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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25800 | |||||||||
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タイトル | The structure of ATP-bound ABCA1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylcholine floppase activity / phospholipid efflux / ABC-type transporter activity / intracellular membrane-bounded organelle / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun Y / Li X | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2022 タイトル: Cholesterol efflux mechanism revealed by structural analysis of human ABCA1 conformational states. 著者: Yingyuan Sun / Xiaochun Li / 要旨: ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) utilizes energy derived from ATP hydrolysis to export cholesterol and phospholipids from macrophages. ABCA1 plays a central role in the biosynthesis of ...ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) utilizes energy derived from ATP hydrolysis to export cholesterol and phospholipids from macrophages. ABCA1 plays a central role in the biosynthesis of high-density lipoprotein (HDL), which mediates reverse cholesterol transport and prevents detrimental lipid deposition. Mutations in ABCA1 cause Tangier disease characterized by a remarkable reduction in the amount of HDL in blood. Here we present cryo-electron microscopy structures of human ABCA1 in ATP-bound and nucleotide-free states. Structural comparison reveals that ATP molecules pull the nucleotide-binding domains together, inducing movements of transmembrane helices 1, 2, 7 and 8 through a series of salt-bridge interactions. Subsequently, extracellular domains (ECDs) undergo a rotation and introduce conformational changes in the ECD-transmembrane interface. In addition, while we observe a sterol-like molecule in ECDs, no such density was observed in the structure of an HDL-deficiency mutant ABCA1, demonstrating the physiological importance of ECDs and a putative interaction mode between ABCA1 and its lipid acceptors. Thus, these structures, along with cholesterol efflux assays, advance the understanding ABCA1-mediated reverse cholesterol transport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25800.map.gz | 17.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25800-v30.xml emd-25800.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25800_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25800.png | 80.1 KB | ||
その他 | emd_25800_additional_1.map.gz emd_25800_half_map_1.map.gz emd_25800_half_map_2.map.gz | 7.2 MB 98.7 MB 98.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25800 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25800 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25800_validation.pdf.gz | 814.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25800_full_validation.pdf.gz | 814.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25800_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25800_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25800 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25800 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.844 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: focused refinement of the extracellular domain
