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万見
- EMDB-26745: Plasmodium falciparum merozoite with two rhoptries and an associa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26745
タイトルPlasmodium falciparum merozoite with two rhoptries and an associated apical vesicle
マップデータPlasmodium falciparum merozoite with two rhoptries associated with an apical vesicle
試料
  • 細胞: Plasmodium falciparum merozoite apical complex
キーワードRhoptry / Parasite / CELL INVASION
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martinez M / Chang Y-W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Rhoptry secretion system structure and priming in Plasmodium falciparum revealed using in situ cryo-electron tomography.
著者: Matthew Martinez / William David Chen / Marta Mendonça Cova / Petra Molnár / Shrawan Kumar Mageswaran / Amandine Guérin / Audrey R Odom John / Maryse Lebrun / Yi-Wei Chang /
要旨: Apicomplexan parasites secrete contents of the rhoptries, club-shaped organelles in the apical region, into host cells to permit their invasion and establishment of infection. The rhoptry secretory ...Apicomplexan parasites secrete contents of the rhoptries, club-shaped organelles in the apical region, into host cells to permit their invasion and establishment of infection. The rhoptry secretory apparatus (RSA), which is critical for rhoptry secretion, was recently discovered in Toxoplasma and Cryptosporidium. It is unknown whether a similar molecular machinery exists in the malaria parasite Plasmodium. In this study, we use in situ cryo-electron tomography to investigate the rhoptry secretion system in P. falciparum merozoites. We identify the presence of an RSA at the cell apex and a morphologically distinct apical vesicle docking the tips of the two rhoptries to the RSA. We also discover two additional rhoptry organizations that lack the apical vesicle. Using subtomogram averaging, we reveal different conformations of the RSA structure corresponding to different rhoptry organizations. Our results highlight previously unknown steps in the process of rhoptry secretion and indicate a regulatory role for the conserved apical vesicle in host invasion by apicomplexan parasites.
履歴
登録2022年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Plasmodium falciparum merozoite with two rhoptries associated with an apical vesicle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.6 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)58.908065999999998 (±8.010914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-231231-444
サイズ14401023800
Spacing10231440800
セルA: 10843.801 Å / B: 15264.001 Å / C: 8480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum merozoite apical complex

全体名称: Plasmodium falciparum merozoite apical complex
要素
  • 細胞: Plasmodium falciparum merozoite apical complex

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超分子 #1: Plasmodium falciparum merozoite apical complex

超分子名称: Plasmodium falciparum merozoite apical complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Two separate rhoptries with an associated apical vesicle
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: RPMI-1640 supplemented with 27 mM NaHCO3, 11 mM glucose, 5 mM HEPES, 0.01 mM thymidine, 1 mM sodium pyruvate, 0.37 mM hypoxanthine, 10 ug/mL gentamicin
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Front blot for 4-6 seconds before plunging.
詳細Mechanically isolated merozoites from synchronized schizonts
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella, Inc / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 140.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Raw frames were gain normalized in serialEM and motion corrected using the alignframes command in IMOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Reconstruction was performed in IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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