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万見
- EMDB-2631: The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP/EcR nuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2631
タイトルThe Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP/EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning
マップデータ-
試料
  • 試料: USP/EcR
  • タンパク質・ペプチド: ECR
  • タンパク質・ペプチド: USP
  • DNA: DNA
キーワードNuclear receptor / 100kDa complex / transcription / ecdysone / USP / EcR / DNA response element / allostery / cryo electron microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
データ登録者Maletta M / Orlov I / Moras D / Billas IML / Klaholz BP
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The palindromic DNA-bound USP/EcR nuclear receptor adopts an asymmetric organization with allosteric domain positioning.
著者: Massimiliano Maletta / Igor Orlov / Pierre Roblin / Yannick Beck / Dino Moras / Isabelle M L Billas / Bruno P Klaholz /
要旨: Nuclear receptors (NRs) regulate gene expression through DNA- and ligand-binding and thus represent crucial therapeutic targets. The ultraspiracle protein/ecdysone receptor (USP/EcR) complex binds to ...Nuclear receptors (NRs) regulate gene expression through DNA- and ligand-binding and thus represent crucial therapeutic targets. The ultraspiracle protein/ecdysone receptor (USP/EcR) complex binds to half-sites with a one base pair spaced inverted repeat (IR1), a palindromic DNA response element (RE) reminiscent of IRs observed for vertebrate steroid hormone receptors. Here we present the cryo electron microscopy structure of the USP/EcR complex bound to an IR1 RE which provides the first description of a full IR-bound NR complex. The structure reveals that even though the DNA is almost symmetric, the complex adopts a highly asymmetric architecture in which the ligand-binding domains (LBDs) are positioned 5' off-centred. Additional interactions of the USP LBD with the 5'-flanking sequence trigger transcription activity as monitored by transfection assays. The comparison with DR-bound NR complexes suggests that DNA is the major allosteric driver in inversely positioning the LBDs, which serve as the main binding-site for transcriptional regulators.
履歴
登録2014年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月14日-
マップ公開2014年7月2日-
更新2014年7月2日-
現状2014年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4umm
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2631-USP...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈-
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 96 pix.
= 163.2 Å		1.7 Å/pix.
x 96 pix.
= 163.2 Å		1.7 Å/pix.
x 96 pix.
= 163.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.77237272 - 13.81750774
平均 (標準偏差)0.12339457 (±0.8669368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-47-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 163.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z163.200163.200163.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-47-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-2.77213.8180.123

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : USP/EcR

全体名称: USP/EcR
要素
  • 試料: USP/EcR
  • タンパク質・ペプチド: ECR
  • タンパク質・ペプチド: USP
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: USP/EcR

超分子名称: USP/EcR / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: a heterodimer of USP and EcR bound to DNA / Number unique components: 3
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa

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分子 #1: ECR

分子名称: ECR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Heliothis virescens (蝶・蛾) / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #3: USP

分子名称: USP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Heliothis virescens (蝶・蛾) / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液詳細: 10 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 mM TCEP
グリッド詳細: Quantifoil 2/2.2 300 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 2 seconds, force 4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2009年11月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 600 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 64244 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara cartrige / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Imagic-V, angular reconstitution angles determination
CTF補正詳細: ccd images 4096x4096
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic-V / 使用した粒子像数: 50000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1r1k

詳細The domains (USP/EcR LBD and DBD heterodimers respectively, PDB IDs 1R1K and 2HAN) were separately fitted by manual docking using program Pymol.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4umm:
The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2han

詳細The domains (USP/EcR LBD and DBD heterodimers respectively, PDB IDs 1R1K and 2HAN) were separately fitted by manual docking using program Pymol.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4umm:
The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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