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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2787 | |||||||||
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タイトル | The structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome | |||||||||
![]() | Reconstruction of the mammalian mitoribosomal 39S subunit at 3.4 Angstrom resolution | |||||||||
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![]() | mammalian mitochondrial ribosome / 39S large ribosomal subunit / translation / ribosomal proteins / rRNA / tRNA / polypeptide exit site / peptidyl transferase center | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / organelle membrane / mitochondrial translation / RNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / cell junction / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Greber BJ / Boehringer D / Leibundgut M / Bieri P / Leitner A / Schmitz N / Aebersold R / Ban N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The complete structure of the large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome. 著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Alexander Leitner / Nikolaus Schmitz / Ruedi Aebersold / Nenad Ban / ![]() 要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy conversion and ATP production inside mitochondria. Mammalian mitoribosomes, which comprise 39S and 28S subunits, have diverged markedly from the bacterial ribosomes from which they are derived, rendering them unique compared to bacterial, eukaryotic cytosolic and fungal mitochondrial ribosomes. We have previously determined at 4.9 Å resolution the architecture of the porcine (Sus scrofa) 39S subunit, which is highly homologous to the human mitoribosomal large subunit. Here we present the complete atomic structure of the porcine 39S large mitoribosomal subunit determined in the context of a stalled translating mitoribosome at 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking/mass spectrometry. The structure reveals the locations and the detailed folds of 50 mitoribosomal proteins, shows the highly conserved mitoribosomal peptidyl transferase active site in complex with its substrate transfer RNAs, and defines the path of the nascent chain in mammalian mitoribosomes along their idiosyncratic exit tunnel. Furthermore, we present evidence that a mitochondrial tRNA has become an integral component of the central protuberance of the 39S subunit where it architecturally substitutes for the absence of the 5S ribosomal RNA, a ubiquitous component of all cytoplasmic ribosomes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 352.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the mammalian mitoribosomal 39S subunit at 3.4 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : mammalian mitochondrial ribosome
全体 | 名称: mammalian mitochondrial ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: mammalian mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: mammalian mitochondrial ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.7 MDa |
-超分子 #1: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: 39S large subunit of the mitochondrial ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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Ref GO | 0: GO:0005761 |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 40 mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil R 2/2 holey carbon grids with a thin continuous carbon support film applied |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
詳細 | single movie frame readout: 7 frames per exposure |
日付 | 2014年5月3日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: individual movie frame readout: 7 frames per exposure |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
詳細 | single movie frame readout: 7 frames per exposure |
日付 | 2014年5月30日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: individual movie frame readout: 7 frames per exposure |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Particles were selected in batchboxer (EMAN 1.9) and extracted using RELION 1.2. |
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CTF補正 | 詳細: per detector frame |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, 1.2 / 使用した粒子像数: 141675 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, O, COOT |
詳細 | The initial coordinate model was fitted into the cryo-EM density using Chimera. The model was then extended and completely rebuilt using COOT (RNA) and O (proteins). |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-4v19: ![]() PDB-4v1a: |