ファイル | emd_25800_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | focused refinement of the extracellular domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25800_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25800_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ABCA1 in complex with ATP
全体 | 名称: ABCA1 in complex with ATP |
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要素 |
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-超分子 #1: ABCA1 in complex with ATP
超分子 | 名称: ABCA1 in complex with ATP / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
分子 | 名称: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 255.653016 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MACWPQLRLL LWKNLTFRRR QTCQLLLEVA WPLFIFLILI SVRLSYPPYE QHECHFPNKA MPSAGTLPWV QGIICNANNP CFRYPTPGE APGVVGNFNK SIVARLFSDA RRLLLYSQKD TSMKDMRKVL RTLQQIKKSS SNLKLQDFLV DNETFSGFLY H NLSLPKST ...文字列: MACWPQLRLL LWKNLTFRRR QTCQLLLEVA WPLFIFLILI SVRLSYPPYE QHECHFPNKA MPSAGTLPWV QGIICNANNP CFRYPTPGE APGVVGNFNK SIVARLFSDA RRLLLYSQKD TSMKDMRKVL RTLQQIKKSS SNLKLQDFLV DNETFSGFLY H NLSLPKST VDKMLRADVI LHKVFLQGYQ LHLTSLCNGS KSEEMIQLGD QEVSELCGLP REKLAAAERV LRSNMDILKP IL RTLNSTS PFPSKELAEA TKTLLHSLGT LAQELFSMRS WSDMRQEVMF LTNVNSSSSS TQIYQAVSRI VCGHPEGGGL KIK SLNWYE DNNYKALFGG NGTEEDAETF YDNSTTPYCN DLMKNLESSP LSRIIWKALK PLLVGKILYT PDTPATRQVM AEVN KTFQE LAVFHDLEGM WEELSPKIWT FMENSQEMDL VRMLLDSRDN DHFWEQQLDG LDWTAQDIVA FLAKHPEDVQ SSNGS VYTW REAFNETNQA IRTISRFMEC VNLNKLEPIA TEVWLINKSM ELLDERKFWA GIVFTGITPG SIELPHHVKY KIRMDI DNV ERTNKIKDGY WDPGPRADPF EDMRYVWGGF AYLQDVVEQA IIRVLTGTEK KTGVYMQQMP YPCYVDDIFL RVMSRSM PL FMTLAWIYSV AVIIKGIVYE KEARLKETMR IMGLDNSILW FSWFISSLIP LLVSAGLLVV ILKLGNLLPY SDPSVVFV F LSVFAVVTIL QCFLISTLFS RANLAAACGG IIYFTLYLPY VLCVAWRDYV GFTLKIFASL LSPVAFGFGC EYFALFEEQ GIGVQWDNLF ESPVEEDGFN LTTSVSMMLF DTFLYGVMTW YIEAVFPGQY GIPRPWYFPC TKSYWFGEES DEKSHPGSNQ KRISEICME EEPTHLKLGV SIQNLVKVYR DGMKVAVDGL ALNFYEGQIT SFLGHNGAGK TTTMSILTGL FPPTSGTAYI L GKDIRSEM STIRQNLGVC PQHNVLFDML TVEEHIWFYA RLKGLSEKHV KAEMEQMALD VGLPSSKLKS KTSQLSGGMQ RK LSVALAF VGGSKVVILD QPTAGVDPYS RRGIWELLLK YRQGRTIILS THHMDEADVL GDRIAIISHG KLCCVGSSLF LKN QLGTGY YLTLVKKDVE SSLSSCRNSS STVSYLKKED SVSQSSSDAG LGSDHESDTL TIDVSAISNL IRKHVSEARL VEDI GHELT YVLPYEAAKE GAFVELFHEI DDRLSDLGIS SYGISETTLE EIFLKVAEES GVDAETSDGT LPARRNRRAF GDKQS CLRP FTEDDAADPN DSDIDPESRE TDLLSGMDGK GSYQVKGWKL TQQQFVALLW KRLLIARRSR KGFFAQIVLP AVFVCI ALV FSLIVPPFGK YPSLELQPWM YNEQYTFVSN DAPEDTGTLE LLNALTKDPG FGTRCMEGNP IPDTPCQAGE EEWTTAP VP QTIMDLFQNG NWTMQNPSPA CQCSSDKIKK MLPVCPPGAG GLPPPQRKQN TADILQDLTG RNISDYLVKT YVQIIAKS L KNKIWVNEFR YGGFSLGVSN TQALPPSQEV NDAIKQMKKH LKLAKDSSAD RFLNSLGRFM TGLDTKNNVK VWFNNKGWH AISSFLNVIN NAILRANLQK GENPSHYGIT AFNHPLNLTK QQLSEVALMT TSVDVLVSIC VIFAMSFVPA SFVVFLIQER VSKAKHLQF ISGVKPVIYW LSNFVWDMCN YVVPATLVII IFICFQQKSY VSSTNLPVLA LLLLLYGWSI TPLMYPASFV F KIPSTAYV VLTSVNLFIG INGSVATFVL ELFTDNKLNN INDILKSVFL IFPHFCLGRG LIDMVKNQAM ADALERFGEN RF VSPLSWD LVGRNLFAMA VEGVVFFLIT VLIQYRFFIR PRPVNAKLSP LNDEDEDVRR ERQRILDGGG QNDILEIKEL TKI YRRKRK PAVDRICVGI PPGECFGLLG VNGAGKSSTF KMLTGDTTVT RGDAFLNKNS ILSNIHEVHQ NMGYCPQFDA ITEL LTGRE HVEFFALLRG VPEKEVGKVG EWAIRKLGLV KYGEKYAGNY SGGNKRKLST AMALIGGPPV VFLDQPTTGM DPKAR RFLW NCALSVVKEG RSVVLTSHSM EECEALCTRM AIMVNGRFRC LGSVQHLKNR FGDGYTIVVR IAGSNPDLKP VQDFFG LAF PGSVLKEKHR NMLQYQLPSS LSSLARIFSI LSQSKKRLHI EDYSVSQTTL DQVFVNFAKD QSDDDHLKDL SLHKNQT VV DVAVLTSFLQ DEKVKESYVG DYKDDDDK |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |