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万見
- EMDB-25798: AtTPC1 D454N with 1 mM Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25798
タイトルAtTPC1 D454N with 1 mM Ca2+
マップデータNon-uniform refinement, post-processed with Deepemhancer. Inputs are the two provided half maps, high resolution protocol.
試料
  • 複合体: Two-pore channel 1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Two pore calcium channel protein 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードion channel / vacuole / plant / voltage / VGIC / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Two pore calcium channel protein 1, plant / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Two pore calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dickinson MS / Stroud RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of multistep voltage activation in plant two-pore channel 1.
著者: Miles Sasha Dickinson / Jinping Lu / Meghna Gupta / Irene Marten / Rainer Hedrich / Robert M Stroud /
要旨: Voltage-gated ion channels confer excitability to biological membranes, initiating and propagating electrical signals across large distances on short timescales. Membrane excitation requires channels ...Voltage-gated ion channels confer excitability to biological membranes, initiating and propagating electrical signals across large distances on short timescales. Membrane excitation requires channels that respond to changes in electric field and couple the transmembrane voltage to gating of a central pore. To address the mechanism of this process in a voltage-gated ion channel, we determined structures of the plant two-pore channel 1 at different stages along its activation coordinate. These high-resolution structures of activation intermediates, when compared with the resting-state structure, portray a mechanism in which the voltage-sensing domain undergoes dilation and in-membrane plane rotation about the gating charge-bearing helix, followed by charge translocation across the charge transfer seal. These structures, in concert with patch-clamp electrophysiology, show that residues in the pore mouth sense inhibitory Ca and are allosterically coupled to the voltage sensor. These conformational changes provide insight into the mechanism of voltage-sensor domain activation in which activation occurs vectorially over a series of elementary steps.
履歴
登録2021年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.109
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.109
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7tbg
  • 表面レベル: 0.109
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25798.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 219.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-uniform refinement, post-processed with Deepemhancer. Inputs are the two provided half maps, high resolution protocol.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 386 pix.
= 322.31 Å		0.84 Å/pix.
x 386 pix.
= 322.31 Å		0.84 Å/pix.
x 386 pix.
= 322.31 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.109 / ムービー #1: 0.109
最小 - 最大-0.026206804 - 1.8947906
平均 (標準偏差)0.00075819454 (±0.017054493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ386386386
Spacing386386386
セルA=B=C: 322.31 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8350.8350.835
M x/y/z386386386
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.310322.310322.310
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ154162115
NX/NY/NZ9384171
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS386386386
D min/max/mean-0.0261.8950.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 from non-uniform refinement

ファイルemd_25798_half_map_1.map
注釈Half map 1 from non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from non-uniform refinement

ファイルemd_25798_half_map_2.map
注釈Half map 2 from non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two-pore channel 1 dimer

全体名称: Two-pore channel 1 dimer
要素
  • 複合体: Two-pore channel 1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Two pore calcium channel protein 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Two-pore channel 1 dimer

超分子名称: Two-pore channel 1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 168 KDa

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分子 #1: Two pore calcium channel protein 1

分子名称: Two pore calcium channel protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 84.956836 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEDPLIGRDS LGGGGTDRVR RSEAITHGTP FQKAAALVDL AEDGIGLPVE ILDQSSFGES ARYYFIFTRL DLIWSLNYFA LLFLNFFEQ PLWCEKNPKP SCKDRDYYYL GELPYLTNAE SIIYEVITLA ILLVHTFFPI SYEGSRIFWT SRLNLVKVAC V VILFVDVL ...文字列:
MEDPLIGRDS LGGGGTDRVR RSEAITHGTP FQKAAALVDL AEDGIGLPVE ILDQSSFGES ARYYFIFTRL DLIWSLNYFA LLFLNFFEQ PLWCEKNPKP SCKDRDYYYL GELPYLTNAE SIIYEVITLA ILLVHTFFPI SYEGSRIFWT SRLNLVKVAC V VILFVDVL VDFLYLSPLA FDFLPFRIAP YVRVIIFILS IRELRDTLVL LSGMLGTYLN ILALWMLFLL FASWIAFVMF ED TQQGLTV FTSYGATLYQ MFILFTTSNN PDVWIPAYKS SRWSSVFFVL YVLIGVYFVT NLILAVVYDS FKEQLAKQVS GMD QMKRRM LEKAFGLIDS DKNGEIDKNQ CIKLFEQLTN YRTLPKISKE EFGLIFDELD DTRDFKINKD EFADLCQAIA LRFQ KEEVP SLFEHFPQIY HSALSQQLRA FVRSPNFGYA ISFILIINFI AVVVETTLNI EESSAQKNWQ VAEFVFGWIY VLEMA LKIY TYGFENYWRE GANRFDFLVT WVIVIGETAT FITPDENTFF SNGEWIRYLL LARMLRLIRL LMNVQRYRAF IATFIT LIP SLMPYLGTIF CVLCIYCSIG VQVFGGLVNA GNKKLFETEL AEDDYLLFNF NDYPNGMVTL FNLLVMGNWQ VWMESYK DL TGTWWSITYF VSFYVITILL LLNLVVAFVL EAFFTELDLE EEEKCQGQDS QEKRNRRRSA GSKSRSQRVD TLLHHMLG D ELSKPECSTS DT

UniProtKB: Two pore calcium channel protein 1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 140438
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7tbg:
AtTPC1 D454N with 1 mM Ca2+

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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