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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26424 | |||||||||
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タイトル | Meprin alpha helix in complex with fetuin-B [consensus C1 reconstruction] | |||||||||
マップデータ | B-factor amplitude corrected sharpened map, filtered by local resolution | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Bayly-Jones C / Lupton CJ / Fritz C / Schlenzig D / Whisstock JC | |||||||||
資金援助 | ドイツ, オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Helical ultrastructure of the metalloprotease meprin α in complex with a small molecule inhibitor. 著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig ...著者: Charles Bayly-Jones / Christopher J Lupton / Claudia Fritz / Hariprasad Venugopal / Daniel Ramsbeck / Michael Wermann / Christian Jäger / Alex de Marco / Stephan Schilling / Dagmar Schlenzig / James C Whisstock / 要旨: The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal ...The zinc-dependent metalloprotease meprin α is predominantly expressed in the brush border membrane of proximal tubules in the kidney and enterocytes in the small intestine and colon. In normal tissue homeostasis meprin α performs key roles in inflammation, immunity, and extracellular matrix remodelling. Dysregulated meprin α is associated with acute kidney injury, sepsis, urinary tract infection, metastatic colorectal carcinoma, and inflammatory bowel disease. Accordingly, meprin α is the target of drug discovery programs. In contrast to meprin β, meprin α is secreted into the extracellular space, whereupon it oligomerises to form giant assemblies and is the largest extracellular protease identified to date (~6 MDa). Here, using cryo-electron microscopy, we determine the high-resolution structure of the zymogen and mature form of meprin α, as well as the structure of the active form in complex with a prototype small molecule inhibitor and human fetuin-B. Our data reveal that meprin α forms a giant, flexible, left-handed helical assembly of roughly 22 nm in diameter. We find that oligomerisation improves proteolytic and thermal stability but does not impact substrate specificity or enzymatic activity. Furthermore, structural comparison with meprin β reveal unique features of the active site of meprin α, and helical assembly more broadly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26424.map.gz | 16.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26424-v30.xml emd-26424.xml | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26424_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26424.png | 108.3 KB | ||
マスクデータ | emd_26424_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26424_additional_1.map.gz emd_26424_half_map_1.map.gz emd_26424_half_map_2.map.gz | 51.8 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26424 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26424 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26424_validation.pdf.gz | 918 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26424_full_validation.pdf.gz | 917.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26424_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26424_validation.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26424 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26424 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | B-factor amplitude corrected sharpened map, filtered by local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4133 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26424_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened final map. Low pass filtered to the global FSC.
ファイル | emd_26424_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened final map. Low pass filtered to the global FSC. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map (1 of 2).
ファイル | emd_26424_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map (1 of 2). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map (2 of 2).
ファイル | emd_26424_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map (2 of 2). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Inhibitory complex of meprin alpha helix with fetuin-B [consensus...
全体 | 名称: Inhibitory complex of meprin alpha helix with fetuin-B [consensus C1 reconstruction] |
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要素 |
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-超分子 #1: Inhibitory complex of meprin alpha helix with fetuin-B [consensus...
超分子 | 名称: Inhibitory complex of meprin alpha helix with fetuin-B [consensus C1 reconstruction] タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Consensus standard reconstruction of full helix of recombinant, secreted helical pro-meprin alpha |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Drosophila (ハエ) / 組換細胞: Schneider-2 / 組換プラスミド: pMT/BiP/V5 |
分子量 | 理論値: 85 kDa/nm |
-分子 #1: Meprin alpha
分子 | 名称: Meprin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: WSHPQFEKVP IKYLPEENVH DADFGEQKDI SEINLAAGLD LFQGDIL LQ KSRNGLRDPN TRWTFPIPYI LADNLGLNAK GAILYAFEMF RLKSCVDFKP YEGESSYI I FQQFDGCWSE VGDQHVGQNI SIGQGCAYKA IIEHEILHAL GFYHEQSRTD RDDYVNIWW ...文字列: WSHPQFEKVP IKYLPEENVH DADFGEQKDI SEINLAAGLD LFQGDIL LQ KSRNGLRDPN TRWTFPIPYI LADNLGLNAK GAILYAFEMF RLKSCVDFKP YEGESSYI I FQQFDGCWSE VGDQHVGQNI SIGQGCAYKA IIEHEILHAL GFYHEQSRTD RDDYVNIWW DQILSGYQHN FDTYDDSLIT DLNTPYDYES LMHYQPFSFN KNASVPTITA KIPEFNSIIG QRLDFSAID LERLNRMYNC TTTHTLLDHC TFEKANICGM IQGTRDDTDW AHQDSAQAGE V DHTLLGQC TGAGYFMQFS TSSGSAEEAA LLESRILYPK RKQQCLQFFY KMTGSPSDRL VV WVRRDDS TGNVRKLVKV QTFQGDDDHN WKIAHVVLKE EQKFRYLFQG TKGDPQNSTG GIY LDDITL TETPCPTGVW TVRNFSQVLE NTSKGDKLQS PRFYNSEGYG FGVTLYPNSR ESSG YLRLA FHVCSGENDA ILEWPVENRQ VIITILDQEP DVRNRMSSSM VFTTSKSHTS PAIND TVIW DRPSRVGTYH TDCNCFRSID LGWSGFISHQ MLKRRSFLKN DDLIIFVDFE DITHLS |
-分子 #2: fetuin-B
分子 | 名称: fetuin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGLLLPLALC ILVLCCGAMS PPQLALNPSA LLSRGCNDSD VLAVAGFALR DINKDRKDGY VLRLNRVND AQEYRRGGLG SLFYLTLDVL ETDCHVLRKK AWQDCGMRIF FESVYGQCKA I FYMNNPSR VLYLAAYNCT LRPVSKKKIY MTCPDCPSSI PTDSSNHQVL ...文字列: MGLLLPLALC ILVLCCGAMS PPQLALNPSA LLSRGCNDSD VLAVAGFALR DINKDRKDGY VLRLNRVND AQEYRRGGLG SLFYLTLDVL ETDCHVLRKK AWQDCGMRIF FESVYGQCKA I FYMNNPSR VLYLAAYNCT LRPVSKKKIY MTCPDCPSSI PTDSSNHQVL EAATESLAKY NN ENTSKQY SLFKVTRASS QWVVGPSYFV EYLIKESPCT KSQASSCSLQ SSDSVPVGLC KGS LTRTHW EKFVSVTCDF FESQAPATGS ENSAVNQKPT NLPKVEESQQ KNTPPTDSPS KAGP RGSVQ YLPDLDDKNS QEKGPQEAFP VHLDLTTNPQ GETLDISFLF LEPMEEKLVV LPFPK EKAR TAECPGPAQN ASPLVLPPHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blot, -3 force. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4068 / 平均電子線量: 44.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |