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万見
- EMDB-26854: EcMscK in an intermediate conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26854
タイトルEcMscK in an intermediate conformation
マップデータEcMscK in an intermediate conformation
試料
  • 複合体: EcMscK in an intermediate conformation
    • タンパク質・ペプチド: EcMscK
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.97 Å
データ登録者Mount JW / Yuan P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS099341 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for mechanotransduction in a potassium-dependent mechanosensitive ion channel.
著者: Jonathan Mount / Grigory Maksaev / Brock T Summers / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan /
要旨: Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst ...Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst these channels, MscK is unique in that its activation also requires external potassium ions. To better understand this dual gating mechanism by force and ligand, we elucidate distinct structures of MscK along the gating cycle using cryo-electron microscopy. The heptameric channel comprises three layers: a cytoplasmic domain, a periplasmic gating ring, and a markedly curved transmembrane domain that flattens and expands upon channel opening, which is accompanied by dilation of the periplasmic ring. Furthermore, our results support a potentially unifying mechanotransduction mechanism in ion channels depicted as flattening and expansion of the transmembrane domain.
履歴
登録2022年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26854.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EcMscK in an intermediate conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 376. Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 376. Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 376. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.0115758665 - 1.6523128
平均 (標準偏差)0.0020711476 (±0.026971)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 376.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A

ファイルemd_26854_half_map_1.map
注釈Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B

ファイルemd_26854_half_map_2.map
注釈Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EcMscK in an intermediate conformation

全体名称: EcMscK in an intermediate conformation
要素
  • 複合体: EcMscK in an intermediate conformation
    • タンパク質・ペプチド: EcMscK

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超分子 #1: EcMscK in an intermediate conformation

超分子名称: EcMscK in an intermediate conformation / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Homomeric Heptamer
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)

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分子 #1: EcMscK

分子名称: EcMscK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MTMFQYYKRS RHFVFSAFIA FVFVLLCQNT AFARASSNGD LPTKADLQAQ LDSLNKQKDL SAQDKLVQQ DLTDTLATLD KIDRIKEETV QLRQKVAEAP EKMRQATAAL TALSDVDNDE E TRKILSTL SLRQLETRVA QALDDLQNAQ NDLASYNSQL VSLQTQPERV ...文字列:
MTMFQYYKRS RHFVFSAFIA FVFVLLCQNT AFARASSNGD LPTKADLQAQ LDSLNKQKDL SAQDKLVQQ DLTDTLATLD KIDRIKEETV QLRQKVAEAP EKMRQATAAL TALSDVDNDE E TRKILSTL SLRQLETRVA QALDDLQNAQ NDLASYNSQL VSLQTQPERV QNAMYNASQQ LQ QIRSRLD GTDVGETALR PSQKVLMQAQ QALLNAEIDQ QRKSLEGNTV LQDTLQKQRD YVT ANSARL EHQLQLLQEA VNSKRLTLTE KTAQEAVSPD EAARIQANPL VKQELEINQQ LSQR LITAT ENGNQLMQQN IKVKNWLERA LQSERNIKEQ IAVLKGSLLL SRILYQQQQT LPSAD ELEN MTNRIADLRL EQFEVNQQRD ALFQSDAFVN KLEEGHTNEV NSEVHDALLQ VVDMRR ELL DQLNKQLGNQ LMMAINLQIN QQQLMSVSKN LKSILTQQIF WVNSNRPMDW DWIKAFP QS LKDEFKSMKI TVNWQKAWPA VFIAFLAGLP LLLIAGLIHW RLGWLKAYQQ KLASAVGS L RNDSQLNTPK AILIDLIRAL PVCLIILAVG LILLTMQLNI SELLWSFSKK LAIFWLVFG LCWKVLEKNG VAVRHFGMPE QQTSHWRRQI VRISLALLPI HFWSVVAELS PLHLMDDVLG QAMIFFNLL LIAFLVWPMC RESWRDKESH TMRLVTITVL SIIPIALMVL TATGYFYTTL R LAGRWIET VYLVIIWNLL YQTVLRGLSV AARRIAWRRA LARRQNLVKE GAEGAEPPEE PT IALEQVN QQTLRITMLL MFALFGVMFW AIWSDLITVF SYLDSITLWH YNGTEAGAAV VKN VTMGSL LFAIIASMVA WALIRNLPGL LEVLVLSRLN MRQGASYAIT TILNYIIIAV GAMT VFGSL GVSWDKLQWL AAALSVGLSF GLQEIFGNFV SGLIILFERP VRIGDTVTIG SFSGT VSKI RIRATTITDF DRKEVIIPNK AFVTERLINW SLTDTTTRLV IRLGVAYGSD LEKVRK VLL KAATEHPRVM HEPMPEVFFT AFGASTLDHE LRLYVRELRD RSRTVDELNR TIDQLCR EN DINIAFNQLE VHLHNEKGDE VTEVKRDYKG DDPTPAVG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
150.0 mMKClPotassium Chloride
20.0 mMTris-HCl
0.02 %Glyco-Diosgenin

詳細: Micrographs were pooled from protein purified in the presence of either 150 mM NaCl or 150 mM KCl. Buffers were prepared fresh, degassed, and filtered through a 0.45 um Durapore PVDF membrane.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was homogeneous and monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 46.16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136195
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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