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万見
- EMDB-2787: The structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2787
タイトルThe structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome
マップデータReconstruction of the mammalian mitoribosomal 39S subunit at 3.4 Angstrom resolution
試料
  • 試料: mammalian mitochondrial ribosome
  • 細胞器官・細胞要素: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome
キーワードmammalian mitochondrial ribosome / 39S large ribosomal subunit / translation / ribosomal proteins / rRNA / tRNA / polypeptide exit site / peptidyl transferase center
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / organelle membrane / mitochondrial translation / RNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / cell junction / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil domain-containing protein 142 / Coiled-coil protein 142 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / : / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : ...Coiled-coil domain-containing protein 142 / Coiled-coil protein 142 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / : / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / : / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / : / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein S18 superfamily / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : / : / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein S18A ...39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : / : / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / : / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / : / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Coiled-coil domain containing 142 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / : / Large ribosomal subunit protein bL19m / : / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein bL34m
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Greber BJ / Boehringer D / Leibundgut M / Bieri P / Leitner A / Schmitz N / Aebersold R / Ban N
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: The complete structure of the large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Alexander Leitner / Nikolaus Schmitz / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy conversion and ATP production inside mitochondria. Mammalian mitoribosomes, which comprise 39S and 28S subunits, have diverged markedly from the bacterial ribosomes from which they are derived, rendering them unique compared to bacterial, eukaryotic cytosolic and fungal mitochondrial ribosomes. We have previously determined at 4.9 Å resolution the architecture of the porcine (Sus scrofa) 39S subunit, which is highly homologous to the human mitoribosomal large subunit. Here we present the complete atomic structure of the porcine 39S large mitoribosomal subunit determined in the context of a stalled translating mitoribosome at 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking/mass spectrometry. The structure reveals the locations and the detailed folds of 50 mitoribosomal proteins, shows the highly conserved mitoribosomal peptidyl transferase active site in complex with its substrate transfer RNAs, and defines the path of the nascent chain in mammalian mitoribosomes along their idiosyncratic exit tunnel. Furthermore, we present evidence that a mitochondrial tRNA has become an integral component of the central protuberance of the 39S subunit where it architecturally substitutes for the absence of the 5S ribosomal RNA, a ubiquitous component of all cytoplasmic ribosomes.
履歴
登録2014年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月8日-
マップ公開2014年10月8日-
更新2014年11月26日-
現状2014年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-4v19, PDB-4v1a
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4v19
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4v1a
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2787-ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the mammalian mitoribosomal 39S subunit at 3.4 Angstrom resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.25651765 - 0.55974966
平均 (標準偏差)0.00404575 (±0.02541414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin727272
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS727272
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.2570.5600.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mammalian mitochondrial ribosome

全体名称: mammalian mitochondrial ribosome
要素
  • 試料: mammalian mitochondrial ribosome
  • 細胞器官・細胞要素: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome

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超分子 #1000: mammalian mitochondrial ribosome

超分子名称: mammalian mitochondrial ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.7 MDa

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超分子 #1: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome

超分子名称: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
Ref GO0: GO:0005761
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 別称: domestic pig / 組織: Liver / Organelle: Mitochondrion
分子量理論値: 1.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 40 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R 2/2 holey carbon grids with a thin continuous carbon support film applied
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細single movie frame readout: 7 frames per exposure
日付2014年5月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: individual movie frame readout: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細single movie frame readout: 7 frames per exposure
日付2014年5月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: individual movie frame readout: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected in batchboxer (EMAN 1.9) and extracted using RELION 1.2.
CTF補正詳細: per detector frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, 1.2 / 使用した粒子像数: 141675

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ce4

ソフトウェア名称: Chimera, O, COOT
詳細The initial coordinate model was fitted into the cryo-EM density using Chimera. The model was then extended and completely rebuilt using COOT (RNA) and O (proteins).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4v19:
Structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, part 1 of 2

PDB-4v1a:
Structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, part 2 of 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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