / protein quality control / cryo-EM / listerin/Ltn1 / Tae2/Nemf
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å
データ登録者Lyumkis D / Oliveira dos Passos D / Tahara EB / Webb K / Bennett EJ / Vinterbo S / Potter CS / Carragher B / Joazeiro CAP
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Structural basis for translational surveillance by the large ribosomal subunit-associated protein quality control complex.
著者: Dmitry Lyumkis / Dario Oliveira dos Passos / Erich B Tahara / Kristofor Webb / Eric J Bennett / Staal Vinterbo / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Claudio A P Joazeiro /
要旨: All organisms have evolved mechanisms to manage the stalling of ribosomes upon translation of aberrant mRNA. In eukaryotes, the large ribosomal subunit-associated quality control complex (RQC), ...All organisms have evolved mechanisms to manage the stalling of ribosomes upon translation of aberrant mRNA. In eukaryotes, the large ribosomal subunit-associated quality control complex (RQC), composed of the listerin/Ltn1 E3 ubiquitin ligase and cofactors, mediates the ubiquitylation and extraction of ribosome-stalled nascent polypeptide chains for proteasomal degradation. How RQC recognizes stalled ribosomes and performs its functions has not been understood. Using single-particle cryoelectron microscopy, we have determined the structure of the RQC complex bound to stalled 60S ribosomal subunits. The structure establishes how Ltn1 associates with the large ribosomal subunit and properly positions its E3-catalytic RING domain to mediate nascent chain ubiquitylation. The structure also reveals that a distinguishing feature of stalled 60S particles is an exposed, nascent chain-conjugated tRNA, and that the Tae2 subunit of RQC, which facilitates Ltn1 binding, is responsible for selective recognition of stalled 60S subunits. RQC components are engaged in interactions across a large span of the 60S subunit surface, connecting the tRNA in the peptidyl transferase center to the distally located nascent chain tunnel exit. This work provides insights into a mechanism linking translation and protein degradation that targets defective proteins immediately after synthesis, while ignoring nascent chains in normally translating ribosomes.
履歴
登録2014年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月29日-
マップ公開2014年10月29日-
更新2014年11月26日-
現状2014年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of RQC-delta-RING complex generated after enriching for nonribosomal density using a likelihood-based classification algorithm
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 256 pix.
= 432.64 Å		1.69 Å/pix.
x 256 pix.
= 432.64 Å		1.69 Å/pix.
x 256 pix.
= 432.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-3.1441462 - 9.58146191
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 432.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.640432.640432.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-3.1449.5810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality contr...

全体名称: Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality control components
要素
  • 試料: Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality control components
  • 複合体: large 60S ribosomal subunit-associated protein quality control complex

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超分子 #1000: Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality contr...

超分子名称: Large 60S ribosomal subunit in complex with protein quality control components
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: large 60S ribosomal subunit-associated protein quality control complex

超分子名称: large 60S ribosomal subunit-associated protein quality control complex
タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: RQC complex / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 50 mM Hepes-KOH, 100 mM KOAc, 5 mM MgOAc, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 2x protease inhibitors, 0.1% Igepal CA-630
グリッド詳細: freshly plasma-cleaned holey carbon C-flat grid (Protochips) that had been overlaid with 2 nm thin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: specimens were prepared for cryo-EM by applying 3 microliters of sample to a freshly plasma-cleaned holey carbon C-flat grid (Protochips) that had been overlaid with 2 nm thin carbon film, ...手法: specimens were prepared for cryo-EM by applying 3 microliters of sample to a freshly plasma-cleaned holey carbon C-flat grid (Protochips) that had been overlaid with 2 nm thin carbon film, allowing the sample to adsorb to the grid for 30 s, followed by blotting with filter paper and plunge freezing into liquid ethane using a manual cryoplunger in an ambient environment at 4 C.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected by monitoring power spectra of continuously acquired images in leginon
日付2013年2月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3037 / 平均電子線量: 32 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 92307 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細see detailed methods in paper
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 77962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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