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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26631 | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Initiation Factor 2 / 70S ribosome / cryo-EM / translation initiation / initiator tRNA / conformational changes / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation 著者: Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26631.map.gz | 256.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26631-v30.xml emd-26631.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26631.png | 215.3 KB | ||
マスクデータ | emd_26631_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26631.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_26631_additional_1.map.gz emd_26631_half_map_1.map.gz emd_26631_half_map_2.map.gz | 404.9 MB 474.4 MB 474.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26631 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26631_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26631_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26631_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26631_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26631 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7unqC 7unrC 7untC 7unuC 7unvC 7unwC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11012 (タイトル: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2 Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2 collected on Gatan K3 in Super Resolution [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26631_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26631_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B). Sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26631_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26631_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to c...
全体 | 名称: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to c...
超分子 | 名称: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (I-B) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |