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- EMDB-27559: Cryo-EM map of Chikungunya virus strain s27 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27559
タイトルCryo-EM map of Chikungunya virus strain s27
マップデータChikungunya virus strain S27
試料
  • ウイルス: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
生物種Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.75 Å
データ登録者Mangala Prasad V / Lee KK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM099989 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Visualization of conformational changes and membrane remodeling leading to genome delivery by viral class-II fusion machinery.
著者: Vidya Mangala Prasad / Jelle S Blijleven / Jolanda M Smit / Kelly K Lee /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a human pathogen that delivers its genome to the host cell cytoplasm through endocytic low pH-activated membrane fusion mediated by class-II fusion proteins. Though ...Chikungunya virus (CHIKV) is a human pathogen that delivers its genome to the host cell cytoplasm through endocytic low pH-activated membrane fusion mediated by class-II fusion proteins. Though structures of prefusion, icosahedral CHIKV are available, structural characterization of virion interaction with membranes has been limited. Here, we have used cryo-electron tomography to visualize CHIKV's complete membrane fusion pathway, identifying key intermediary glycoprotein conformations coupled to membrane remodeling events. Using sub-tomogram averaging, we elucidate features of the low pH-exposed virion, nucleocapsid and full-length E1-glycoprotein's post-fusion structure. Contrary to class-I fusion systems, CHIKV achieves membrane apposition by protrusion of extended E1-glycoprotein homotrimers into the target membrane. The fusion process also features a large hemifusion diaphragm that transitions to a wide pore for intact nucleocapsid delivery. Our analyses provide comprehensive ultrastructural insights into the class-II virus fusion system function and direct mechanistic characterization of the fundamental process of protein-mediated membrane fusion.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chikungunya virus strain S27
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 1080. Å		2.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 1080. Å		2.7 Å/pix.
x 400 pix.
= 1080. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021
最小 - 最大-0.010900968 - 0.04380354
平均 (標準偏差)0.00078829 (±0.0065251556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 1080.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map

ファイルemd_27559_half_map_1.map
注釈Half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map

ファイルemd_27559_half_map_2.map
注釈Half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chikungunya virus strain S27-African prototype

全体名称: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)

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超分子 #1: Chikungunya virus strain S27-African prototype

超分子名称: Chikungunya virus strain S27-African prototype / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 371094 / 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 1.0 X / 構成要素 - 式: HBS / 構成要素 - 名称: Hepes Buffer Saline
詳細: Hepes Buffer Saline (10mM HEPES, 150mM NaCl, 50mM sodium citrate)
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 495 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 43.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7741
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5580


詳細: Low pass filtered to 60A
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5806
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j2w

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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