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- EMDB-2695: Cryo-EM map of Trigger Factor bound to a translating ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2695
タイトルCryo-EM map of Trigger Factor bound to a translating ribosome
マップデータHigh resolution map of ribosome-bound Trigger Factor
試料
  • 試料: TnaC-stalled-RNC with Trigger factor
  • 複合体: cytosolic 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Trigger factor
キーワードtranslation / co-translational protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / response to heat / protein folding / ribosome binding ...'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / response to heat / protein folding / ribosome binding / cell division / membrane / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Trigger factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Deeng J / Chan KY / van der Sluis E / Bischoff L / Berninghausen O / Han W / Gumbart J / Schulten K / Beatrix B / Beckmann R
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Dynamic Behavior of Trigger Factor on the Ribosome.
著者: J Deeng / K Y Chan / E O van der Sluis / O Berninghausen / W Han / J Gumbart / K Schulten / B Beatrix / R Beckmann /
要旨: Trigger factor (TF) is the only ribosome-associated chaperone in bacteria. It interacts with hydrophobic segments in nascent chain (NCs) as they emerge from the ribosome. TF binds via its N-terminal ...Trigger factor (TF) is the only ribosome-associated chaperone in bacteria. It interacts with hydrophobic segments in nascent chain (NCs) as they emerge from the ribosome. TF binds via its N-terminal ribosome-binding domain (RBD) mainly to ribosomal protein uL23 at the tunnel exit on the large ribosomal subunit. Whereas earlier structural data suggested that TF binds as a rigid molecule to the ribosome, recent comparisons of structural data on substrate-bound, ribosome-bound, and TF in solution from different species suggest that this chaperone is a rather flexible molecule. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of TF bound to ribosomes translating an mRNA coding for a known TF substrate from Escherichia coli of a different length. The structures reveal distinct degrees of flexibility for the different TF domains, a conformational rearrangement of the RBD upon ribosome binding, and an increase in rigidity within TF when the NC is extended. Molecular dynamics simulations agree with these data and offer a molecular basis for these observations.
履歴
登録2014年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月6日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2016年9月28日-
現状2016年9月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4urd
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4urd
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4urd
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 94.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈High resolution map of ribosome-bound Trigger Factor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.825 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.825 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.825 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.09 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.30618721 - 0.65773547
平均 (標準偏差)0.00660606 (±0.04793993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-147-147-146
サイズ294294294
Spacing294294294
セルA=B=C: 363.82498 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z294294294
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.825363.825363.825
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-147-147-146
NC/NR/NS294294294
D min/max/mean-0.3060.6580.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TnaC-stalled-RNC with Trigger factor

全体名称: TnaC-stalled-RNC with Trigger factor
要素
  • 試料: TnaC-stalled-RNC with Trigger factor
  • 複合体: cytosolic 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Trigger factor

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超分子 #1000: TnaC-stalled-RNC with Trigger factor

超分子名称: TnaC-stalled-RNC with Trigger factor / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 2

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超分子 #1: cytosolic 70S ribosome

超分子名称: cytosolic 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KC6

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分子 #1: Trigger factor

分子名称: Trigger factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 48 KDa / 理論値: 48 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 2 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil R3/3 holey carbon supported grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper V

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2010年11月21日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.35 µm / 実像数: 221 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.2 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using SIGNATURE and processed using SPIDER
CTF補正詳細: on volumes (SPIDER)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 100931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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