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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26841 | |||||||||
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タイトル | Atomic model of the partial VSV nucleocapsid | |||||||||
マップデータ | CryoEM density map of partial VSV nucleocapsid. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Vesicular stomatitis virus / Nucleocapsid / Matrix protein M / Nucleocapsid protein N / VIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA replication / host cell endomembrane system / helical viral capsid / viral transcription / endomembrane system / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / viral envelope / structural molecule activity ...RNA replication / host cell endomembrane system / helical viral capsid / viral transcription / endomembrane system / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / viral envelope / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vesicular stomatitis virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou K / Si Z / Ge P / Tsao J / Luo M / Zhou ZH | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Atomic model of vesicular stomatitis virus and mechanism of assembly. 著者: Kang Zhou / Zhu Si / Peng Ge / Jun Tsao / Ming Luo / Z Hong Zhou / 要旨: Like other negative-strand RNA viruses (NSVs) such as influenza and rabies, vesicular stomatitis virus (VSV) has a three-layered organization: a layer of matrix protein (M) resides between the ...Like other negative-strand RNA viruses (NSVs) such as influenza and rabies, vesicular stomatitis virus (VSV) has a three-layered organization: a layer of matrix protein (M) resides between the glycoprotein (G)-studded membrane envelope and the nucleocapsid, which is composed of the nucleocapsid protein (N) and the encapsidated genomic RNA. Lack of in situ atomic structures of these viral components has limited mechanistic understanding of assembling the bullet-shaped virion. Here, by cryoEM and sub-particle reconstruction, we have determined the in situ structures of M and N inside VSV at 3.47 Å resolution. In the virion, N and M sites have a stoichiometry of 1:2. The in situ structures of both N and M differ from their crystal structures in their N-terminal segments and oligomerization loops. N-RNA, N-N, and N-M-M interactions govern the formation of the capsid. A double layer of M contributes to packaging of the helical nucleocapsid: the inner M (IM) joins neighboring turns of the N helix, while the outer M (OM) contacts G and the membrane envelope. The pseudo-crystalline organization of G is further mapped by cryoET. The mechanism of VSV assembly is delineated by the network interactions of these viral components. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26841.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26841-v30.xml emd-26841.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26841.png | 159.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26841.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_26841_half_map_1.map.gz emd_26841_half_map_2.map.gz | 11.8 MB 11.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26841 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26841_validation.pdf.gz | 895 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26841_full_validation.pdf.gz | 894.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26841_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26841_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26841 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uwsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM density map of partial VSV nucleocapsid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.325 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26841_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26841_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vesicular stomatitis virus
全体 | 名称: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vesicular stomatitis virus
超分子 | 名称: Vesicular stomatitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 11276 / 生物種: Vesicular stomatitis virus / Sci species strain: San Juan / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Helical nucleocapsid / 直径: 700.0 Å |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 株: San Juan |
分子量 | 理論値: 47.463949 KDa |
配列 | 文字列: MSVTVKRIID NTVIVPKLPA NEDPVEYPAD YFRKSKEIPL YINTTKSLSD LRGYVYQGLK SGNVSIIHVN SYLYGALKDI RGKLDKDWS SFGINIGKAG DTIGIFDLVS LKALDGVLPD GVSDASRTSA DDKWLPLYLL GLYRVGRTQM PEYRKKLMDG L TNQCKMIN ...文字列: MSVTVKRIID NTVIVPKLPA NEDPVEYPAD YFRKSKEIPL YINTTKSLSD LRGYVYQGLK SGNVSIIHVN SYLYGALKDI RGKLDKDWS SFGINIGKAG DTIGIFDLVS LKALDGVLPD GVSDASRTSA DDKWLPLYLL GLYRVGRTQM PEYRKKLMDG L TNQCKMIN EQFEPLVPEG RDIFDVWGND SNYTKIVAAV DMFFHMFKKH ECASFRYGTI VSRFKDCAAL ATFGHLCKIT GM STEDVTT WILNREVADE MVQMMLPGQE IDKADSYMPY LIDFGLSSKS PYSSVKNPAF HFWGQLTALL LRSTRARNAR QPD DIEYTS LTTAGLLYAY AVGSSADLAQ QFCVGDNKYT PDDSTGGLTT NAPPQGRDVV EWLGWFEDQN RKPTPDMMQY AKRA VMSLQ GLREKTIGKY AKSEFDK UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #3: Matrix protein
分子 | 名称: Matrix protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.228188 KDa |
配列 | 文字列: MSSFKKILGL SSKSHKKSKK LGLPPPYDES SPMEIQPSAP LSNDFFGMED MDLYDKDSLR YEKFRFMLKM TVRSNKPFRS YDDVTAAVS QWDNSYIGMV GKRPFYKIIA LIGSSHLQAT PAVLADLNQP EYYATLTGRC FLPHRLGLIP PMFNVSETFR K PFNIGIYK ...文字列: MSSFKKILGL SSKSHKKSKK LGLPPPYDES SPMEIQPSAP LSNDFFGMED MDLYDKDSLR YEKFRFMLKM TVRSNKPFRS YDDVTAAVS QWDNSYIGMV GKRPFYKIIA LIGSSHLQAT PAVLADLNQP EYYATLTGRC FLPHRLGLIP PMFNVSETFR K PFNIGIYK GTLDFTFTVS DDESNEKVPH VWEYMNPKYQ SQIQKEGLKF GLILSKKATG TWVLDQLSPF K UniProtKB: Matrix protein |
-分子 #2: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 株: San Juan |
分子量 | 理論値: 116.603883 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U UUUUUUUU ...文字列: UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U UUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UU UUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUU UUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-44 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2008 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 75.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.42 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -10.14 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION 詳細: Additional sub-particle reconstruction was carried out after class3D of helices. 使用した粒子像数: 23207 |
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Segment selection | 選択した数: 7732 |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |