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- PDB-4umm: The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umm
タイトルThe Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning
要素
  • (ECDYSONE RECEPTOR) x 2
  • 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP *AP*CP*TP*TP*GP*TP)-3'
  • 5'-D(*DGP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*DAP *AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
  • ECR-USP
  • GENE REGULATION PROTEIN
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION / ECDYSONE / USP-ECR / DNA RESPONSE ELEMENT / ALLOSTERY / CRYO ELECTRON MICROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / DNA / DNA (> 10) / Ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種HELIOTHIS VIRESCENS (蝶・蛾)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
データ登録者Maletta, M. / Orlov, I. / Moras, D. / Billas, I.M.L. / Klaholz, B.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The palindromic DNA-bound USP/EcR nuclear receptor adopts an asymmetric organization with allosteric domain positioning.
著者: Massimiliano Maletta / Igor Orlov / Pierre Roblin / Yannick Beck / Dino Moras / Isabelle M L Billas / Bruno P Klaholz /
要旨: Nuclear receptors (NRs) regulate gene expression through DNA- and ligand-binding and thus represent crucial therapeutic targets. The ultraspiracle protein/ecdysone receptor (USP/EcR) complex binds to ...Nuclear receptors (NRs) regulate gene expression through DNA- and ligand-binding and thus represent crucial therapeutic targets. The ultraspiracle protein/ecdysone receptor (USP/EcR) complex binds to half-sites with a one base pair spaced inverted repeat (IR1), a palindromic DNA response element (RE) reminiscent of IRs observed for vertebrate steroid hormone receptors. Here we present the cryo electron microscopy structure of the USP/EcR complex bound to an IR1 RE which provides the first description of a full IR-bound NR complex. The structure reveals that even though the DNA is almost symmetric, the complex adopts a highly asymmetric architecture in which the ligand-binding domains (LBDs) are positioned 5' off-centred. Additional interactions of the USP LBD with the 5'-flanking sequence trigger transcription activity as monitored by transfection assays. The comparison with DR-bound NR complexes suggests that DNA is the major allosteric driver in inversely positioning the LBDs, which serve as the main binding-site for transcriptional regulators.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references / Other
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step
Item: _em_software.image_processing_id / _ndb_struct_na_base_pair.propeller ..._em_software.image_processing_id / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2631
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECR-USP
C: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP *AP*CP*TP*TP*GP*TP)-3'
D: 5'-D(*DGP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*DAP *AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
E: ECDYSONE RECEPTOR
F: GENE REGULATION PROTEIN
G: ECDYSONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1308
ポリマ－91,9556
非ポリマー1,1752
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 AEFG

#1: タンパク質 ECR-USP


分子量: 9256.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELIOTHIS VIRESCENS (蝶・蛾) / 器官: NUCLEOUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質 ECDYSONE RECEPTOR / 20-HYDROXY-ECDYSONE RECEPTOR / 20E RECEPTOR / ECRH / ECDYSTEROID RECEPTOR / HVECR / NUCLEAR ...20-HYDROXY-ECDYSONE RECEPTOR / 20E RECEPTOR / ECRH / ECDYSTEROID RECEPTOR / HVECR / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP H MEMBER 1


分子量: 10099.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELIOTHIS VIRESCENS (蝶・蛾) / 器官: NUCLEOUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O18473
#5: タンパク質 GENE REGULATION PROTEIN / ECR-USP


分子量: 29962.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELIOTHIS VIRESCENS (蝶・蛾) / 器官: NUCLEOUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF6
#6: タンパク質 ECDYSONE RECEPTOR / 20-HYDROXY-ECDYSONE RECEPTOR / 20E RECEPTOR / ECRH / ECDYSTEROID RECEPTOR / HVECR / NUCLEAR ...20-HYDROXY-ECDYSONE RECEPTOR / 20E RECEPTOR / ECRH / ECDYSTEROID RECEPTOR / HVECR / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP H MEMBER 1


分子量: 30368.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELIOTHIS VIRESCENS (蝶・蛾) / 器官: NUCLEOUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O18473

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP *AP*CP*TP*TP*GP*TP)-3'


分子量: 6148.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*DGP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*DAP *AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'


分子量: 6117.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 3種, 10分子

#7: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-P1A / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / PONASTERONE A / 25-DEOXYECDYSTERONE / 25-DEOXY-20-HYDROXYECDYSONE, / ポナステロンA


分子量: 464.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BRUNO P. KLAHOLZ / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 10 MM TRIS PH 7.5, 100 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM TCEP
pH: 7.5
詳細: 10 MM TRIS PH 7.5, 100 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM TCEP
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 90, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- 2 SECONDS, FORCE 4,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2009年11月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 64244 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 600

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解析

EMソフトウェア名称: IMAGIC / バージョン: 5 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CCD IMAGES 4096X4096
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 11.6 Å / 粒子像の数: 50000
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2631. (DEPOSITION ID: 12447).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 1R1K

1r1k


Accession code: 1R1K / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 11.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 11.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5128 812 82 8 6030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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