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万見
- EMDB-27650: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor (transmembra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27650
タイトルNative human TSH bound to human Thyrotropin receptor (transmembrane domain and G protein map only)
マップデータ
試料
  • 複合体: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Faust B / Cheng Y / Manglik A
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Autoantibody mimicry of hormone action at the thyrotropin receptor.
著者: Bryan Faust / Christian B Billesbølle / Carl-Mikael Suomivuori / Isha Singh / Kaihua Zhang / Nicholas Hoppe / Antonio F M Pinto / Jolene K Diedrich / Yagmur Muftuoglu / Mariusz W Szkudlinski ...著者: Bryan Faust / Christian B Billesbølle / Carl-Mikael Suomivuori / Isha Singh / Kaihua Zhang / Nicholas Hoppe / Antonio F M Pinto / Jolene K Diedrich / Yagmur Muftuoglu / Mariusz W Szkudlinski / Alan Saghatelian / Ron O Dror / Yifan Cheng / Aashish Manglik /
要旨: Thyroid hormones are vital in metabolism, growth and development. Thyroid hormone synthesis is controlled by thyrotropin (TSH), which acts at the thyrotropin receptor (TSHR). In patients with Graves' ...Thyroid hormones are vital in metabolism, growth and development. Thyroid hormone synthesis is controlled by thyrotropin (TSH), which acts at the thyrotropin receptor (TSHR). In patients with Graves' disease, autoantibodies that activate the TSHR pathologically increase thyroid hormone activity. How autoantibodies mimic thyrotropin function remains unclear. Here we determined cryo-electron microscopy structures of active and inactive TSHR. In inactive TSHR, the extracellular domain lies close to the membrane bilayer. Thyrotropin selects an upright orientation of the extracellular domain owing to steric clashes between a conserved hormone glycan and the membrane bilayer. An activating autoantibody from a patient with Graves' disease selects a similar upright orientation of the extracellular domain. Reorientation of the extracellular domain transduces a conformational change in the seven-transmembrane-segment domain via a conserved hinge domain, a tethered peptide agonist and a phospholipid that binds within the seven-transmembrane-segment domain. Rotation of the TSHR extracellular domain relative to the membrane bilayer is sufficient for receptor activation, revealing a shared mechanism for other glycoprotein hormone receptors that may also extend to other G-protein-coupled receptors with large extracellular domains.
履歴
登録2022年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 338.944 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 338.944 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 338.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.662 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.41
最小 - 最大-2.0270045 - 3.1070826
平均 (標準偏差)-0.00073961593 (±0.04295133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 338.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27650_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27650_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27650_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex w...

全体名称: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
要素
  • 複合体: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)

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超分子 #1: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex w...

超分子名称: Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: expi293

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 77.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6185950
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 80483
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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