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- EMDB-27060: Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filame... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27060
タイトルCryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
マップデータCryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
試料
  • 複合体: E. coli K12 flagellar filament core
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードBacterial motility / flagellar filament / flagellin / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 5 (TLR5) Cascade / MyD88 deficiency (TLR5) / IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Flagellin, barrel domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sonani RR / Kreutzberger MAB / Sebastian AL / Scharf B / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Convergent evolution in the supercoiling of prokaryotic flagellar filaments.
著者: Mark A B Kreutzberger / Ravi R Sonani / Junfeng Liu / Sharanya Chatterjee / Fengbin Wang / Amanda L Sebastian / Priyanka Biswas / Cheryl Ewing / Weili Zheng / Frédéric Poly / Gad Frankel / ...著者: Mark A B Kreutzberger / Ravi R Sonani / Junfeng Liu / Sharanya Chatterjee / Fengbin Wang / Amanda L Sebastian / Priyanka Biswas / Cheryl Ewing / Weili Zheng / Frédéric Poly / Gad Frankel / B F Luisi / Chris R Calladine / Mart Krupovic / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: The supercoiling of bacterial and archaeal flagellar filaments is required for motility. Archaeal flagellar filaments have no homology to their bacterial counterparts and are instead homologs of ...The supercoiling of bacterial and archaeal flagellar filaments is required for motility. Archaeal flagellar filaments have no homology to their bacterial counterparts and are instead homologs of bacterial type IV pili. How these prokaryotic flagellar filaments, each composed of thousands of copies of identical subunits, can form stable supercoils under torsional stress is a fascinating puzzle for which structural insights have been elusive. Advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) make it now possible to directly visualize the basis for supercoiling, and here, we show the atomic structures of supercoiled bacterial and archaeal flagellar filaments. For the bacterial flagellar filament, we identify 11 distinct protofilament conformations with three broad classes of inter-protomer interface. For the archaeal flagellar filament, 10 protofilaments form a supercoil geometry supported by 10 distinct conformations, with one inter-protomer discontinuity creating a seam inside of the curve. Our results suggest that convergent evolution has yielded stable superhelical geometries that enable microbial locomotion.
履歴
登録2022年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.40333664 - 0.8507503
平均 (標準偏差)0.0017729368 (±0.042279616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 552.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12...

ファイルemd_27060_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12...

ファイルemd_27060_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli K12 flagellar filament core

全体名称: E. coli K12 flagellar filament core
要素
  • 複合体: E. coli K12 flagellar filament core
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: E. coli K12 flagellar filament core

超分子名称: E. coli K12 flagellar filament core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 55 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 51.330582 KDa
配列文字列: MAQVINTNSL SLITQNNINK NQSALSSSIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTSNIKG LTQAARNAND GISVAQTTEG ALSEINNNL QRVRELTVQA TTGTNSESDL SSIQDEIKSR LDEIDRVSGQ TQFNGVNVLA KNGSMKIQVG ANDNQTITID L KQIDAKTL ...文字列:
MAQVINTNSL SLITQNNINK NQSALSSSIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTSNIKG LTQAARNAND GISVAQTTEG ALSEINNNL QRVRELTVQA TTGTNSESDL SSIQDEIKSR LDEIDRVSGQ TQFNGVNVLA KNGSMKIQVG ANDNQTITID L KQIDAKTL GLDGFSVKNN DTVTTSAPVT AFGATTTNNI KLTGITLSTE AATDTGGTNP ASIEGVYTDN GNDYYAKITG GD NDGKYYA VTVANDGTVT MATGATANAT VTDANTTKAT TITSGGTPVQ IDNTAGSATA NLGAVSLVKL QDSKGNDTDT YAL KDTNGN LYAADVNETT GAVSVKTITY TDSSGAASSP TAVKLGGDDG KTEVVDIDGK TYDSADLNGG NLQTGLTAGG EALT AVANG KTTDPLKALD DAIASVDKFR SSLGAVQNRL DSAVTNLNNT TTNLSEAQSR IQDADYATEV SNMSKAQIIQ QAGNS VLAK ANQVPQQVLS LLQG

UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49279
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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