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万見
- PDB-4ux8: RET recognition of GDNF-GFRalpha1 ligand by a composite binding s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ux8
タイトルRET recognition of GDNF-GFRalpha1 ligand by a composite binding site promotes membrane-proximal self-association
要素
  • GDNF FAMILY RECEPTOR ALPHA-1
  • GLIAL CELL LINE-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
  • PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET
キーワードSIGNALING PROTEIN / VERTEBRATE DEVELOPMENT / HUMAN DISEASES / PART OF THE RET-GFL- GFRA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chemoattractant activity involved in axon guidance / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / : / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity ...chemoattractant activity involved in axon guidance / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / : / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / RET signaling / postsynaptic membrane organization / Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / regulation of morphogenesis of a branching structure / neurotrophin receptor activity / membrane protein proteolysis / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / peristalsis / positive regulation of dopamine secretion / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / organ induction / innervation / commissural neuron axon guidance / plasma membrane protein complex / metanephros development / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / NCAM1 interactions / regulation of stem cell differentiation / mRNA stabilization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / RAF/MAP kinase cascade / neural crest cell migration / ureteric bud development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / regulation of axonogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell size / embryonic organ development / regulation of cell adhesion / side of membrane / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / NPAS4 regulates expression of target genes / multivesicular body / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / adult locomotory behavior / kidney development / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / neuron differentiation / male gonad development / neuron projection development / integrin binding / MAPK cascade / cell migration / nervous system development / signaling receptor activity / regulation of gene expression / retina development in camera-type eye / RAF/MAP kinase cascade
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain ...Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GDNF family receptor alpha-1 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Glial cell line-derived neurotrophic factor / GDNF family receptor alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24 Å
データ登録者Goodman, K. / Kjaer, S. / Beuron, F. / Knowles, P. / Nawrotek, A. / Burns, E. / Purkiss, A. / George, R. / Santoro, M. / Morris, E.P. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: RET recognition of GDNF-GFRα1 ligand by a composite binding site promotes membrane-proximal self-association.
著者: Kerry M Goodman / Svend Kjær / Fabienne Beuron / Phillip P Knowles / Agata Nawrotek / Emily M Burns / Andrew G Purkiss / Roger George / Massimo Santoro / Edward P Morris / Neil Q McDonald /
要旨: The RET receptor tyrosine kinase is essential to vertebrate development and implicated in multiple human diseases. RET binds a cell surface bipartite ligand comprising a GDNF family ligand and a ...The RET receptor tyrosine kinase is essential to vertebrate development and implicated in multiple human diseases. RET binds a cell surface bipartite ligand comprising a GDNF family ligand and a GFRα coreceptor, resulting in RET transmembrane signaling. We present a hybrid structural model, derived from electron microscopy (EM) and low-angle X-ray scattering (SAXS) data, of the RET extracellular domain (RET(ECD)), GDNF, and GFRα1 ternary complex, defining the basis for ligand recognition. RET(ECD) envelopes the dimeric ligand complex through a composite binding site comprising four discrete contact sites. The GFRα1-mediated contacts are crucial, particularly close to the invariant RET calcium-binding site, whereas few direct contacts are made by GDNF, explaining how distinct ligand/coreceptor pairs are accommodated. The RET(ECD) cysteine-rich domain (CRD) contacts both ligand components and makes homotypic membrane-proximal interactions occluding three different antibody epitopes. Coupling of these CRD-mediated interactions suggests models for ligand-induced RET activation and ligand-independent oncogenic deregulation.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: cell / struct_conn / Item: _cell.Z_PDB / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2712
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET
C: GDNF FAMILY RECEPTOR ALPHA-1
D: GLIAL CELL LINE-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
E: GDNF FAMILY RECEPTOR ALPHA-1
F: GLIAL CELL LINE-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,30914
ポリマ－268,2206
非ポリマー1,0898
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET / CADHERIN FAMILY MEMBER 12 / PROTO-ONCOGENE C-RET / RET RECEPTOR TYROSINE KINASE


分子量: 67922.539 Da / 分子数: 2 / 断片: RET EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 29-635 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 GDNF FAMILY RECEPTOR ALPHA-1 / GFR ALPHA 1


分子量: 51091.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O35748, UniProt: Q62997*PLUS
#3: タンパク質 GLIAL CELL LINE-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR / HGDNF / ASTROCYTE-DERIVED TROPHIC FACTOR / ATF / GDNF


分子量: 15096.242 Da / 分子数: 2 / 断片: MATURE, UNP RESIDUES 78-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P39905
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 509 TO 635 ARE NOT IN THE MODEL

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reconstituted mammalian RETecd-GDNF-GFRa1 ternary complex
タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年11月8日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 80000 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 100 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1200
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Custom３次元再構成
2IMAGIC３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: ANGULAR RECONSTITUTION / 解像度: 24 Å / 粒子像の数: 8519
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2712. (DEPOSITION ID: 12696).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12984 0 62 0 13046

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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