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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2568
タイトルHuman full-length coagulation factor X and its isolated GLA domain bind to different regions of the adenovirus serotype 5 hexon capsomer
マップデータOnly 1/8 of the map to see the hexons
試料
  • 試料: HAdV-C5 virions complexed with GLAmim
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
  • リガンド: GLAmim peptide
キーワードAdenovirus / Hexon / Scavenger receptors / Factor X / GLA domain / Peptidomimetic / Vectors / Targeting
生物種synthetic construct (人工物) / Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Sumarheni S / Hong SS / Josserand V / Coll J-L / Boulanger P / Schoehn G / Fender P
引用ジャーナル: Hum Gene Ther / 年: 2014
タイトル: Human full-length coagulation factor X and a GLA domain-derived 40-mer polypeptide bind to different regions of the adenovirus serotype 5 hexon capsomer.
著者: Sudir Sumarheni / Saw See Hong / Véronique Josserand / Jean-Luc Coll / Pierre Boulanger / Guy Schoehn / Pascal Fender /
要旨: The interaction of human adenovirus (HAdV)-C5 and many other adenoviruses with blood coagulation factors (e.g., human factor X, FX) involves the binding of their GLA domain to the hexon capsomers, ...The interaction of human adenovirus (HAdV)-C5 and many other adenoviruses with blood coagulation factors (e.g., human factor X, FX) involves the binding of their GLA domain to the hexon capsomers, resulting in high levels of hepatotropism and potential hepatotoxicity. In this study, we tested the possibility of preventing these undesirable effects by using a GLA-mimicking peptide as a competitor. An FX GLA domain-derived, 40-mer polypeptide carrying 12 carboxyglutamate residues was synthesized (GLA(mim)). Surface plasmon resistance (SPR) analysis showed that GLA(mim) reacted with free and capsid-embedded hexon with a nanomolar affinity. Unexpectedly, GLA(mim) failed to compete with FX for hexon binding, and instead significantly increased the formation of FX-hexon or FX-adenovirion complexes. This observation was confirmed by in vitro cell transduction experiments using HAdV-C5-Luciferase vector (HAdV5-Luc), as preincubation of HAdV5-Luc with GLA(mim) before FX addition resulted in a higher transgene expression compared with FX alone. HAdV-C5 virions complexed with GLA(mim) were analyzed by cryoelectron microscopy. Image reconstruction demonstrated the bona fide hexon-GLA(mim) interaction, as for the full-length FX, although with considerable differences in stoichiometry and relative location on the hexon capsomer. Three extra densities were found at the periphery of each hexon, whereas one single FX molecule occupied the central cavity of the hexon trimeric capsomer. A refined analysis indicated that each extra density is found at the expected location of one highly variable loop 1 of the hexon, involved in scavenger receptor recognition. HAdV5-Luc complexed with a bifunctional GLA(mim)RGD peptide showed a lesser hepatotropism, compared with control HAdV5-Luc alone, and efficiently targeted αβ-integrin-overexpressing tumor cells in an in vivo mouse tumor model. Collectively, our findings open new perspectives in the design of adenoviral vectors for biotherapy.
履歴
登録2014年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年8月27日-
更新2014年8月27日-
現状2014年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 160
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 160
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Only 1/8 of the map to see the hexons
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 160.0 / ムービー #1: 160
最小 - 最大-1139.0 - 1311.0
平均 (標準偏差)7.57692862 (±161.530014039999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-223-223-223
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 565.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.262.262.26
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z565.000565.000565.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-223-223-223
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-1139.0001311.0007.577

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HAdV-C5 virions complexed with GLAmim

全体名称: HAdV-C5 virions complexed with GLAmim
要素
  • 試料: HAdV-C5 virions complexed with GLAmim
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
  • リガンド: GLAmim peptide

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超分子 #1000: HAdV-C5 virions complexed with GLAmim

超分子名称: HAdV-C5 virions complexed with GLAmim / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 150 MDa / 理論値: 150 MDa

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Sci species serotype: 5
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 150 MDa / 理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: GLAmim peptide

分子名称: GLAmim peptide / タイプ: ligand / ID: 1
詳細: GLAmim peptide contains 12 gamma-carboxyglutamate residues and carries a biotinyl group at its C-terminal end.
コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Hepes buffer 2 mm CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 holey grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2012年9月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 33 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.004 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細pft2 em3dr2
CTF補正詳細: flipmix
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: pft2, em3dr2 / 使用した粒子像数: 4762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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