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- EMDB-2789: Cryo-EM map of the Timeless-Tipin-RPA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2789
タイトルCryo-EM map of the Timeless-Tipin-RPA Complex
マップデータReconstruction of the Timless-Tipin-RPA complex
試料
  • 試料: Timeless-Tipin-RPA complex
  • タンパク質・ペプチド: Timeless
  • タンパク質・ペプチド: Timeless-interacting protein
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 70
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 32
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 14
キーワードTimeless / Tipin / Replication protein A / RPA / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Activation of ATR in response to replication stress / Removal of the Flap Intermediate / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Activation of ATR in response to replication stress / Removal of the Flap Intermediate / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / cellular response to bleomycin / Translesion synthesis by POLI / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein localization to chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / DNA replication factor A complex / replication fork arrest / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / cellular response to hydroxyurea / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / lateral element / DNA replication checkpoint signaling / single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of circadian rhythm / regulation of DNA damage checkpoint / replication fork protection complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / branching involved in ureteric bud morphogenesis / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair / branching morphogenesis of an epithelial tube / telomeric DNA binding / replication fork processing / hemopoiesis / site of DNA damage / chromosome organization / telomere maintenance via telomerase / mismatch repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / response to UV / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / telomere maintenance / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / morphogenesis of an epithelium / kidney development / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / lung development / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm / base-excision repair / PML body / circadian rhythm / single-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / site of double-strand break / in utero embryonic development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell division / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication factor A protein 2 / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain ...Replication factor A protein 2 / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein-like / Replication factor A protein 1 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Replication protein A, OB domain / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Replication protein A OB domain / Timeless, N-terminal / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / TIMELESS-interacting protein / Replication protein A 14 kDa subunit / Protein timeless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Witosch J / Wolf E / Mizuno N
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2014
タイトル: Architecture and ssDNA interaction of the Timeless-Tipin-RPA complex.
著者: Justine Witosch / Eva Wolf / Naoko Mizuno /
要旨: The Timeless-Tipin (Tim-Tipin) complex, also referred to as the fork protection complex, is involved in coordination of DNA replication. Tim-Tipin is suggested to be recruited to replication forks ...The Timeless-Tipin (Tim-Tipin) complex, also referred to as the fork protection complex, is involved in coordination of DNA replication. Tim-Tipin is suggested to be recruited to replication forks via Replication Protein A (RPA) but details of the interaction are unknown. Here, using cryo-EM and biochemical methods, we characterized complex formation of Tim-Tipin, RPA and single-stranded DNA (ssDNA). Tim-Tipin and RPA form a 258 kDa complex with a 1:1:1 stoichiometry. The cryo-EM 3D reconstruction revealed a globular architecture of the Tim-Tipin-RPA complex with a ring-like and a U-shaped domain covered by a RPA lid. Interestingly, RPA in the complex adopts a horse shoe-like shape resembling its conformation in the presence of long ssDNA (>30 nucleotides). Furthermore, the recruitment of the Tim-Tipin-RPA complex to ssDNA is modulated by the RPA conformation and requires RPA to be in the more compact 30 nt ssDNA binding mode. The dynamic formation and disruption of the Tim-Tipin-RPA-ssDNA complex implicates the RPA-based recruitment of Tim-Tipin to the replication fork.
履歴
登録2014年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月12日-
マップ公開2014年11月12日-
更新2014年11月19日-
現状2014年11月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0733
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0733
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-12629_50...

emd_2789.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Timless-Tipin-RPA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å		2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å		2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0733 / ムービー #1: 0.0733
最小 - 最大-0.09360165 - 0.45139375
平均 (標準偏差)0.00368675 (±0.02693075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 282.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.212.212.21
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.880282.880282.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0940.4510.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Timeless-Tipin-RPA complex

全体名称: Timeless-Tipin-RPA complex
要素
  • 試料: Timeless-Tipin-RPA complex
  • タンパク質・ペプチド: Timeless
  • タンパク質・ペプチド: Timeless-interacting protein
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 70
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 32
  • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 14

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超分子 #1000: Timeless-Tipin-RPA complex

超分子名称: Timeless-Tipin-RPA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was fixed using GraFix method / 集合状態: 1 / Number unique components: 5
分子量実験値: 270 KDa / 理論値: 258 KDa / 手法: Static light scattering

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分子 #1: Timeless

分子名称: Timeless / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Tim / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
分子量実験値: 130 KDa / 理論値: 130 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: pRARE / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: Protein timeless homolog / InterPro: Timeless, N-terminal

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分子 #2: Timeless-interacting protein

分子名称: Timeless-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Tipin / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
分子量実験値: 31.9 KDa / 理論値: 31.9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: pRARE / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: TIMELESS-interacting protein / InterPro: Chromosome segregation in meiosis protein 3

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分子 #3: Replication protein A 70

分子名称: Replication protein A 70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: RPA70 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
分子量実験値: 52.3 KDa / 理論値: 52.3 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / InterPro: Replication factor A protein 1

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分子 #4: Replication protein A 32

分子名称: Replication protein A 32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: RPA32 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
分子量実験値: 28.1 KDa / 理論値: 28.1 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: Replication protein A 32 kDa subunit / InterPro: Replication factor A protein 2

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分子 #5: Replication protein A 14

分子名称: Replication protein A 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: RPA14 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
分子量実験値: 16 KDa / 理論値: 16 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: Replication protein A 14 kDa subunit / InterPro: Replication factor A protein 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM TCEP
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil holey carbon grids, glow-discharged
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 5 seconds with force 2, before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2012年10月26日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 673 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 67873 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The initial model was obtained using RCT. The refinement process was carried out using SPARX.
CTF補正詳細: Phases of individual images were flipped
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX / 詳細: The amplitude was corrected. / 使用した粒子像数: 39679
最終 2次元分類クラス数: 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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