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万見
- EMDB-2713: Structure of the zebrafish RET tyrosine kinase extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2713
タイトルStructure of the zebrafish RET tyrosine kinase extracellular domain
マップデータzTC
試料
  • 試料: Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: RET receptor tyrosine kinase
  • タンパク質・ペプチド: glial-cell-line-derived neurotrophic factor
  • タンパク質・ペプチド: GDNF receptor alpha
キーワードsignal transduction
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Goodman K / Kjaer S / Beuron F / Knowles P / Nawrotek A / Burns E / Purkiss A / George R / Santoro M / Morris EP / McDonald NQ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: RET recognition of GDNF-GFRα1 ligand by a composite binding site promotes membrane-proximal self-association.
著者: Kerry M Goodman / Svend Kjær / Fabienne Beuron / Phillip P Knowles / Agata Nawrotek / Emily M Burns / Andrew G Purkiss / Roger George / Massimo Santoro / Edward P Morris / Neil Q McDonald /
要旨: The RET receptor tyrosine kinase is essential to vertebrate development and implicated in multiple human diseases. RET binds a cell surface bipartite ligand comprising a GDNF family ligand and a ...The RET receptor tyrosine kinase is essential to vertebrate development and implicated in multiple human diseases. RET binds a cell surface bipartite ligand comprising a GDNF family ligand and a GFRα coreceptor, resulting in RET transmembrane signaling. We present a hybrid structural model, derived from electron microscopy (EM) and low-angle X-ray scattering (SAXS) data, of the RET extracellular domain (RET(ECD)), GDNF, and GFRα1 ternary complex, defining the basis for ligand recognition. RET(ECD) envelopes the dimeric ligand complex through a composite binding site comprising four discrete contact sites. The GFRα1-mediated contacts are crucial, particularly close to the invariant RET calcium-binding site, whereas few direct contacts are made by GDNF, explaining how distinct ligand/coreceptor pairs are accommodated. The RET(ECD) cysteine-rich domain (CRD) contacts both ligand components and makes homotypic membrane-proximal interactions occluding three different antibody epitopes. Coupling of these CRD-mediated interactions suggests models for ligand-induced RET activation and ligand-independent oncogenic deregulation.
履歴
登録2014年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月23日-
マップ公開2014年10月1日-
更新2014年10月8日-
現状2014年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.178
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.178
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈zTC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.178 / ムービー #1: 0.178
最小 - 最大-0.63441044 - 0.75152898
平均 (標準偏差)-0.0003849 (±0.0347409)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 416.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.344.344.34
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.640416.640416.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.6340.752-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex

全体名称: Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex
要素
  • 試料: Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: RET receptor tyrosine kinase
  • タンパク質・ペプチド: glial-cell-line-derived neurotrophic factor
  • タンパク質・ペプチド: GDNF receptor alpha

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超分子 #1000: Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex

超分子名称: Reconstituted zebrafish RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexamer / Number unique components: 3
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: RET receptor tyrosine kinase

分子名称: RET receptor tyrosine kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RET / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 別称: zebrafish
分子量実験値: 83 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: sf9

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分子 #2: glial-cell-line-derived neurotrophic factor

分子名称: glial-cell-line-derived neurotrophic factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: GDNF / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 別称: zebrafish
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: sf9

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分子 #3: GDNF receptor alpha

分子名称: GDNF receptor alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 別称: zebrafish
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: sf9

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 300 mM NaCl, 1 mM Ca++
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2 % uranyle acetate
グリッド詳細: quantifoil R1.2/R1.3 coated with a thin carbon layer, glow discharge in air
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年5月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 800 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles selected manually. 3D starting model consisted of the mTC reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, in-house-software
使用した粒子像数: 7510
最終 2次元分類クラス数: 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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