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万見
- EMDB-2729: Conformational Snapshots of Inducible Nitric Oxide Synthase (iNOS) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2729
タイトルConformational Snapshots of Inducible Nitric Oxide Synthase (iNOS)
マップデータSingle-particle reconstruction of iNOS: Group I, Conformation xii
試料
  • 試料: Murine Inducible Nitric Oxide Synthase
  • タンパク質・ペプチド: Inducible Nitric Oxide Synthase
キーワードheterogeneity / random conical tilt / nitric oxide synthase / calmodulin / heme / electron transfer / flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to organic cyclic compound / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / regulation of insulin secretion / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / cellular response to xenobiotic stimulus / peroxisome / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / iron ion binding / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. ...Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 73.0 Å
データ登録者Campbell MG / Smith BC / Potter CS / Carragher B / Marletta MA
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Molecular architecture of mammalian nitric oxide synthases.
著者: Melody G Campbell / Brian C Smith / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Michael A Marletta /
要旨: NOSs are homodimeric multidomain enzymes responsible for producing NO. In mammals, NO acts as an intercellular messenger in a variety of signaling reactions, as well as a cytotoxin in the innate ...NOSs are homodimeric multidomain enzymes responsible for producing NO. In mammals, NO acts as an intercellular messenger in a variety of signaling reactions, as well as a cytotoxin in the innate immune response. Mammals possess three NOS isoforms--inducible, endothelial, and neuronal NOS--that are composed of an N-terminal oxidase domain and a C-terminal reductase domain. Calmodulin (CaM) activates NO synthesis by binding to the helical region connecting these two domains. Although crystal structures of isolated domains have been reported, no structure is available for full-length NOS. We used high-throughput single-particle EM to obtain the structures and higher-order domain organization of all three NOS holoenzymes. The structures of inducible, endothelial, and neuronal NOS with and without CaM bound are similar, consisting of a dimerized oxidase domain flanked by two separated reductase domains. NOS isoforms adopt many conformations enabled by three flexible linkers. These conformations represent snapshots of the continuous electron transfer pathway from the reductase domain to the oxidase domain, which reveal that only a single reductase domain participates in electron transfer at a time, and that CaM activates NOS by constraining rotational motions and by directly binding to the oxidase domain. Direct visualization of these large conformational changes induced during electron transfer provides significant insight into the molecular underpinnings governing NO formation.
履歴
登録2014年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月3日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2014年9月17日-
現状2014年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.893
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.893
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 162.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle reconstruction of iNOS: Group I, Conformation xii
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 352 pix.
= 478.72 Å		1.36 Å/pix.
x 352 pix.
= 478.72 Å		1.36 Å/pix.
x 352 pix.
= 478.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.893 / ムービー #1: 0.893
最小 - 最大-1.03932238 - 2.82864094
平均 (標準偏差)-0.01092159 (±0.15081295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-176-176-176
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 478.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z478.720478.720478.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-176-176-176
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-1.0392.829-0.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine Inducible Nitric Oxide Synthase

全体名称: Murine Inducible Nitric Oxide Synthase
要素
  • 試料: Murine Inducible Nitric Oxide Synthase
  • タンパク質・ペプチド: Inducible Nitric Oxide Synthase

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超分子 #1000: Murine Inducible Nitric Oxide Synthase

超分子名称: Murine Inducible Nitric Oxide Synthase / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample is highly flexible / 集合状態: Homodimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 260 KDa

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分子 #1: Inducible Nitric Oxide Synthase

分子名称: Inducible Nitric Oxide Synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: iNOS / コピー数: 1 / 集合状態: Homodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞: Macrophages
分子量理論値: 260 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換細胞: JM109 / 組換プラスミド: pCWiNOS
配列UniProtKB: Nitric oxide synthase, inducible
GO: nitric oxide biosynthetic process, FMN binding, NADP binding, calmodulin binding, flavin adenine dinucleotide binding, heme binding, iron ion binding, nitric-oxide synthase activity
InterPro: Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM TEA pH 7.5, 150 mM NaCl, and 5 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3 microliters of sample were applied to grid. The specimen was stained twice with 2% uranyl formate, then allowed to air-dry.
グリッド詳細: Glow discharged C-flat grid with 2-micron-diameter holes overlaid by thin 1.5 nm continuous carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2013年3月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 2226 / 平均電子線量: 37 e/Å2
詳細: Each area is imaged twice: once at 55 degrees and again with no tilt.
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 114705 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細See publication.
CTF補正詳細: Each Image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 73.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Appion, Spider / 詳細: See publication. / 使用した粒子像数: 179
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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