[日本語] English
万見
- EMDB-27575: Human Brain Aldehyde Dehydrogenase 1 family, member A1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27575
タイトルHuman Brain Aldehyde Dehydrogenase 1 family, member A1
マップデータ
試料
  • 複合体: Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1
    • タンパク質・ペプチド: Retinal dehydrogenase 1
キーワードhuman brain / ALDH1A1 / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
aldehyde dehydrogenase (NAD(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Tringides ML
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: A cryo-electron microscopic approach to elucidate protein structures from human brain microsomes.
著者: Marios L Tringides / Zhemin Zhang / Christopher E Morgan / Chih-Chia Su / Edward W Yu /
要旨: We recently developed a "Build and Retrieve" cryo-electron microscopy (cryo-EM) methodology, which is capable of simultaneously producing near-atomic resolution cryo-EM maps for several individual ...We recently developed a "Build and Retrieve" cryo-electron microscopy (cryo-EM) methodology, which is capable of simultaneously producing near-atomic resolution cryo-EM maps for several individual proteins from a heterogeneous, multiprotein sample. Here we report the use of "Build and Retrieve" to define the composition of a raw human brain microsomal lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of five different brain enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, glycolysis, axonal development, energy homeostasis, and retinoic acid biosynthesis. Interestingly, malfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's, Huntington's, and Parkinson's diseases. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.0615182 - 2.8102372
平均 (標準偏差)0.000012704487 (±0.06237589)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1

全体名称: Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1
要素
  • 複合体: Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1
    • タンパク質・ペプチド: Retinal dehydrogenase 1

-
超分子 #1: Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1

超分子名称: Aldehyde Dehydrogenase 1 family member A1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Retinal dehydrogenase 1

分子名称: Retinal dehydrogenase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.89759 KDa
配列文字列: MSSSGTPDLP VLLTDLKIQY TKIFINNEWH DSVSGKKFPV FNPATEEELC QVEEGDKEDV DKAVKAARQA FQIGSPWRTM DASERGRLL YKLADLIERD RLLLATMESM NGGKLYSNAY LSDLAGCIKT LRYCAGWADK IQGRTIPIDG NFFTYTRHEP I GVCGQIIP ...文字列:
MSSSGTPDLP VLLTDLKIQY TKIFINNEWH DSVSGKKFPV FNPATEEELC QVEEGDKEDV DKAVKAARQA FQIGSPWRTM DASERGRLL YKLADLIERD RLLLATMESM NGGKLYSNAY LSDLAGCIKT LRYCAGWADK IQGRTIPIDG NFFTYTRHEP I GVCGQIIP WNFPLVMLIW KIGPALSCGN TVVVKPAEQT PLTALHVASL IKEAGFPPGV VNIVPGYGPT AGAAISSHMD ID KVAFTGS TEVGKLIKEA AGKSNLKRVT LELGGKSPCI VLADADLDNA VEFAHHGVFY HQGQCCIAAS RIFVEESIYD EFV RRSVER AKKYILGNPL TPGVTQGPQI DKEQYDKILD LIESGKKEGA KLECGGGPWG NKGYFVQPTV FSNVTDEMRI AKEE IFGPV QQIMKFKSLD DVIKRANNTF YGLSAGVFTK DIDKAITISS ALQAGTVWVN CYGVVSAQCP FGGFKMSGNG RELGE YGFH EYTEVKTVTV KISQKNS

UniProtKB: aldehyde dehydrogenase (NAD(+))

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 36.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.706 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.212 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wj9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6684
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る